faidx - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

faidx - ເອົາລໍາດັບຈາກ FASTA

ສະຫຼຸບສັງລວມ

faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--version] ໄວ
[ພາກພື້ນ [ພາກພື້ນ ...]]

ລາຍລະອຽດ

ເອົາລໍາດັບຈາກ FASTA. ຖ້າບໍ່ມີເຂດໃດຖືກລະບຸ, ຂໍ້ມູນທັງໝົດໃນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນ
ກັບຄືນ. ການປ້ອນຂໍ້ມູນໄຟລ໌ FASTA ຈະຕ້ອງຖືກຫໍ່ເປັນເສັ້ນຢ່າງສະໝໍ່າສະເໝີ, ແລະການຫໍ່ສາຍຂອງຜົນຜະລິດ
ແມ່ນອີງໃສ່ຄວາມຍາວຂອງແຖວ.

OPTIONS

ຕຳ ແໜ່ງ ກະທູ້ທີ່
ໄຟລ໌ FASTA ໄວ

ພາກພື້ນ
ຊ່ອງທີ່ແຍກອອກຕາມລຳດັບເພື່ອດຶງຂໍ້ມູນ ເຊັ່ນ: chr1:1-1000

ຖ້າຕ້ອງການ ກະທູ້ທີ່
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

-b ຕຽງ, --ຕຽງ BED
ໄຟລ໌ຕຽງນອນຂອງພາກພື້ນ

-o ອອກ, --ອອກ ອອກໄປ
ຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: stdout)

-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}, -- ຫັນປ່ຽນ
{bed,chromsizes,nucleotide,transposed}
ປ່ຽນພາກພື້ນທີ່ຮ້ອງຂໍໃຫ້ເປັນຮູບແບບອື່ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີ

-c, --ຕື່ມ
ຕື່ມຂໍ້ມູນໃສ່ລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

-r, -- ປີ້ນ
ປີ້ນກັບລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

-n, --ບໍ່ມີຊື່
omit ຊື່ລໍາດັບຈາກຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

-f, --ຊື່ເຕັມ
ອອກຊື່ເຕັມລວມທັງຄໍາອະທິບາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

-x, --split-files
ຂຽນແຕ່ລະພາກພື້ນໃສ່ໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ (ຊື່ແມ່ນມາຈາກພາກພື້ນ)

-l, --ຂີ້ຄ້ານ
ຕື່ມ​ໃສ່ --default-seq ສໍາລັບໄລຍະທີ່ຂາດຫາຍໄປ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
ພື້ນຖານເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບຕໍາແຫນ່ງທີ່ຂາດຫາຍໄປແລະຫນ້າກາກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

-d DELIMITER --ຕົວຂັ້ນ DELIMITER
ຕົວຂັ້ນສໍາລັບການແບ່ງຊື່ເປັນຫຼາຍຄ່າ (ຊື່ຊໍ້າກັນຈະເປັນ
ຍົກເລີກ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີ

-g REGEX, --regex REGEX
ການສະແດງອອກປົກກະຕິສໍາລັບການກັ່ນຕອງຊື່ລໍາດັບທີ່ບໍ່ກົງກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .*

-m, --mask-with-default-seq
ຫນ້າກາກໄຟລ໌ FASTA ໂດຍໃຊ້ --default-seq ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

-M, --ໜ້າກາກແຕ່ລະກໍລະນີ
ໜ້າກາກໄຟລ໌ FASTA ໂດຍການປ່ຽນເປັນຕົວພິມນ້ອຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

- ການປ່ຽນແປງ
ພິມໝາຍເລກເວີຊັນ pyfaidx

ໃຊ້ faidx ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net