exonerate-server - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

exonerate-server - ເຊີບເວີປຽບທຽບລໍາດັບສໍາລັບ exonerate

ສະຫຼຸບສັງລວມ

exonerate-ເຊີບເວີ [ ທາງເລືອກໃນການ ] <ດັດຊະນີ ເສັ້ນທາງ>

ລາຍລະອຽດ

exonerate-ເຊີບເວີ ເປັນເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍຫຼາຍກະທູ້ສໍາລັບໂຄງການການຈັດລໍາດັບ exonerate.

ມັນໃຊ້ຊຸດຂອງລໍາດັບແລະໄຟລ໌ດັດສະນີທີ່ສອດຄ້ອງກັນເພື່ອໃຫ້ຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ໄວ.

ພາບລວມ

ທໍາອິດ, ເປັນ .esd ໄຟລ໌ຕ້ອງໄດ້ຮັບການຜະລິດຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບ. ໄດ້ .esd ໄຟລ໌ແມ່ນ Exonerate
Sequence Dataset file, ແລະ​ສາ​ມາດ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ຈັດ​ກຸ່ມ​ຮ່ວມ​ກັນ​ຊຸດ​ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ແຕ່​ລະ​ຄົນ
ລຳດັບທີ່ບັນຈຸຕົວລະບຸທີ່ເປັນເອກະລັກ. ນີ້ແມ່ນເຮັດໄດ້ໂດຍການໃຊ້ fasta2esd utility

fasta2esd genome.fasta genome.esd

ຕໍ່ໄປ, ເປັນ .esi ໄຟລ໌ຂອງຂ້ອຍແມ່ນເຮັດຈາກ .esd ແຟ້ມ. ທ .esi ໄຟລ໌ແມ່ນລໍາດັບ Exonerate
ໄຟລ໌ດັດສະນີ, ແລະມີດັດຊະນີ ຫຼືຊຸດຂອງດັດຊະນີທີ່ສອດຄ້ອງກັບຊຸດຂໍ້ມູນສະເພາະ.
ນີ້ແມ່ນເຮັດໄດ້ໂດຍການໃຊ້ esd2esi utility

esd2esi genome.esd genome.esi

ເມື່ອໃດ .esi ໄຟລ໌ໄດ້ຖືກສ້າງຂື້ນ, exonerate-server ອາດຈະຖືກເລີ່ມຕົ້ນ.

exonerate-ເຊີບເວີ genome.esi

ໃນຂະນະທີ່ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍກໍາລັງເຮັດວຽກ, exonerate ອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສອບຖາມເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍໂດຍການປ່ຽນແທນ
ລໍາດັບເປົ້າຫມາຍໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງທີ່ມີຊື່ຂອງເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍແລະຫມາຍເລກພອດ. ໄດ້
ໝາຍເລກພອດເລີ່ມຕົ້ນສຳລັບ exonerate-server ແມ່ນ 12886.

exonerate query.fasta localhost: 12886

OPTIONS

ບາງທາງເລືອກເສັ້ນຄໍາສັ່ງສໍາລັບ exonerate-server ແມ່ນຄືກັນກັບສໍາລັບ
exonerate ລູກຄ້າ, ແລະເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນເອກະສານຢູ່ໃນຫນ້າຜູ້ຊາຍສໍາລັບ ຍົກ​ເລີກ. ໄດ້
ທາງ​ເລືອກ​ອື່ນ​ທີ່​ສະ​ເພາະ​ exonerate-ເຊີບເວີ ຖືກບັນທຶກຢູ່ທີ່ນີ້.

--ພອດ
ລະບຸພອດທີ່ເຊີບເວີຄວນຟັງ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, exonerate-ເຊີບເວີ
ຈະຟັງຢູ່ໃນພອດ 12886, ແຕ່ພອດທາງເລືອກອາດຈະຖືກລະບຸດ້ວຍຕົວເລືອກນີ້.

--ການປ້ອນຂໍ້ມູນ <ດັດຊະນີ ໄຟລ໌>
ລະບຸໄຟລ໌ດັດສະນີທີ່ຈະໃຊ້ເມື່ອເຊີບເວີເລີ່ມຕົ້ນ. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນ
ບັງຄັບ. ເອກະສານດັດສະນີແມ່ນ a .esi ໄຟລ໌ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ esd2esi utility

