bp_revtrans-motifp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bp_revtrans-motif - Reverse translate a Profam-like protein motif

ເວີຊັ່ນ

Version 0.01

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຈາກໄຟລ໌:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ທໍ່​:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ການ​ໂຕ້​ຕອບ​ທີ່​ພ້ອມ​ກັບ​ຄໍາ​ສັ່ງ​:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

ລາຍລະອຽດ

ສະຄຣິບນີ້ໃຊ້ໂປຣຕິນເປັນຕົວປ້ອນ ແລະສົ່ງຄືນ oligonucleotide degenerate
ລໍາດັບທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບມັນ. ເຫດຜົນຕົ້ນຕໍສໍາລັບການເຮັດນີ້ແມ່ນການອອກແບບ degenerate
primers ທີ່ຂະຫຍາຍຮູບແບບລໍາດັບທີ່ກໍານົດໄວ້.

motif ການປ້ອນຂໍ້ມູນປະກອບດ້ວຍສະຕຣິງຂອງ residues ຕົວອັກສອນດຽວ, ມີອັນໃດນຶ່ງຕໍ່ໄປນີ້
ອົງປະກອບ syntactic:

[ ... ] : ຕຳແໜ່ງຊ້ຳຊ້ອນ.
ຕຳແໜ່ງທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ມີສານຕົກຄ້າງຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງອັນ. ຕົວຢ່າງ:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : ຕໍາ​ແຫນ່ງ Negated​.
ຕໍາແໜ່ງທີ່ສານຕົກຄ້າງໃດນຶ່ງຖືກອະນຸຍາດ, ບັນທຶກໄວ້ສໍາລັບລະຫວ່າງວົງເລັບ. ຕົວຢ່າງ:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : ໂມ້ຊ້ຳ.
motif ທີ່ຊ້ໍາກັນ n or m ເທື່ອ. ມັນສາມາດມີ syntactic ໃດໆກ່ອນຫນ້ານີ້
ອົງປະກອບ. ຕົວຢ່າງ:

A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^

ຕົວອັກສອນທີ່ອະນຸຍາດແມ່ນຕົວອັກສອນທີ່ກົງກັບ 20 aminoacids ທໍາມະຊາດ, ບວກກັບ:

B = N + D
Z = Q + E
X = ທັງໝົດ

OPTIONS

-i ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
ໄຟລ໌ທີ່ມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ motifs ເພື່ອກັບຄືນການແປພາສາ.

-h
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.

ໃຊ້ bp_revtrans-motifp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net