이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 subread-buildindex 명령입니다.
프로그램:
이름
subread-buildindex - 참조를 사용하여 기본 공간 또는 색상 공간 인덱스를 구축합니다.
시퀀스
사용법
하위 읽기 빌드 인덱스 [옵션] -o {FASTA 파일1} [FASTA 파일2] ...
필수 인수:
-o
생성할 인덱스의 기본 이름
선택적 인수:
-F 참조 게놈에 대한 전체 색인을 구축합니다. 16bp 하위 읽기가 다음에서 추출됩니다.
참조 게놈의 모든 위치. 인덱스의 크기는 일반적으로 3배입니다.
기본 설정을 사용하여 작성된 인덱스의 크기입니다.
-B 하나의 인덱스 블록을 만듭니다. 빌드된 인덱스는 여러 조각으로 분할되지 않습니다.
이렇게 하면 정렬을 실행할 때 가장 많은 양의 메모리가 요청되지만
이를 통해 최대 매핑 속도를 얻을 수 있습니다. 이 옵션은 재정의됩니다. -M 언제
그것도 제공됩니다.
-M
요청된 메모리(RAM)의 크기(MB), 기본적으로 8000입니다.
-f
정보가 없는 하위 읽기(매우 반복적인 16mers)를 제거하기 위한 임계값을 지정합니다.
참조). 기본적으로 100입니다.
-c 색 공간 인덱스를 만듭니다.
-v 프로그램의 출력 버전.
이러한 인수에 대한 자세한 내용은 사용자 설명서를 참조하세요.
하위 읽기-1.5.0-p1+dfsg-2
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 subread-buildindex를 사용하세요.
