ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ concavity ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS emulator ອອນໄລນ໌.
ໂຄງການ:
NAME
concavity - ຜູ້ຄາດຄະເນຂອງສະຖານທີ່ຜູກມັດທາດໂປຼຕີນຈາກໂຄງສ້າງແລະການອະນຸລັກ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
concavity [ຕົວເລືອກ] PDBFILE OUTPUT_NAME
ລາຍລະອຽດ
ConCavity ຄາດຄະເນສະຖານທີ່ຜູກມັດທາດໂປຼຕີນໂດຍການລວມເອົາລໍາດັບວິວັດທະນາການ.
ການອະນຸລັກ ແລະໂຄງສ້າງ 3D.
ConCavity ໃຊ້ເວລາເປັນວັດສະດຸປ້ອນໂຄງສ້າງທາດໂປຼຕີນຈາກຮູບແບບ PDB PDBFILE ແລະເລືອກໄຟລ໌ທີ່
ລັກສະນະການອະນຸລັກລໍາດັບ evolutionary ຂອງຕ່ອງໂສ້ໃນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ.
ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນຜະລິດຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
· ການຄາດການຜູກມັດ ligand ຕົກຄ້າງສຳລັບແຕ່ລະຕ່ອງໂສ້ (*.scores).
· ການຄາດການຜູກມັດ ligand ຕົກຄ້າງຢູ່ໃນໄຟລ໌ຮູບແບບ PDB (ຄະແນນ residue ວາງໄວ້ໃນ
ອຸນຫະພູມ ພາກສະຫນາມປັດໄຈ, *_residue.pdb).
· Pocket ຄາດຄະເນສະຖານທີ່ໃນໄຟລ໌ຮູບແບບ DX (*.dx).
· PyMOL script ເພື່ອເບິ່ງພາບຂອງການຄາດຄະເນ (*.pml).
ເພື່ອເບິ່ງພາບການຄາດເດົາໃນ PyMol (ຖ້າມັນຖືກຕິດຕັ້ງຢູ່ໃນລະບົບຂອງເຈົ້າ), ໂຫລດສະຄິບ
ໂດຍການພິມ "pymol 1G6C_test1.pml" ຢູ່ທີ່ການເຕືອນຫຼືໂດຍການໂຫຼດມັນຜ່ານ pymol
interface
ໄຟລ໌ PDB ແລະ DX ສາມາດຖືກປ້ອນເຂົ້າໄປໃນຕົວເບິ່ງໂມເລກຸນອື່ນຖ້າຕ້ອງການ. ຫຼາຍ
ຮູບແບບຜົນຜະລິດເພີ່ມເຕີມແມ່ນມີຢູ່; ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຕົວເລກທີ່ຕົກຄ້າງຢູ່ໃນ
ໄຟລ໌ .scores ອາດຈະບໍ່ກົງກັບໄຟລ໌ PDB.
ວິທີການ ConCavity ດໍາເນີນຢູ່ໃນສາມຂັ້ນຕອນແນວຄວາມຄິດ: ການສ້າງຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ, ຖົງ
ການສະກັດເອົາ, ແລະການສ້າງແຜນທີ່ residue (ເບິ່ງວິທີການໃນເຈ້ຍ). ຫນ້າທໍາອິດ, ໂຄງສ້າງແລະ
ຄຸນສົມບັດວິວັດທະນາການຂອງທາດໂປຼຕີນແມ່ນໃຊ້ເພື່ອສ້າງຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ 3 ມິຕິປົກກະຕິທີ່ອ້ອມຮອບ
ທາດໂປຼຕີນທີ່ຄະແນນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບແຕ່ລະຈຸດຕາຂ່າຍໄຟຟ້າເປັນຕົວແທນຂອງການຄາດຄະເນ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ມັນທັບຊ້ອນອະຕອມ ligand ຜູກມັດ. ອັນທີສອງ, ກຸ່ມທີ່ຕິດພັນກັນ, ສູງ.
