영어FrenchSpanish

서버 실행 | Ubuntu > | Fedora > |


온웍스 파비콘

twofeat - 클라우드의 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 twofeate 실행

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 twofeat 명령입니다.

프로그램:

이름


twofeat - 시퀀스에서 인접한 기능 쌍을 찾습니다.

개요


투피트 -순서 시퀄 [-자원 ] -유형 [-감각 명부] [-아민스코어 뜨다]
[-최대점수 뜨다] [-atag ] [-가치 ] [-bsource ] -btype
[-bsense 명부] [-bminscore 뜨다] [-bmaxscore 뜨다] [-btag ]
[-b값 ] [-겹침 명부] -최소 범위 정수 -최대 범위 정수
[-범위 유형 명부] [-감각 명부] [-주문하다 명부] [-투아웃 비녀장] -타입아웃
-아웃파일 신고

투피트 -도움

기술


투피트 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "피처 테이블" 명령 그룹의 일부입니다.

옵션


입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄

이름 기능 옵션
-자원
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 소스가 허용됩니다. 다음과 같이 설정할 수 있습니다.
허용하려는 모든 피쳐 소스와 일치합니다. 소스 이름은 일반적으로 다음 중 하나입니다.
기능을 감지한 프로그램 또는 기능 테이블(예: EMBL)
에서 나온 기능입니다. 소스는 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 허용하고 싶다면
둘 이상의 출처는 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: gene* | 상징
기본값: *

-유형
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 허용됩니다. 이것을 아무거나로 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 유형. 보다 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 목록을 위해
EMBL 기능 유형 및 Swissprot 사용자 설명서의 부록 A 참조
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 기능 유형 목록은
유형은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 하나 이상의 유형을 허용하려면
이름을 '|' 문자로 구분하십시오. 예: *UTR | intron 기본값: *

-감각 명부
기본적으로 모든 기능 센스가 허용됩니다. 필요한 센스와 일치하도록 설정할 수 있습니다.

-아민스코어 뜨다
이것이 최대 점수보다 크거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-최대점수 뜨다
이것이 최대 점수보다 작거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-atag
태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 예를 들어 EMBL에서
기능 테이블에서 'CDS' 유형의 기능은 '/codon', '/codon_start' 태그를 가질 수 있습니다.
'/db_xref', '/EC_번호', '/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨',
'/맵', '/노트', '/숫자', '/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'.
이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 다음 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 태그가 허용됩니다. 당신은 설정할 수 있습니다
이것은 허용하려는 기능 태그와 일치합니다. 다음을 사용하여 태그에 와일드카드를 지정할 수 있습니다.
'*'. 둘 이상의 태그를 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: 유전자 | 레이블 기본값: *

-가치
태그 값은 기능 태그와 연결된 값입니다. 태그는 추가 유형입니다.
기능이 가질 수 있는 값. 예를 들어 EMBL 기능 테이블에서 'CDS' 유형은
기능에는 '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' 태그가 있을 수 있습니다.
'/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨', '/맵', '/노트', '/숫자',
'/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사', '/표준_이름', '/번역',
'/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'. 이 태그 중 일부만 가질 수 있습니다.
값, 예를 들어 '/gene'은 유전자 이름의 값을 가질 수 있습니다. 기본적으로
기능 테이블의 기능 태그 값이 허용됩니다. 모든 항목과 일치하도록 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 태그 값. 태그 값은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 만약에
둘 이상의 태그 값을 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: pax* | 10 기본값: *

둘째 기능 옵션
-bsource
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 소스가 허용됩니다. 다음과 같이 설정할 수 있습니다.
허용하려는 모든 피쳐 소스와 일치합니다. 소스 이름은 일반적으로 다음 중 하나입니다.
기능을 감지한 프로그램 또는 기능 테이블(예: EMBL)
에서 나온 기능입니다. 소스는 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 허용하고 싶다면
둘 이상의 출처는 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: gene* | 상징
기본값: *

-btype
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 허용됩니다. 이것을 아무거나로 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 유형. 보다 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 목록을 위해
EMBL 기능 유형 및 Swissprot 사용자 설명서의 부록 A 참조
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 기능 유형 목록은
유형은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 하나 이상의 유형을 허용하려면
이름을 '|' 문자로 구분하십시오. 예: *UTR | intron 기본값: *

-bsense 명부
기본적으로 모든 기능 센스가 허용됩니다. 필요한 센스와 일치하도록 설정할 수 있습니다.