-- ໂຫຼດລ່ວງໜ້າ
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຕົວຊີ້ວັດທີ່ມີຢູ່ໃນ .esi ໄຟລ໌, ແລະລໍາດັບທີ່ອ້າງອີງໃນ
ທີ່ສອດຄ້ອງກັນ .esd ໄຟລ໌ຖືກໂຫລດເຂົ້າໄປໃນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາເມື່ອເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍເລີ່ມຕົ້ນ.
ນີ້ແມ່ນສິ່ງຈໍາເປັນເພື່ອບັນລຸການປະຕິບັດໄວທີ່ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນຈະຖືກຂັດຂວາງ
ການເຂົ້າເຖິງແຜ່ນເລື້ອຍໆ. ທາງເລືອກນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ດັດສະນີແລະລໍາດັບ preloading ເປັນ
ປິດ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍແລ່ນຊ້າກວ່າ, ແຕ່ໄວກວ່າ
ການເລີ່ມຕົ້ນ ແລະຮອຍຄວາມຈຳທີ່ນ້ອຍລົງ. ມັນບໍ່ໄດ້ແນະນໍາໃຫ້ປິດການໂຫຼດລ່ວງໜ້າ
ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າການທົດສອບຫຼື debugging ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ.

-- ການເຊື່ອມຕໍ່ສູງສຸດ
ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍແມ່ນ multithreaded. ຕົວເລືອກນີ້ກໍານົດຂະບວນການລູກຄ້າຈໍານວນທີ່
ໄດ້ຮັບອະນຸຍາດໃຫ້ເຊື່ອມຕໍ່ກັບເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍພ້ອມໆກັນ. ສໍາລັບການປະຕິບັດທີ່ດີ, ມັນ
ບໍ່​ຄວນ​ຈະ​ຖືກ​ຕັ້ງ​ເປັນ​ຫຼາຍ​ກ​່​ວາ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ CPU ໃນ​ເຄື່ອງ​ທີ່​
ເຊີບເວີກຳລັງແລ່ນ.

--ຄຳເວົ້າ
ກໍານົດລະດັບ verbosity ສໍາລັບເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ. ຖ້າມັນເປັນສູນ, ເຊີບເວີຈະງຽບ,
ແລະຈໍານວນທີ່ສູງຂຶ້ນ, ຂໍ້ຄວາມຫຼາຍໄດ້ຖືກລາຍງານໂດຍເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍກ່ຽວກັບສິ່ງທີ່
ກໍາລັງເກີດຂຶ້ນ.

INTERFACE

ພາກນີ້ບັນທຶກການໂຕ້ຕອບການສື່ສານລະຫວ່າງ
ລູກຄ້າແລະເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ. ການໂຕ້ຕອບແມ່ນເປັນເອກະສານສໍາລັບຄົນທີ່ຕ້ອງການຂຽນ
ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍທີ່ກໍາຫນົດເອງຂອງພວກເຂົານັ່ງຢູ່ຫລັງ exonerate - ສໍາລັບການນໍາໃຊ້ປົກກະຕິຂອງ exonerate, ມັນ
ບໍ່ຈໍາເປັນທີ່ຈະຮູ້ເລື່ອງນີ້.

ການໂຕ້ຕອບເຮັດວຽກໂດຍລູກຄ້າສົ່ງເສັ້ນຄໍາສັ່ງງ່າຍດາຍແລະການສົ່ງເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ
ສາຍຕອບແບບງ່າຍໆຜ່ານຊັອກເກັດ. ຄໍາສັ່ງແລະການຕອບທັງຫມົດແມ່ນເສັ້ນງ່າຍດາຍຂອງ ASCII
text, ດັ່ງນັ້ນມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະໃຊ້ telnet ເປັນລູກຄ້າສໍາລັບການທົດສອບເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ.

ຄຳສັ່ງໃດກໍໄດ້ເປັນແຖວດຽວຂອງຂໍ້ຄວາມ, ແຕ່ການຕອບກັບອາດມີຂໍ້ຄວາມຫຼາຍເສັ້ນ. ໄດ້
ຄໍາຕອບແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບຂອງ :

ຄໍາຕອບໃດໆສາມາດປະກອບມີແຖວທີ່ມີແທັກ ຄຳ ເຕືອນ: or ຄວາມຜິດພາດ: ເຫຼົ່ານີ້ ຄຳ ເຕືອນ: ແລະ ຄວາມຜິດພາດ: tags
ແມ່ນ echoed ໂດຍລູກຄ້າ, ແລະລູກຄ້າຈະອອກຫຼັງຈາກໄດ້ຮັບໃດໆ ຄວາມຜິດພາດ: ຕອບ.

ເມື່ອເຊີບເວີຈະຕອບກັບຫຼາຍແຖວ, ແຖວທຳອິດຕ້ອງສະແດງຈຳນວນ
ສາຍ​ໃນ​ການ​ຕອບ​ທັງ​ຫມົດ​ເປັນ​: ຈຳນວນແຖວ: ຕົວຢ່າງ, ເບິ່ງການຕອບກັບຈາກ ໄດ້ຮັບ
hsps ຄໍາສັ່ງໃນກອງປະຊຸມຕົວຢ່າງຂ້າງລຸ່ມນີ້.

