ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ alien_hunter ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
alien_hunter - Interpolated Variable Order Motifs ສໍາລັບການກໍານົດຕາມແນວນອນ
DNA ທີ່ໄດ້ມາ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
alien_hunter [ທາງເລືອກໃນການ]
ລາຍລະອຽດ
Alien_hunter ແມ່ນຄໍາຮ້ອງສະຫມັກສໍາລັບການຄາດຄະເນຂອງການໂອນເຊື້ອແນວນອນ putative ໄດ້
(HGT) ເຫດການທີ່ມີການປະຕິບັດຄໍາສັ່ງຕົວແປແບບ Interpolated (IVOMs). ອັນ
ວິທີການ IVOM ຂຸດຄົ້ນຄວາມລໍາອຽງຂອງອົງປະກອບໂດຍນໍາໃຊ້ການແຈກຢາຍ motif ຄໍາສັ່ງປ່ຽນແປງແລະ
ເກັບກໍາອົງປະກອບທ້ອງຖິ່ນຂອງລໍາດັບທີ່ມີຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຫຼາຍເມື່ອທຽບກັບຄໍາສັ່ງຄົງທີ່
ວິທີການ. ທາງເລືອກທີ່ຄາດການສາມາດຖືກແຍກອອກເປັນ 2-state 2nd order Hidden Markov
ຕົວແບບ (HMM), ໃນກອບການຊອກຄົ້ນຫາຈຸດປ່ຽນແປງ, ເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງທ້ອງຖິ່ນ
ຂອບເຂດຂອງພາກພື້ນທີ່ຄາດຄະເນ. ການຄາດຄະເນ (ຮູບແບບ embl) ສາມາດອັດຕະໂນມັດ
loaded ເຂົ້າໄປໃນ Artemis genome viewer ສາມາດໃຊ້ໄດ້ຟຣີຢູ່ທີ່:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
INPUT: ລໍາດັບ genomic ດິບ PREDICTION: ພາກພື້ນ HGT ອີງໃສ່ຄໍາສັ່ງຂອງຕົວແປ Interpolated
Motifs (IVOMs) arguments:
ລຳດັບ genomic ດິບ
ຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບຂໍ້ມູນຜົນຜະລິດ
ການໂຕ້ຖຽງທາງເລືອກ:
-a ເພື່ອໂຫລດໄຟລ໌ການຄາດຄະເນເຂົ້າໄປໃນ Artemis
-c ປັບປຸງຂອບເຂດທີ່ຄາດຄະເນດ້ວຍການກວດພົບຈຸດປ່ຽນແປງ 2 ລັດຄໍາສັ່ງທີ 2 HMM
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
ການຄາດຄະເນ (ໄຟລ໌ແຖບ) ໃນຮູບແບບ embl
.ເລືອກ
ການຄາດເດົາທີ່ດີທີ່ສຸດ (HMM) (ໄຟລ໌ແຖບ) ໃນຮູບແບບ embl
.ຕອນ
ການຄາດຄະເນໃນຮູບແບບ Artemis User Plot ທີ່ຈະໂຫລດດ້ວຍຕົນເອງໂດຍໃຊ້ Graph -> Add
ແຜນຜັງຜູ້ໃຊ້...
.opt.plot
ການຄາດຄະເນທີ່ດີທີ່ສຸດ (HMM) ໃນຮູບແບບ Artemis User Plot ທີ່ຈະໂຫລດດ້ວຍຕົນເອງ
ກຣາບ -> ເພີ່ມແຜນຜັງຜູ້ໃຊ້...
.sco
ຄະແນນຫຼາຍກວ່າປ່ອງຢ້ຽມເລື່ອນທັງຫມົດ - ສໍາລັບການກວດສອບການແຈກຢາຍຄະແນນ
ໝາຍເຫດ: ການຄາດເດົາທີ່ທັບຊ້ອນກັນກັບ rRNA operon ແມ່ນໄດ້ກ່າວໄວ້ໃນຄຸນສົມບັດບັນທຶກ
ໃຊ້ alien_hunter ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
