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프로그램:

이름

twofeat - 시퀀스에서 인접한 기능 쌍을 찾습니다.

개요

투피트 -순서 시퀄 [-자원 현] -유형 현 [-감각 명부] [-아민스코어 뜨다]
[-최대점수 뜨다] [-atag 현] [-가치 현] [-b소스 현] -b유형 현
[-엉터리 명부] [-bminscore 뜨다] [-bmax점수 뜨다] [-b태그 현]
[-b값 현] [-겹침 명부] -최소 범위 정수 -최대 범위 정수
[-범위 유형 명부] [-감각 명부] [-주문하다 명부] [-투아웃 비녀장] -타입아웃 현
-아웃파일 신고

투피트 -도움

기술

투피트 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "피처 테이블" 명령 그룹의 일부입니다.

옵션

입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄

먼저, 기능 옵션
-자원 현
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 소스가 허용됩니다. 다음과 같이 설정할 수 있습니다.
허용하려는 모든 피쳐 소스와 일치합니다. 소스 이름은 일반적으로 다음 중 하나입니다.
기능을 감지한 프로그램 또는 기능 테이블(예: EMBL)
에서 나온 기능입니다. 소스는 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 허용하고 싶다면
둘 이상의 출처는 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: gene* | 상징
기본값: *

-유형 현
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 허용됩니다. 이것을 아무거나로 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 유형. 보다 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 목록을 위해
EMBL 기능 유형 및 Swissprot 사용자 설명서의 부록 A 참조
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 기능 유형 목록은
유형은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 하나 이상의 유형을 허용하려면
이름을 '|' 문자로 구분하십시오. 예: *UTR | intron 기본값: *

-감각 명부
기본적으로 모든 기능 센스가 허용됩니다. 필요한 센스와 일치하도록 설정할 수 있습니다.

-아민스코어 뜨다
이것이 최대 점수보다 크거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-최대점수 뜨다
이것이 최대 점수보다 작거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-atag 현
태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 예를 들어 EMBL에서
기능 테이블에서 'CDS' 유형의 기능은 '/codon', '/codon_start' 태그를 가질 수 있습니다.
'/db_xref', '/EC_번호', '/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨',
'/맵', '/노트', '/숫자', '/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'.
이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 다음 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 태그가 허용됩니다. 당신은 설정할 수 있습니다
이것은 허용하려는 기능 태그와 일치합니다. 다음을 사용하여 태그에 와일드카드를 지정할 수 있습니다.
'*'. 둘 이상의 태그를 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: 유전자 | 레이블 기본값: *

-가치 현
태그 값은 기능 태그와 연결된 값입니다. 태그는 추가 유형입니다.
기능이 가질 수 있는 값. 예를 들어 EMBL 기능 테이블에서 'CDS' 유형은
기능에는 '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' 태그가 있을 수 있습니다.
'/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨', '/맵', '/노트', '/숫자',
'/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사', '/표준_이름', '/번역',
'/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'. 이 태그 중 일부만 가질 수 있습니다.
값, 예를 들어 '/gene'은 유전자 이름의 값을 가질 수 있습니다. 기본적으로
기능 테이블의 기능 태그 값이 허용됩니다. 모든 항목과 일치하도록 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 태그 값. 태그 값은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 만약에
둘 이상의 태그 값을 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: pax* | 10 기본값: *

둘째 기능 옵션
-b소스 현
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 소스가 허용됩니다. 다음과 같이 설정할 수 있습니다.
허용하려는 모든 피쳐 소스와 일치합니다. 소스 이름은 일반적으로 다음 중 하나입니다.
기능을 감지한 프로그램 또는 기능 테이블(예: EMBL)
에서 나온 기능입니다. 소스는 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 허용하고 싶다면
둘 이상의 출처는 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: gene* | 상징
기본값: *

-b유형 현
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 허용됩니다. 이것을 아무거나로 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 유형. 보다 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 목록을 위해
EMBL 기능 유형 및 Swissprot 사용자 설명서의 부록 A 참조
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 기능 유형 목록은
유형은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 하나 이상의 유형을 허용하려면
이름을 '|' 문자로 구분하십시오. 예: *UTR | intron 기본값: *

-엉터리 명부
기본적으로 모든 기능 센스가 허용됩니다. 필요한 센스와 일치하도록 설정할 수 있습니다.

