fa2dna - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

fa2dna - ຮູບແບບຖານຂໍ້ມູນ fasta ສໍາລັບການນໍາໃຊ້ກັບ ANFO

ສະຫຼຸບສັງລວມ

fa2dna [ ທາງເລືອກ | ເອກະສານ ... ]

ລາຍລະອຽດ

fa2dna ອ່ານຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍໄຟລ໌ໃນຮູບແບບ fasta ແລະຟໍແມັດໃຫ້ເຂົາເຈົ້າເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນທີ່ເຫມາະສົມ
ສໍາລັບການ ຂໍ້​ມູນ(1). ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສາມາດມີຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງລຳດັບ, ແລະແຕ່ລະລຳດັບສາມາດ
ຖືກແຍກອອກເປັນຫຼາຍ contigs ໂດຍ stretch ຂອງ Ns. ລະຫັດທີ່ບໍ່ຊັດເຈນຂອງ IUPAC ທັງໝົດແມ່ນ
ສະຫນັບສະຫນູນຢ່າງເຕັມສ່ວນ.

OPTIONS

-V, - ຫັນ
ພິມໝາຍເລກລຸ້ນ ແລະອອກ.

-o ໄຟລ໌, --output file
ຂຽນຜົນໄດ້ຮັບໃສ່ ເອກະສານ.ເອກະສານ ຄວນສິ້ນສຸດໃນ .dna, ເພາະວ່າ ຂໍ້​ມູນ ແລະບາງລຸ່ມນ້ໍາ
ເຄື່ອງມືອາດຈະ stumble ໃນສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຊື່ genome ກັບ
ໄດ້ .dna ການຂະຫຍາຍ.

-m N, --maxn N
ກໍານົດຈໍານວນສູງສຸດຂອງ Ns ຈະຖືກຕີຄວາມວ່າເປັນລະຫັດທີ່ບໍ່ຊັດເຈນຂອງ IUPAC ກັບ N; ໃດ
ການຍືດຍາວແມ່ນຖືກຕີຄວາມວ່າເປັນການແຍກເຊື້ອສາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 2.

-g ຊື່, --ຊື່ genome
ຕັ້ງຊື່ genome ເປັນ ຊື່. ຊື່ນີ້ຖືກເກັບໄວ້ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແລະຈະເປັນ
ໃຊ້ໂດຍ ຂໍ້​ມູນ ເພື່ອກໍານົດ genome ທີ່ກົງກັນໃນຜົນຜະລິດຂອງມັນ. genome ຄວນຈະເປັນ
ຄໍານໍາຫນ້າຂອງຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ເຄື່ອງມືລຸ່ມເພື່ອຊອກຫາມັນ. ຊື່
ຄວນສັ້ນ, ແຕ່ເປັນເອກະລັກ, ບາງສິ່ງບາງຢ່າງເຊັ່ນ: "hg18" ຫຼື "pt2" ສໍາລັບມະນຸດຫຼື chimpanzee
genomes ຈະເຮັດວຽກໄດ້ດີ.

-d ຂໍ້ຄວາມ, --ລາຍລະອຽດຂໍ້ຄວາມ
Adds ຂໍ້ຄວາມ ເປັນຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບ metadata. ນີ້ແມ່ນຂໍ້ມູນຢ່າງດຽວ.

-v, --verbose
ເຮັດໃຫ້ຕົວຊີ້ວັດຄວາມຄືບຫນ້າຖືກພິມອອກ.

ໃຊ້ fa2dna ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net