ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ andi ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
andi - ຄາດຄະເນໄລຍະວິວັດທະນາການ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ແລະຂ້ອຍ [-jlv] [-b INT] [-p ລູກລອຍ] [-m MODEL] [-t INT] ເອກະສານ...
ລາຍລະອຽດ
ແລະຂ້ອຍ ຄາດຄະເນໄລຍະວິວັດການລະຫວ່າງ genomes ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດ. ສໍາລັບການນີ້ ແລະຂ້ອຍ
ອ່ານລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນຈາກ FASTA ໄຟລ໌ ແລະຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຂອງສະມໍຄູ່. ໄດ້
ແນວຄວາມຄິດທີ່ຢູ່ເບື້ອງຫຼັງນີ້ແມ່ນໄດ້ຖືກອະທິບາຍຢູ່ໃນເອກະສານໂດຍ Haubold et al. (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້).
OUTPUT
ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນ matrix ໄລຍະຫ່າງ symmetrical ໃນ ຟີລິບ ຮູບແບບ, ໂດຍແຕ່ລະລາຍການເປັນຕົວແທນ
divergence ກັບຈໍານວນທີ່ແທ້ຈິງໃນທາງບວກ. ໄລຍະຫ່າງຂອງສູນຫມາຍຄວາມວ່າສອງລໍາດັບແມ່ນ
ຄືກັນ, ໃນຂະນະທີ່ຄ່າອື່ນໆແມ່ນການຄາດຄະເນສໍາລັບອັດຕາການທົດແທນ nucleotide (Jukes-
Cantor ແກ້ໄຂ). ສໍາລັບເຫດຜົນດ້ານວິຊາການ, ການປຽບທຽບອາດຈະລົ້ມເຫລວແລະບໍ່ມີການຄາດຄະເນສາມາດເປັນໄປໄດ້
ຄິດໄລ່. ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວ nan ຖືກພິມອອກ. ອັນນີ້ໝາຍຄວາມວ່າ ລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນ
ສັ້ນເກີນໄປ (<200bp) ຫຼືຫຼາກຫຼາຍເກີນໄປ (K>0.5) ເພື່ອໃຫ້ວິທີການຂອງພວກເຮົາເຮັດວຽກໄດ້ຢ່າງຖືກຕ້ອງ.
OPTIONS
-b, --bootstrap
ຄິດໄລ່ matrices ຫຼາຍໄລຍະທາງ, ກັບ n-1 bootstrapped ຈາກຄັ້ງທໍາອິດ. ເບິ່ງ
ເຈ້ຍ Klötzl & Haubold (2016, ໃນການທົບທວນຄືນ) ສໍາລັບຄໍາອະທິບາຍລາຍລະອຽດ.
-j, --ເຂົ້າຮ່ວມ
ໃຊ້ໂຫມດນີ້ຖ້າແຕ່ລະຄົນຂອງເຈົ້າ FASTA ໄຟລ໌ສະແດງເຖິງການປະກອບຫນຶ່ງທີ່ມີຈໍານວນຫລາຍ
ຕິດຕໍ່ກັນ. ແລະຂ້ອຍ ຫຼັງຈາກນັ້ນຈະປິ່ນປົວທັງຫມົດຂອງລໍາດັບທີ່ມີຢູ່ຕໍ່ໄຟລ໌ດຽວ
genome. ໃນໂຫມດນີ້ຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງຊື່ໄຟລ໌ຕ້ອງໄດ້ຮັບການສະຫນອງໃຫ້ໂດຍຜ່ານເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ການໂຕ້ຖຽງ. ສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບ, ຊື່ໄຟລ໌ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດແຕ່ລະລໍາດັບ.
-l, -- ຄວາມຈໍາຕໍ່າ
ໃນຮູບແບບ multithreaded, ແລະຂ້ອຍ ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີຄວາມຈໍາເສັ້ນຊື່ກັບຈໍານວນຂອງກະທູ້. ໄດ້
ໂຫມດຄວາມຊົງຈໍາຕ່ໍາຈະປ່ຽນເປັນຄວາມຕ້ອງການຄົງທີ່ເອກະລາດຈາກຕົວເລກທີ່ໃຊ້
ຂອງກະທູ້. ແຕ່ຫນ້າເສຍດາຍ, ນີ້ມາໃນລາຄາແລ່ນທີ່ສໍາຄັນ.
-m, --ແບບ
ຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງການວິວັດທະນາ nucleotide ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ Jukes-Cantor
ການແກ້ໄຂຖືກນໍາໃຊ້.
-p
ຄວາມສໍາຄັນຂອງຄູ່ສະມໍ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.05.
-t
ຈໍານວນຂອງກະທູ້ທີ່ຈະນໍາໃຊ້; ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂປເຊດເຊີທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້.
Multithreading ແມ່ນມີພຽງແຕ່ຖ້າ ແລະຂ້ອຍ ໄດ້ຖືກລວບລວມດ້ວຍການສະຫນັບສະຫນູນ OpenMP.
-v, -- verbose
ພິມຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ. ນຳໃຊ້ຫຼາຍຄັ້ງສຳລັບການເວົ້າເພີ່ມເຕີມ.
-h, - ຊ່ວຍ
ພິມບົດສະຫຼຸບ ແລະຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່.
- ການປ່ຽນແປງ
ຂໍ້ມູນສະບັບ ແລະ ການຮັບຮູ້.
COPYRIGHT
ສະຫງວນລິຂະສິດ © 2014, 2015 Fabian Klötzl License GPLv3+: GNU GPL ຮຸ່ນ 3 ຫຼືຫຼັງຈາກນັ້ນ.
ນີ້ແມ່ນຊອບແວຟຣີ: ທ່ານມີອິດສະຫຼະໃນການປ່ຽນແປງແລະແຈກຢາຍມັນ. ບໍ່ມີການຮັບປະກັນ,
ໃນຂອບເຂດທີ່ກົດໝາຍອະນຸຍາດ. ຂໍ້ຄວາມໃບອະນຸຍາດເຕັມແມ່ນມີຢູ່
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
ການຮັບຮູ້
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). andi: ໄວແລະຖືກຕ້ອງ
ການຄາດຄະເນຂອງໄລຍະຫ່າງວິວັດການລະຫວ່າງ genomes ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດ
2) Algorithms: Ohlebusch, E. (2013). ສູດການຄິດໄລ່ທາງຊີວະວິທະຍາ. ການວິເຄາະລໍາດັບ, Genome
Rearrangements, ແລະ Phylogenetic Reconstruction. pp 118f.
3) ການກໍ່ສ້າງ SA: Mori, Y. (2005). ຄໍາອະທິບາຍສັ້ນໆຂອງຄໍາຕໍ່ທ້າຍສອງຂັ້ນຕອນການປັບປຸງ
ຂັ້ນຕອນການຈັດລຽງ. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
ໃຊ້ andi ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