ລູກຄ້າຈະເປີດການເຊື່ອມຕໍ່ດຽວກັບເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍໃດກໍ່ຕາມ, ເຖິງແມ່ນວ່າ multithreaded
ເຊີບເວີແມ່ນແນ່ນອນຕ້ອງການເພື່ອໃຫ້ລູກຄ້າຫຼາຍຄົນເຊື່ອມຕໍ່ພ້ອມໆກັນ.

ຄໍາສັ່ງ ແລະ ຕອບກັບ ໃຫມ່ in ສໍາລັບການ ໄດ້ interface
ຄໍາສັ່ງ: ສະບັບພາສາ
ຕອບ: ສະບັບ

ຄໍາສັ່ງ: ການທ່ອງທ່ຽວ
ຕອບກັບ: (ບໍ່ມີການຕອບກັບ - ເຊີບເວີປິດການເຊື່ອມຕໍ່)

ຄໍາສັ່ງ: dbinfo
ຕອບ: dbinfo:

ໄດ້ dbinfo ຄໍາສັ່ງສົ່ງຄືນຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບຖານຂໍ້ມູນທີ່ໂຫລດຢູ່ໃນເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ.
ຊ່ອງຂໍ້ມູນທີ່ສົ່ງຄືນແມ່ນ:

ທັງ dna ຫຼືທາດໂປຼຕີນ
ບໍ່ວ່າຈະເປັນ softmask ຫຼື unmasked
ຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນຖານຂໍ້ມູນ
ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບທີ່ຍາວທີ່ສຸດໃນຖານຂໍ້ມູນ
ຄວາມຍາວທັງໝົດຂອງລຳດັບທັງໝົດໃນຖານຂໍ້ມູນ

ຄໍາສັ່ງ: ຊອກຫາ
ຕອບ: ຊອກຫາ:

ຄໍາສັ່ງຊອກຫາແມ່ນໃຊ້ໃນແຜນທີ່ຕົວລະບຸພາຍນອກໄປຫາພາຍໃນ
ຕົວລະບຸ.

ຄໍາສັ່ງ: ໄດ້ຮັບ ຂໍ້ມູນ
ຕອບ: seqinfo: [ ]

ຄໍາສັ່ງ get info ສົ່ງຄືນຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບລໍາດັບໃນຖານຂໍ້ມູນ. ໄດ້
ຊ່ອງຂໍ້ມູນທີ່ສົ່ງຄືນແມ່ນ:

ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ
checksum ຮູບແບບ gcg (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້)
id ພາຍນອກ (ເຊັ່ນ: ຈາກ header fasta)
ເສັ້ນຄໍາອະທິບາຍສໍາລັບລໍາດັບ (ຍັງມາຈາກ fasta
header), ຊ່ອງຂໍ້ມູນນີ້ແມ່ນທາງເລືອກທີ່ອາດຈະຖືກລະເວັ້ນ.

ຄໍາສັ່ງ: ໄດ້ຮັບ seq
ຕອບ: seq:

ຄໍາສັ່ງ get seq ສົ່ງຄືນລໍາດັບທັງຫມົດໃນຫນຶ່ງແຖວ.

ຄໍາສັ່ງ: ໄດ້ຮັບ ຍ່ອຍ
ຕອບ: subseq:

ຄໍາສັ່ງ get subseq ສົ່ງຄືນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງລໍາດັບ. ການເລີ່ມຕົ້ນຂອງລໍາດັບແມ່ນ
ຕໍາແຫນ່ງສູນ. ຕົວຢ່າງ. get subseq 0 0 10 ຈະກັບຄືນ 10 ຖານທໍາອິດຂອງ
ລໍາດັບທໍາອິດໃນຖານຂໍ້ມູນ.

ຄໍາສັ່ງ: ທີ່ກໍານົດໄວ້ query
ຕອບ: ok:

ຄໍາສັ່ງ seq query ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສົ່ງລໍາດັບການສອບຖາມໄປຫາເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ. ມັນ
ສົ່ງຄືນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ ແລະ gcg checksum

ຄໍາສັ່ງ: revcomp
ຕອບ: ok: ສາຍ

ຄໍາສັ່ງ revcomp query ເຮັດໃຫ້ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ reverse ຕື່ມການສອບຖາມ. ນີ້
ແມ່ນເພື່ອຊ່ວຍປະຢັດແບນວິດຂອງການສົ່ງຄໍາຖາມສອງຄັ້ງ.

