ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ delta-filter ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
delta-filter - ອ່ານໄຟລ໌ການຈັດລໍາດັບ delta ຈາກ nucmer ຫຼື promer ແລະການກັ່ນຕອງ.
ການຈັດວາງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
delta-filter [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
-1 ການຈັດວາງ 1-1-XNUMX ອະນຸຍາດໃຫ້ຈັດລຽງຄືນ (ສີ່ແຍກຂອງ -r ແລະ -q ການຈັດວາງ
-g ການຈັດວາງລະດັບໂລກ 1-to-1 ບໍ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຈັດຮຽງໃໝ່
-h ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອ
-i float
ກໍານົດຕົວຕົນການຈັດຕໍາ່ສຸດທີ່ [0, 100], ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0
-l int ກໍານົດຄວາມຍາວການຈັດຕໍາ່ສຸດທີ່, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0
-m ການຈັດຕັ້ງຫຼາຍຕໍ່ຫຼາຍອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບການຈັດສັນໃຫມ່ (ສະຫະພາບຂອງ -r ແລະ -q ການຈັດວາງ
-q ແຜນທີ່ແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງຂອງແຕ່ລະຄໍາຖາມເພື່ອຕີທີ່ດີທີ່ສຸດໃນການອ້າງອີງ, ອະນຸຍາດໃຫ້
ການທັບຊ້ອນອ້າງອີງ
-r ແຜນທີ່ແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງຂອງແຕ່ລະການອ້າງອີງເຖິງການຕີທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງຕົນໃນການສອບຖາມ, ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບ
ຄິວຣີທັບຊ້ອນກັນ
-u float ກໍານົດການສອດຄ່ອງຕໍາ່ສຸດທີ່ເປັນເອກະລັກ, ie ເປີເຊັນຂອງ
ການຈັດຕັ້ງທີ່ກົງກັບການອ້າງອີງເອກະລັກແລະລໍາດັບການສອບຖາມ [0, 100], default 0
-o float
ກໍານົດການທັບຊ້ອນການຈັດຕໍາແຫນ່ງສູງສຸດສໍາລັບ -r ແລະ -q ທາງເລືອກເປັນສ່ວນຮ້ອຍຂອງ
ຄວາມຍາວການຈັດຮຽງ [0, 100], ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 100
-v ພິມການຈັດຮຽງທີ່ຖືກຍົກເລີກແທນທີ່ຈະເປັນຕົວກອງທີ່ຜ່ານ
-b ແຜນທີ່ຊໍ້າກັນ (XOR ຂອງ -r ແລະ -q ການຈັດຕັ້ງ, ຫນຶ່ງຫຼືອື່ນໆແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງສອງ)
ອ່ານໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ delta ຈາກ nucmer ຫຼື promer ແລະການກັ່ນຕອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງໂດຍອີງໃສ່
ໃນສະຫຼັບເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ປ່ອຍໃຫ້ພຽງແຕ່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ຕ້ອງການທີ່ອອກໄປຫາ
stdout ໃນຮູບແບບ delta ດຽວກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ສໍາລັບສະຫຼັບຫຼາຍ, ຄໍາສັ່ງຂອງການດໍາເນີນງານ
ແມ່ນດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. ຖ້າການຈັດຮຽງຖືກຍົກເວັ້ນໂດຍອັນກ່ອນໜ້າ
ການດໍາເນີນງານ, ມັນຈະຖືກລະເວັ້ນໂດຍການປະຕິບັດງານທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດ.
ຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ ສຳ ຄັນລະຫວ່າງ -g ທາງເລືອກແລະ -1 ແລະ -m ທາງເລືອກແມ່ນວ່າ -g
ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ສອດຄ່ອງກັນໃນຄໍາສັ່ງຂອງເຂົາເຈົ້າ, ໃນຂະນະທີ່ -1 ແລະ -m
ທາງເລືອກບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງສອດຄ່ອງເຊິ່ງກັນແລະກັນ, ສະນັ້ນການທົນທານຕໍ່ການໂອນຍ້າຍ,
inversions, ແລະອື່ນໆ. ໃນກໍລະນີທົ່ວໄປ, the -m ທາງເລືອກແມ່ນທາງເລືອກທີ່ດີທີ່ສຸດ, ຢ່າງໃດກໍຕາມ -1 ສາມາດ
ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຄໍາຮ້ອງສະຫມັກເຊັ່ນ: ການຊອກຫາ SNP ທີ່ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການສ້າງແຜນທີ່ 1-to-1. ສຸດທ້າຍ, ສໍາລັບ
mapping query contigs, ຫຼື sequencing reads, to a genome ອ້າງອິງ, ໃຊ້ -q. ໄດ້
ຊໍ້າຊ້ອນທີ່ພິມດ້ວຍ -b ທາງເລືອກແມ່ນ -r ແລະ -q ການຈັດວາງທີ່ບໍ່ມີຢູ່ໃນ
ການຈັດຮຽງ 1-1. ການສອດຄ່ອງເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນຍັງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງ -1 ແລະ -m
ການຈັດວາງ
ໃຊ້ delta-filter ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