-bminscore 뜨다
이것이 최대 점수보다 크거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-bmax점수 뜨다
이것이 최대 점수보다 작거나 같으면 모든 점수가 허용됩니다.
기본값: 0.0

-b태그 현
태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 예를 들어 EMBL에서
기능 테이블에서 'CDS' 유형의 기능은 '/codon', '/codon_start' 태그를 가질 수 있습니다.
'/db_xref', '/EC_번호', '/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨',
'/맵', '/노트', '/숫자', '/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'.
이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 다음 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 태그가 허용됩니다. 당신은 설정할 수 있습니다
이것은 허용하려는 기능 태그와 일치합니다. 다음을 사용하여 태그에 와일드카드를 지정할 수 있습니다.
'*'. 둘 이상의 태그를 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: 유전자 | 레이블 기본값: *

-b값 현
태그 값은 기능 태그와 연결된 값입니다. 태그는 추가 유형입니다.
기능이 가질 수 있는 값. 예를 들어 EMBL 기능 테이블에서 'CDS' 유형은
기능에는 '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' 태그가 있을 수 있습니다.
'/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨', '/맵', '/노트', '/숫자',
'/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사', '/표준_이름', '/번역',
'/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'. 이 태그 중 일부만 가질 수 있습니다.
값, 예를 들어 '/gene'은 유전자 이름의 값을 가질 수 있습니다. 기본적으로
기능 테이블의 기능 태그 값이 허용됩니다. 모든 항목과 일치하도록 설정할 수 있습니다.
허용하려는 기능 태그 값. 태그 값은 '*'를 사용하여 와일드카드될 수 있습니다. 만약에
둘 이상의 태그 값을 허용하려면 해당 이름을 문자로 구분하십시오.
'|', 예: pax* | 10 기본값: *

특색 관계 옵션
-겹침 명부
이를 통해 기능 A와 B의 허용되는 겹침을 지정할 수 있습니다.
겹침이 있거나 없음, 겹치지 않아야 함 또는 겹치지 않아야 함을 지정합니다.
다른 피처에 완전히 포함되지 않습니다. 기본값: A

-최소 범위 정수
이것이 'maxrange'보다 크거나 같으면 최소 또는 최대 범위가 지정되지 않습니다.

-최대 범위 정수
이것이 'minrange'보다 작거나 같으면 최소 또는 최대 범위가 지정되지 않습니다.

-범위 유형 명부
이를 통해 허용되는 최소 또는 최대 위치를 지정할 수 있습니다.
피처 사이의 거리가 측정됩니다. 기본값: N

-감각 명부
이를 통해 두 기능이 켜져 있어야 하는 필수 감각을 지정할 수 있습니다. 이것
단백질 서열 특징을 볼 때 무시됩니다(항상 'Any'). 기본값: A

-주문하다 명부
이렇게 하면 두 기능에 필요한 순서를 지정할 수 있습니다. 주문은
피처의 시작 위치에서 측정됩니다. 이 기준은 항상 적용됩니다.
지정된 오버랩 유형이 필요함에도 불구하고. 기본값: A

산출 섹션에 있어야 합니다.
-투아웃 비녀장
이것을 true로 설정하면 두 기능 자체가 작성됩니다. 만약에
거짓으로 남겨두면 두 가지를 덮는 단일 기능이 작성됩니다.
발견한 기능. 기본값: N

-타입아웃 현
발견된 기능 쌍을 다음과 같이 보고하도록 지정한 경우
출력에 하나의 기능이 있는 경우 새 기능의 '유형' 이름을 지정할 수 있습니다.
여기. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 허용됩니다. 보다
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ EMBL 기능 유형 목록은 다음을 참조하십시오.
Swissprot 사용자 설명서의 부록 A http://www.expasy.org/sprot/userman.html
Swissprot 기능 유형 목록은 잘못된 기능 유형을 지정하는 경우
name이면 기본 이름 'misc_feature'가 사용됩니다. 기본값: misc_feature

-아웃파일 신고

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