ຈຸດຕາຕະລາງຄະແນນແມ່ນເປັນກຸ່ມເພື່ອສະກັດເອົາຖົງທີ່ຕິດກັບຮູບຮ່າງ ແລະຂະໜາດທີ່ໃຫ້ໄວ້
ຂໍ້ຈໍາກັດ. ສຸດທ້າຍ, ທຸກໆທາດໂປຼຕີນທີ່ຕົກຄ້າງແມ່ນໃຫ້ຄະແນນໂດຍການຄາດຄະເນວ່າມັນເປັນໄປໄດ້ແນວໃດ
ເພື່ອຜູກມັດກັບ ligand ໂດຍອີງໃສ່ຄວາມໃກ້ຊິດຂອງມັນກັບຖົງທີ່ສະກັດອອກ.
ແຕ່ລະ algorithms ອະທິບາຍສໍາລັບຂັ້ນຕອນເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນປະຕິບັດໃນ concavity. ເບິ່ງ
ຕົວຢ່າງ.
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M, ແລະ Funkhouser TA(2009) ການຄາດຄະເນທາດໂປຼຕີນ
ສະຖານທີ່ຜູກມັດ Ligand ໂດຍການສົມທົບການອະນຸລັກລໍາດັບວິວັດທະນາການ ແລະໂຄງສ້າງ 3D.
PLoS Comput Biol, 5(12).
OPTIONS
PDBFILE ເປັນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງທາດໂປຼຕີນໃນຮູບແບບ PDB. OUTPUT_NAME ກາຍເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຜົນຜະລິດໄດ້
ຊື່ໄຟລ໌ແລະອາດຈະບໍ່ມີ "/". ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນຂຽນໃສ່ໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນ.
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
- ການອະນຸລັກ PATH
ຖ້າທາງເລືອກ "-conservation" ບໍ່ໄດ້ຖືກມອບໃຫ້, ຫຼັງຈາກນັ້ນຂໍ້ມູນການອະນຸລັກແມ່ນບໍ່
ພິຈາລະນາ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າມີໄຟລ໌ອະນຸລັກແຍກຕ່າງຫາກສໍາລັບແຕ່ລະຕ່ອງໂສ້ທາດໂປຼຕີນໃນ
ໂຄງສ້າງ, ແລະການປ້ອນຂໍ້ມູນໃສ່ທາງເລືອກ -conservation ແມ່ນຄໍານໍາຫນ້າຂອງໄຟລ໌ເຫຼົ່ານີ້.
ໄຟລ໌ອະນຸລັກທີ່ຄິດໄລ່ໄວ້ລ່ວງໜ້າມີໃຫ້ເກືອບທັງໝົດ PQS ໃນ ConCavity
ເວັບໄຊທ໌. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການຄິດໄລ່ມູນຄ່າການອະນຸລັກຕາມລໍາດັບສໍາລັບຕົວຂອງທ່ານເອງ
ການຈັດຮຽງ, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ JSD algorithm:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/>, ສາມາດໃຊ້ໄດ້ເປັນ score_conservation(1)
ຈາກຊຸດລະຫັດການອະນຸລັກ.
ຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ ການສ້າງ
-grid_method ligsite| surfnet|pocketfinder| custom
ການແກ້ໄຂບັນຫາ int int int
ກໍານົດຄວາມລະອຽດຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ.
- ໄລຍະຫ່າງ float
ກໍານົດໄລຍະຫ່າງຂອງຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ.
ທ່ອງທ່ຽວ ການຂຸດຄົ້ນ
-Extraction_method ຊອກຫາ|topn|ແບບກຳນົດເອງ
-extraction_threshold_range_cutoff ລູກລອຍ
ຢຸດການຊໍ້າຄືນ ຄົ້ນຫາ ວິທີການໃນເວລາທີ່ເສັ້ນຜ່າກາງຂອງປ່ອງຢ້ຽມຄົ້ນຫາຄູ່ແມ່ນຫນ້ອຍ
ກ່ວາ -extraction_threshold_range_cutoff * ເກນເທິງ. ຄ່າທີ່ແນະນຳ: 1e-6.
ມາດຕະຖານ: 0.
