ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ bp_unflatten_seqp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
bp_unflatten_seq - unflatten ໄຟລ໌ຄຸນນະສົມບັດແບບ genbank ຫຼື genbank ເຂົ້າໄປໃນຮັງ
SeqFeature hierarchy
ສະຫຼຸບສັງລວມ
bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb
bp_unflatten_seq.PLS --ລາຍລະອຽດ ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb
bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --from embl --to chadoxml -o out.chado.xml
bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb
ລາຍລະອຽດ
script ນີ້ຈະ unflatten ໄຟລ໌ແບບ genbank ຫຼື genbank ຂອງ SeqFeatures ເຂົ້າໄປໃນຮັງ
ລຳ ດັບຊັ້ນ.
ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener
ໃນການເປັນຕົວແທນຂອງ GenBank/EMBL, ລັກສະນະແມ່ນ 'ຮາບພຽງ' - ຕົວຢ່າງ, ບໍ່ມີການເຊື່ອມຕໍ່
ລະຫວ່າງ mRNA ແລະ CDS, ນອກຈາກການເຊື່ອມຕໍ່ implicit (ເຊັ່ນ: ຜ່ານ tags ຫຼືຜ່ານ splice site.
coordinates) ເຊິ່ງອາດຈະຍາກທີ່ຈະຂຽນລະຫັດ.
ນີ້ແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນໄດ້ງ່າຍທີ່ສຸດທີ່ມີຮູບແບບຜົນຜະລິດໃນຕອນຕົ້ນ, asciitree
ຊຸດຄຸນສົມບັດ genbank ທີ່ບໍ່ແປອາດຈະມີລັກສະນະນີ້ (AB077698)
Seq: AB077698
databank_entry 1..2701[+]
gene
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
exon 80..1144[+]
five_prime_UTR 1..79[+]
Location_sequence_feature 137..196[+]
Location_sequence_feature 239..292[+]
Location_sequence_feature 617..676[+]
Location_sequence_feature 725..778[+]
three_prime_UTR 1145..2659[+]
polyA_site 1606..1606[+]
polyA_site 2660..2660[+]
ຫຼືແບບນີ້ (ສ່ວນຂອງ AE003734)
gene
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
exon 52204..53323[-]
exon 53404..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
exon 52204..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
unflattening ຍັງຈະ 'ປົກກະຕິ' ລໍາດັບຊັ້ນບັນຈຸ (ໃນຄວາມຫມາຍຂອງ
standardizing it - e.g. ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າມີບັນທຶກການຖ່າຍທອດຢູ່ສະເຫມີ, ເຖິງແມ່ນວ່າ genbank
ພຽງແຕ່ລະບຸ CDS ແລະ gene)
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ປະເພດ GenBank ຈະຖືກເຮັດແຜນທີ່ເປັນປະເພດ SO
ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
ຄໍາສັ່ງ LINE ການໂຕ້ຖຽງ
-i|ປ້ອນ FILE
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ (ຍັງສາມາດລະບຸເປັນ argument ສຸດທ້າຍ)
- ຈາກ FORMAT
ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ genbank)
ອາດຈະບໍ່ມີຄວາມຫມາຍຫຼາຍທີ່ຈະໃຊ້ມັນສໍາລັບຮູບແບບທີ່ບໍ່ຮາບພຽງ; ie ອື່ນນອກຈາກ
embl/genbank
- ເພື່ອ FORMAT
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ asciitree)
ຄວນຈະເປັນຮູບແບບທີ່ຝັງໄວ້ SeqFeature ຮູ້; ຂ້ອຍຄິດວ່ານີ້ເທົ່ານັ້ນ
asciitree, chadoxml ແລະ gff3
-gff
ດ້ວຍການສົ່ງອອກເປັນຮູບແບບ GFF3 (ກ່ອນ 3 GFFs ບໍ່ມີຄວາມຫມາຍກັບລໍາດັບ unflattened, ເປັນ
ພວກເຂົາເຈົ້າບໍ່ມີວິທີການທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນການເປັນຕົວແທນກາຟຄຸນນະສົມບັດ)
-o|ອອກ FILE
outfile ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ STDOUT
- ລາຍລະອຽດ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບຄຸນສົມບັດ (ຮູບແບບ asciitree ເທົ່ານັ້ນ)
-e|ethresh INT
ກໍານົດຂອບເຂດຄວາມຜິດພາດກ່ຽວກັບການ unflattening
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ script ນີ້ຈະສັ່ນສະເທືອນຖ້າມັນພົບກັບສິ່ງທີ່ແປກປະຫຼາດຢູ່ໃນ genbank
ໄຟລ໌ - ຍົກຂອບເຂດຄວາມຜິດພາດຂຶ້ນເພື່ອສົ່ງສັນຍານວ່າຈະຖືກລະເລີຍ (ແລະລາຍງານກ່ຽວກັບ
STDERR)
- ນາມມະຍົດ
ສະກັດກັ້ນ use_magic ໃນ unflattening (ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener
- notypemap
ສະກັດກັ້ນການສ້າງແຜນທີ່ປະເພດ (ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
ທັງ ໝົດ
ຊີວະພາບ::SeqFeature::Tools::Unflattener ຊ່ວຍໃຫ້ການຄວບຄຸມທີ່ລະອຽດອ່ອນໃນໄລຍະການ unflattening
process - ຈໍາເປັນຕ້ອງເພີ່ມທາງເລືອກເພີ່ມເຕີມເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ການຄວບຄຸມນີ້ຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ການຕອບຮັບ
ທາງໄປສະນີ ລາຍການ
ຄວາມຄິດເຫັນຂອງຜູ້ໃຊ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງທີ່ສໍາຄັນຂອງການວິວັດທະນາການນີ້ແລະໂມດູນ Bioperl ອື່ນໆ. ສົ່ງ
ຄໍາເຫັນແລະຄໍາແນະນໍາຂອງທ່ານມັກກັບບັນຊີລາຍການທາງໄປສະນີ Bioperl. ການມີສ່ວນຮ່ວມຂອງທ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຍ້ອງຫຼາຍ.
[email protected] - ສົນທະນາທົ່ວໄປ
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - ກ່ຽວກັບລາຍຊື່ທາງໄປສະນີ
ການລາຍງານ ແມງໄມ້
ລາຍງານຂໍ້ບົກພ່ອງກັບລະບົບການຕິດຕາມແມງໄມ້ Bioperl ເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາຕິດຕາມແມງໄມ້ແລະພວກມັນ
ຄວາມລະອຽດ. ບົດລາຍງານຂໍ້ຜິດພາດສາມາດໄດ້ຮັບການສົ່ງຜ່ານທາງອີເມລ໌ຫຼືເວັບ:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ໃຊ້ bp_unflatten_seqp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