ຄໍາສັ່ງເປົ້າຫມາຍ revcomp ແມ່ນເພື່ອບອກເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍທີ່ຈະປະຕິບັດຖານຂໍ້ມູນເປັນຂອງມັນ
ການ​ເສີມ​ປີ້ນ​ກັບ​ກັນ​. ລູກຄ້າພຽງແຕ່ສົ່ງຄໍາສັ່ງນີ້ເມື່ອຄົ້ນຫາ a
ຖານຂໍ້ມູນທີ່ຖືກແປ, ດັ່ງນັ້ນບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງຖືກປະຕິບັດສໍາລັບປະເພດການຄົ້ນຫາສ່ວນໃຫຍ່.

ຄໍາສັ່ງ: ທີ່ກໍານົດໄວ້ ຕົວກໍານົດການ
ຕອບ: ok:

ຄໍາສັ່ງພາລາມິເຕີທີ່ກໍານົດໄວ້ສົ່ງຕົວກໍານົດການຈາກເສັ້ນຄໍາສັ່ງ exonerate ກັບ
ເຊີບເວີ. ຄໍາສັ່ງນີ້ສາມາດຖືກລະເລີຍໂດຍລູກຄ້າສໍາລັບພື້ນຖານ
ການປະຕິບັດ, ແຕ່ບໍ່ສາມາດຖືກລະເລີຍສໍາລັບການປະຕິບັດທີ່ດີທີ່ສຸດ.

ຄໍາສັ່ງ: ໄດ້ຮັບ hsps
ຕອບ: hspset: { }
ຫຼື: hspset: ຫວ່າງເປົ່າ

ຄໍາສັ່ງ get hsps ແມ່ນຄໍາສັ່ງຕົ້ນຕໍສໍາລັບການໄດ້ຮັບຊຸດຂອງ hsps. ເຊີບເວີ
ອາດຈະສົ່ງຄືນຫຼາຍ hspset. ຊ່ອງຂໍ້ມູນທີ່ສົ່ງຄືນແມ່ນ:

id ພາຍໃນຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍສໍາລັບ HSPsets ເຫຼົ່ານີ້.
ຕຳແໜ່ງເລີ່ມຕົ້ນແບບສອບຖາມ hsp
ຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນເປົ້າຫມາຍ hsp
ຄວາມຍາວ hsp

ສາມຊ່ອງຂໍ້ມູນສຸດທ້າຍເປັນຕົວແທນຂອງ HSP, ແລະອາດຈະຖືກຊ້ໍາຫຼາຍຄັ້ງຕໍ່ຫນຶ່ງ
hspset: ເສັ້ນຕອບ.

A ງ່າຍດາຍ ຍົກຕົວຢ່າງ ລູກ​ຄ້າ ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ ກ່ອງໂຕ້ຕອບ
% telnet localhost 12886
ກຳລັງພະຍາຍາມ 127.0.0.1...
ເຊື່ອມຕໍ່ກັບ localhost.localdomain.
ຕົວອັກສອນ Escape ແມ່ນ '^]'.
ຮຸ່ນ %
ເວີຊັນ: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% ຊອກຫາ AA159529.1
ຊອກຫາ: 88065
% ໄດ້​ຮັບ​ຂໍ້​ມູນ 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% ໄດ້ຮັບ seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% get subseq 88065 10 20
subseq: TTTTTGCTGNATCCTCTTC
% ຕັ້ງຄິວຣີ NAACTCATCNTTTTTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ຕົກລົງ: 62 2028
% ໄດ້ຮັບ hsps
ຈຳນວນເສັ້ນ: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26.
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26.
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26.
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26.
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26.
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26.
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26.
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp query
ok: query strand revcomp
% ໄດ້ຮັບ hsps
ຈຳນວນເສັ້ນ: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41.
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% ອອກ
ການເຊື່ອມຕໍ່ປິດໂດຍເຈົ້າພາບຕ່າງປະເທດ.

ENVIRONMENT

ບໍ່ໄດ້ບັນທຶກເທື່ອ.

ຕົວຢ່າງ

1. ຕົວຢ່າງຂອງການສ້າງດັດນີແປແລະດໍາເນີນການຄົ້ນຫາ protein2genome ໄວໂດຍໃຊ້
exonerate-ເຊີບເວີ

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --ແປວ່າ ແມ່ນ human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi exonerate-ເຊີບເວີ --ພອດ 1234 human.genomic.trans.esi exonerate
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ມາພ້ອມກັບເວີຊັນ 2.2.0 ຂອງຊຸດ exonerate.

ໃຊ້ exonerate-server ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net