-bminscore 뜨다
이것이 최대 점수보다 크거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-bmaxscore 뜨다
이것이 최대 점수보다 작거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-btag
태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 예를 들어 EMBL에서
기능 테이블에서 'CDS' 유형의 기능은 '/codon', '/codon_start' 태그를 가질 수 있습니다.
'/db_xref', '/EC_번호', '/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨',
'/맵', '/노트', '/숫자', '/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'.
이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 다음 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 태그가 허용됩니다. 당신은 설정할 수 있습니다
이것은 허용하려는 기능 태그와 일치합니다. 다음을 사용하여 태그에 와일드카드를 지정할 수 있습니다.
'*'. 둘 이상의 태그를 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: 유전자 | 레이블 기본값: *

-b값
태그 값은 기능 태그와 연결된 값입니다. 태그는 추가 유형입니다.
기능이 가질 수 있는 값. 예를 들어 EMBL 기능 테이블에서 'CDS' 유형은
기능에는 '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' 태그가 있을 수 있습니다.
'/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨', '/맵', '/노트', '/숫자',
'/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사', '/표준_이름', '/번역',
'/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'. 이 태그 중 일부만 가질 수 있습니다.
값, 예를 들어 '/gene'은 유전자 이름의 값을 가질 수 있습니다. 기본적으로
기능 테이블의 기능 태그 값이 허용됩니다. 모든 항목과 일치하도록 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 태그 값. 태그 값은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 만약에
둘 이상의 태그 값을 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: pax* | 10 기본값: *

특색 관계 옵션
-겹침 명부
이를 통해 기능 A와 B의 허용되는 겹침을 지정할 수 있습니다.
겹침이 있거나 없음, 겹치지 않아야 함 또는 겹치지 않아야 함을 지정합니다.
다른 피처에 완전히 포함되지 않습니다. 기본값: A

-최소 범위 정수
이것이 'maxrange'보다 크거나 같으면 최소 또는 최대 범위가 지정되지 않습니다.

-최대 범위 정수
이것이 'minrange'보다 작거나 같으면 최소 또는 최대 범위가 지정되지 않습니다.

-범위 유형 명부
이를 통해 허용되는 최소 또는 최대 위치를 지정할 수 있습니다.
피처 사이의 거리가 측정됩니다. 기본값: N

-감각 명부
이를 통해 두 기능이 켜져 있어야 하는 필수 감각을 지정할 수 있습니다. 이것
단백질 서열 특징을 볼 때 무시됩니다(항상 'Any'). 기본값: A

-주문하다 명부
이렇게 하면 두 기능에 필요한 순서를 지정할 수 있습니다. 주문은
피처의 시작 위치에서 측정됩니다. 이 기준은 항상 적용됩니다.
지정된 오버랩 유형이 필요함에도 불구하고. 기본값: A

산출 섹션에 있어야 합니다.
-투아웃 비녀장
이것을 true로 설정하면 두 기능 자체가 작성됩니다. 만약에
거짓으로 남겨두면 두 가지를 덮는 단일 기능이 작성됩니다.
발견한 기능. 기본값: N

-타입아웃
발견된 기능 쌍을 다음과 같이 보고하도록 지정한 경우
출력에 하나의 기능이 있는 경우 새 기능의 '유형' 이름을 지정할 수 있습니다.
여기. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 허용됩니다. 보다
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ EMBL 기능 유형 목록은 다음을 참조하십시오.
Swissprot 사용자 설명서의 부록 A http://www.expasy.org/sprot/userman.html
Swissprot 기능 유형 목록은 잘못된 기능 유형을 지정하는 경우
name이면 기본 이름 'misc_feature'가 사용됩니다. 기본값: misc_feature

-아웃파일 신고

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 twofeat를 사용하십시오.


Ad


Ad