ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_indexp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_index.pl - indexes ໄຟລ໌ສໍາລັບການນໍາໃຊ້ໂດຍ bp_fetch.pl
ສະຫຼຸບສັງລວມ
bp_index.pl index_name file1 file2 ແລະອື່ນໆ.
ລາຍລະອຽດ
bp_index.pl ສ້າງດັດຊະນີ bioperl ສໍາລັບໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນບັນຊີລາຍຊື່ການໂຕ້ຖຽງ,
ພາຍໃຕ້ຊື່ດັດຊະນີ. ຍົກຕົວຢ່າງ
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
ຈະສ້າງດັດສະນີທີ່ເອີ້ນວ່າ 'nrdb' ເປັນຊື່ດັດສະນີສໍາລັບໄຟລ໌ nrdb.fasta, ແລະ
bp_index.pl -fmt EMBL ສະວິດ /data/swiss/*.dat
ຈະສ້າງດັດຊະນີທີ່ເອີ້ນວ່າ swiss ສໍາລັບໄຟລ໌ທັງຫມົດໃນ /data/swiss ເຊິ່ງສິ້ນສຸດໃນ .dat ທີ່
ແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ EMBL.
ດັດຊະນີແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ໂມດູນ Bio/Index/*, ໂດຍສະເພາະ, Bio::Index::EMBL ແລະ
Bio::Index::ໂມດູນ Fasta. ສະຄຣິບໃດນຶ່ງທີ່ໃຊ້ໂມດູນເຫຼົ່ານີ້ສາມາດໃຊ້ດັດສະນີໄດ້. ກ
script ຕົວຢ່າງທີ່ດີແມ່ນ bp_fetch ທີ່ດຶງເອົາລໍາດັບແລະທໍ່ພວກເຂົາໄປຫາ STDOUT, ສໍາລັບ
ຍົກຕົວຢ່າງ
bp_fetch ສະວິດ:ROA1_HUMAN
ໄດ້ຮັບລໍາດັບ ROA1_HUMAN ຈາກດັດຊະນີ swiss ແລະຂຽນມັນເປັນຮູບແບບ fasta ໃນ STDOUT.
OPTIONS
-fmt - Fasta (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ສະວິດ ຫຼື EMBL
- ດີ - ໄດເລກະທໍລີທີ່ໄຟລ໌ດັດສະນີຖືກພົບເຫັນ
(ແທນທີ່ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ BIOPERL_INDEX)
ທາງເລືອກສໍາລັບການນໍາໃຊ້ຜູ້ຊ່ຽວຊານ
- ປະເພດ - ປະເພດໄຟລ໌ DBM.
(ແທນທີ່ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - ລາຍງານການເພີ່ມດັດຊະນີທຸກ (debugging)
ENVIRONMENT
bp_index ແລະ bp_fetch ປະສານງານບ່ອນທີ່ຖານຂໍ້ມູນນອນໂດຍໃຊ້ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ
BIOPERL_INDEX. ນີ້ສາມາດຖືກລົບລ້າງໂດຍໃຊ້ຕົວເລືອກ -dir. ບໍ່ມີຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ດັ່ງນັ້ນ
ທ່ານຕ້ອງໃຊ້ຕົວເລືອກ -dir ຫຼືຕັ້ງ BIOPERL_INDEX.
ປະເພດ DB ແມ່ນປະສານງານກັບ BIOPERL_INDEX_TYPE ເຊິ່ງຖ້າມັນບໍ່ຢູ່ທີ່ນັ້ນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ໃດກໍ່ຕາມທີ່ໂມດູນ bioperl ໄດ້ຕິດຕັ້ງ, ເຊິ່ງຕົວມັນເອງເລີ່ມຕົ້ນເປັນ SDBM_File.
ການ ນຳ ໃຊ້ IT ຕົວທ່ານເອງ
bp_index.pl ເປັນສະຄຣິບທີ່ຂັບໂມດູນດັດຊະນີ. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການໃຊ້ script ນີ້
ຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນການເຮັດວຽກຂອງທ່ານ, ຖ້າມັນເປັນ Perl, ມັນເກືອບແນ່ນອນດີກວ່າທີ່ຈະເບິ່ງ
ລະຫັດໃນສະຄຣິບນີ້ແລະຄັດລອກມັນຂ້າມ (ບາງທີເຈົ້າອາດຈະຕ້ອງການໃຊ້ຫຼາຍ
ລະຫັດ bp_fetch).
ຂະຫຍາຍ IT
bp_index ແມ່ນພຽງແຕ່ wrapper ປະມານໂມດູນດັດສະນີທີ່ດີເລີດຂອງ James Gilbert ທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນ bioperl
ການຕອບຮັບ
ທາງໄປສະນີ ລາຍການ
ຄວາມຄິດເຫັນຂອງຜູ້ໃຊ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງທີ່ສໍາຄັນຂອງການວິວັດທະນາການນີ້ແລະໂມດູນ Bioperl ອື່ນໆ. ສົ່ງ
ຄໍາເຫັນແລະຄໍາແນະນໍາຂອງທ່ານມັກກັບບັນຊີລາຍການທາງໄປສະນີ Bioperl. ການມີສ່ວນຮ່ວມຂອງທ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຍ້ອງຫຼາຍ.
[email protected] - ສົນທະນາທົ່ວໄປ
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - ກ່ຽວກັບລາຍຊື່ທາງໄປສະນີ
ການລາຍງານ ແມງໄມ້
ລາຍງານຂໍ້ບົກພ່ອງກັບລະບົບການຕິດຕາມແມງໄມ້ Bioperl ເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາຕິດຕາມແມງໄມ້ແລະພວກມັນ
ຄວາມລະອຽດ. ບົດລາຍງານ bug ສາມາດໄດ້ຮັບການສົ່ງຜ່ານເວັບໄຊຕ໌:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ຜູ້ຂຽນ - Ewan ເບີນີ
ອີວັນ ເບີນີ[email protected]>
ໃຊ້ bp_indexp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
