exactSNP - ອອນ​ໄລ​ນ​໌​ໃນ​ຟັງ​ໄດ້​

ໂຄງການ:

NAME

exactSNP - ຜູ້ໂທ SNP ທີ່ຄົ້ນພົບ SNPs ໂດຍການທົດສອບສັນຍານຕໍ່ກັບພື້ນຫລັງທ້ອງຖິ່ນ
ສຽງດັງ

ການນໍາໃຊ້

ທີ່ແນ່ນອນSNP [ທາງເລືອກ] -i ການປ້ອນຂໍ້ມູນ -g reference_genome -o output

ການໂຕ້ຖຽງທີ່ຕ້ອງການ:

-i
ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນລວມທັງການອ່ານຜົນແຜນທີ່. ໄດ້

[-b ຖ້າ BAM] ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສາມາດເປັນ SAM ຫຼື BAM (-b ຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ລະບຸໄວ້

ຖ້າໄຟລ໌ BAM ຖືກສະຫນອງໃຫ້).

-g
ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ລວມທັງລໍາດັບອ້າງອີງທັງໝົດ. ພຽງແຕ່ຫນຶ່ງດຽວ FASTA
ໄຟລ໌ຮູບແບບຄວນໄດ້ຮັບການສະຫນອງໃຫ້.

-o
ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ໂຄງ​ການ​ນີ້​ອອກ​ໄຟລ​໌​ຮູບ​ແບບ VCF ທີ່​
ລວມມີ SNPs ທີ່ຄົ້ນພົບ.

ການໂຕ້ຖຽງທາງເລືອກ:

-a
ສະໜອງຊຸດຂອງ SNPs ທີ່ລະບຸໄວ້ (ເຊັ່ນ: SNPs ລວມຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ dbSNP). ໄດ້
ໄຟລ໌ທີ່ສະໜອງໃຫ້ຄວນຈະຢູ່ໃນຮູບແບບ VCF. ການສະຫນອງ SNPs ທີ່ຮູ້ຈັກກັບໂຄງການຄວນ
ປັບປຸງປະສິດທິພາບການໂທ SNP ຂອງມັນ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ SNPs ທີ່ສະຫນອງໃຫ້ອາດຈະເປັນຫຼືອາດຈະບໍ່
ເອີ້ນວ່າ.

-b ຊີ້ບອກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນໃຫ້ຜ່ານ -i ແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ BAM.

-Q
ລະບຸການຕັດຄ່າ q-value ສໍາລັບການໂທຫາ SNP ໃນລະດັບຄວາມເລິກ 50X. 12 ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ການຕັດຄ່າ p-value ທີ່ສອດຄ້ອງກັນແມ່ນ 10^(-1* ຖາມ). ໃຫ້ສັງເກດວ່າໂຄງການນີ້
ປັບຄ່າການຕັດຄ່າ q ອັດຕະໂນມັດຕາມຄວາມເລິກຂອງລໍາດັບໃນແຕ່ລະ
ທີ່ຕັ້ງຂອງໂຄໂມໂຊມ.

-f ລະບຸສ່ວນນ້ອຍສຸດຂອງຖານທີ່ກົງກັນຜິດທີ່ບັນຈຸ SNP

ສະຖານທີ່ຕ້ອງມີ. ຄ່າຂອງມັນຕ້ອງຢູ່ລະຫວ່າງ 0 ແລະ 1. 0 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

-n
ລະບຸຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງຖານທີ່ກົງກັນຜິດທີ່ສະຖານທີ່ທີ່ມີ SNP ຕ້ອງ
ມີ. 1 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

-r
ລະບຸຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງແຜນທີ່ອ່ານທີ່ສະຖານທີ່ທີ່ມີ SNP ຕ້ອງມີ (ເຊັ່ນ:.
ການຄຸ້ມຄອງຕໍາ່ສຸດທີ່). 1 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

-x
ລະບຸຈໍານວນສູງສຸດຂອງແຜນທີ່ທີ່ອ່ານທີ່ສະຖານທີ່ທີ່ມີ SNP ມີ.
3000 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ສະຖານທີ່ໃດກໍ່ຕາມທີ່ມີຈໍານວນການອ່ານຫຼາຍກວ່າເກນຈະ
ບໍ່ໄດ້ຮັບການພິຈາລະນາສໍາລັບການໂທຫາ SNP. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການຖອນ PCR
ປອມ.

-s
ລະບຸຄະແນນຄຸນນະພາບພື້ນຖານຕໍາ່ສຸດທີ່ (ຄະແນນ Phred) ພື້ນຖານອ່ານຕ້ອງພໍໃຈ
ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການໂທຫາ SNP. 13 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ອ່ານພື້ນຖານທີ່ມີຄະແນນຄຸນນະພາບຕ່ຳກວ່າ 13
ຈະຖືກຍົກເວັ້ນຈາກການວິເຄາະ.

-t
ລະບຸຈໍານວນຖານທີ່ຕັດອອກຈາກແຕ່ລະຕອນທ້າຍຂອງການອ່ານ. 3 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

-T
ລະບຸຈໍານວນຂອງກະທູ້. 1 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

-v ສະ​ບັບ​ຜະ​ລິດ​ຂອງ​ໂຄງ​ການ​.

ຕົວຢ່າງ:

ທີ່ແນ່ນອນSNP -i my-alignment.sam -g mm10.fa -o my-SNPs.txt

ໃຊ້ exactSNP ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net