이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 TransDecoder.Predict 명령입니다.
프로그램:
이름
트랜스디코더 - 전사체 단백질 예측
사용법
필수 :
-NS 성적표.fasta
일반적인 옵션:
--retain_long_orfs 다른 증거가 없더라도 이러한 많은 뉴클레오티드와 같거나 더 긴 것으로 발견된 모든 ORF를 유지합니다.
코딩으로 표시합니다(기본값: 900bp => 300aa).
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm 검색
hmmscan 사용(PATH 설정을 통해 액세스할 수 있어야 함)
--retain_blastp_hits
고급 옵션
--기차 단백질 식별을 위해 Markov Mod를 훈련시키기 위한 ORF가 있는 FASTA 파일; 그렇지 않으면
사용된 가장 긴 비중복 ORF
-NS --train이 없으면 Markov 모델을 훈련할 가장 긴 ORF(헥사머 통계)(기본값: 500)
2015-12-28 트랜스디코더.예측(1)
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 TransDecoder.Predict 사용
