이것은 NOFI-ranking_v1.zip으로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 NOFI 순위라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
NOFI 순위라는 이 앱을 다운로드하여 온라인으로 실행하면 OnWorks를 통해 Linux 온라인에서 무료로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
Linux 온라인에서 실행되는 NOFI 순위
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기술
NOFI 순위 알고리즘은 간섭의 영향을 받는 조각 이온에 낮은 우선 순위를 할당하도록 개발되었습니다. 구현은 사용자 정의할 수 있는 R 스크립트입니다. 향후 버전에는 모듈식 버전이 포함될 것입니다. 개요는 다음과 같습니다.1) 입력에는 Skyline 및 OpenSWATH와 같은 소프트웨어 도구로 식별 및 정량화된 펩티드의 SWATH 조각 이온 XIC 목록이 포함됩니다.
2) NOFI의 첫 번째 단계는 각 조각 이온을 벡터로 나타내는 데 사용되는 4가지 속성(RTd, FWHMd, IRd 및 IRrep)의 계산입니다.
3) 다변량 이상치 검출 기술을 사용하여 각 펩타이드의 모든 조각 이온의 순위를 매깁니다.
4) 다양한 지표에 대한 Top-N 조각 이온의 효과를 시각화하기 위해 여러 그림이 생성됩니다(pdf 파일).
5) 사용자는 펩타이드당 상단 조각 이온의 수를 선택할 수 있으므로 손상된 조각 이온을 제외하면서 정량화를 위해 우선 순위가 높은 Top-N NOFI의 최적 하위 집합을 활용할 수 있습니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구
프로그래밍 언어
S / R
이것은 https://sourceforge.net/projects/nofiranking/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