ທີ່ຢູ່ອາໄສ ການເຮັດແຜນທີ່
-res_map_method blur|dist|dist-thresh|ແບບກຳນົດເອງ
ແຕ່ລະ algorithms ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນໄດ້ອະທິບາຍຢູ່ໃນຂໍ້ຄວາມ, ແລະແຕ່ລະຄົນມີຈໍານວນເພີ່ມເຕີມ
ຕົວກໍານົດການທີ່ມີການປ່ຽນແປງພຶດຕິກໍາຂອງເຂົາເຈົ້າ. ຕົວເລືອກ "ປັບແຕ່ງ" ຊ່ວຍໃຫ້ທ່ານສາມາດກໍານົດຄ່າຕ່າງໆ
ຂອງຕົວກໍານົດການທັງຫມົດສໍາລັບແຕ່ລະຂັ້ນຕອນຕົວທ່ານເອງ. presets (ເຊັ່ນ: ligsite, search, blur) ອາດຈະ
override ຄ່າທີ່ທ່ານຕັ້ງໄວ້ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ສະນັ້ນໃຊ້ "custom" ເພື່ອໃຫ້ມີການຄວບຄຸມຢ່າງສົມບູນ.
ຜົນຜະລິດ
ຍັງມີທາງເລືອກຮູບແບບຜົນຜະລິດຫຼາຍ. ຄ່າຕາໜ່າງການຄາດຄະເນກະເປົ໋າສາມາດເປັນຜົນຜະລິດໄດ້
ໃນຮູບແບບດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:
-print_grid_dx 0 | 1
ຮູບແບບ DX. ນີ້ແມ່ນ 1 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
-print_grid_pdb 0 | 1
ຮູບແບບ PDB. ການຄາດຄະເນການຕົກຄ້າງແມ່ນຜົນຜະລິດເປັນໄຟລ໌ PDB ທີ່ມີຄະແນນ residue
ແຜນທີ່ກັບອຸນຫະພູມ. ຊ່ອງຂໍ້ມູນປັດໄຈ ແລະຕົວເລກກະເປົ໋າໄປຫາຊ່ອງຂໍ້ມູນລໍາດັບ residue.
-print_grid_txt 0 | 1
ຂໍ້ຄວາມດິບ.
-v ໂຫມດ verbose.
ຕົວຢ່າງ
ຫມາຍເຫດ: ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການສໍາເນົາແລະ uncompress ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນຕົວຢ່າງກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ
ປະຕິບັດຕາມຕົວຢ່າງ.
1. ນີ້ຈະດໍາເນີນການ concavity ດ້ວຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ (ເທົ່າກັບ ConCavity^L ໃນເຈ້ຍ)
ກ່ຽວກັບໂຄງສ້າງ 1G6C.pdb ແລະພິຈາລະນາມູນຄ່າການອະນຸລັກທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນ
conservation_data/. ຊຸດຂອງການຄາດຄະເນນີ້ຈະຖືກເອີ້ນວ່າ "test1". ນີ້ຜະລິດ
ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບເລີ່ມຕົ້ນຕໍ່ໄປນີ້ຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນ:
concavity -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1
2. ຕົວຢ່າງເພື່ອໃຫ້ຄະແນນໂຄງສ້າງ 1G6C.pdb ກັບ ConCavity_Pocketfinder, ຊອກຫາ, ແລະ
ມົວ, ເຈົ້າຕ້ອງພິມ:
concavity -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -grid_method pocketfinder -extraction_method search -res_map_method blur /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder
ຫມາຍເຫດ
ຜູ້ຂຽນຕົ້ນຕໍແມ່ນໃຊ້ PyMol ແລະ Chimera ສໍາລັບການເບິ່ງເຫັນ, ແຕ່ຂອບເຂດຂອງຜົນຜະລິດ
ຮູບແບບຫມາຍຄວາມວ່າທ່ານຄວນສາມາດນໍາເຂົ້າຂໍ້ມູນເຂົ້າໄປໃນໂຄງການການວິເຄາະໂຄງສ້າງສ່ວນໃຫຍ່.
ບອກໃຫ້ພວກເຮົາຮູ້ວ່າມີຮູບແບບຜົນຜະລິດອື່ນທີ່ເຈົ້າຕ້ອງການເບິ່ງບໍ່.
ໃຊ້ concavity ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
