fmcs - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

fmcs - fmcs

ລາຍລະອຽດ

ການນໍາໃຊ້: fmcs [-h] [--maximize {atoms,bonds}] [--min-num-atoms INT]

[-- ປຽບທຽບ {topology, ອົງປະກອບ, ປະເພດ}] [-- atom- ປຽບທຽບ {any,elements, isotopes}]
[--bond-compare {any,bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-matches-ring-only]
[--complete-rings-only] [--select SELECT] [--timeout SECONDS] [--output FILENAME]
[--output-format {smarts,fragment-smile,fragment-sdf,complete-sdf}] [--output-all]
[--save-atom-class-tag TAG] [--save-counts-tag TAG] [--save-atom-indices-tag TAG]
[--save-smarts-tag TAG] [--save-smiles-tag TAG] [--times] [-v] [--version] ຊື່ໄຟລ໌

ຊອກຫາໂຄງສ້າງຍ່ອຍທົ່ວໄປສູງສຸດຂອງຊຸດຂອງໂຄງສ້າງ

ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ SDF ຫຼື SMILES

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

-- ຂະຫຍາຍສູງສຸດ {ປະລໍາມະນູ,ພັນທະບັດ}
ຂະຫຍາຍຈຳນວນ 'ອະຕອມ' ຫຼື 'ພັນທະບັດ' ໃນ MCS ໃຫ້ສູງສຸດ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ພັນທະບັດ)

--min-num-ປະລໍາມະນູ INT
ຈຳນວນອະຕອມຂັ້ນຕ່ຳໃນ MCS (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2)

--ປຽບທຽບ {topology, ອົງປະກອບ, ປະເພດ}
ໃຊ້ 'topology' ເປັນ shorthand ສໍາລັບ '--atom-compare ໃດ -- ພັນທະບັດປຽບທຽບ ໃດ',
'ອົງປະກອບ' ແມ່ນ '-- atom-ປຽບທຽບອົງປະກອບ -- ພັນທະບັດປຽບທຽບ any', ແລະ 'ປະເພດ' ແມ່ນ
'-- atom ປຽບທຽບອົງປະກອບ -- ພັນທະບັດປຽບທຽບ ປະເພດພັນທະບັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປະເພດ)

--ອະຕອມ-ປຽບທຽບ {ອັນໃດ, ອົງປະກອບ, ໄອໂຊໂທບ}
ລະບຸວິທີການປຽບທຽບອະຕອມ. ດ້ວຍ 'ອັນໃດກໍໄດ້', ທຸກໆປະລໍາມະນູຈະກົງກັນ
ປະລໍາມະນູ. ດ້ວຍ 'ອົງປະກອບ', ອະຕອມຈະກົງກັນພຽງແຕ່ຖ້າພວກມັນມີອົງປະກອບດຽວກັນ. ກັບ
'ໄອໂຊໂທບ', ປະລໍາມະນູກົງກັນພຽງແຕ່ຖ້າພວກເຂົາມີຈໍານວນໄອໂຊໂທບດຽວກັນ; ອົງປະກອບ
ຂໍ້ມູນຖືກລະເລີຍດັ່ງນັ້ນ [5C] ແລະ [5P] ແມ່ນຄືກັນ. ນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອ
ປະຕິບັດການພິມປະລໍາມະນູທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ອົງປະກອບ)

-- ພັນທະບັດປຽບທຽບ {any,bondtypes}
ລະບຸວິທີການປຽບທຽບພັນທະບັດ. ດ້ວຍ 'ອັນໃດກໍໄດ້', ທຸກໆພັນທະບັດກົງກັນກັບກັນແລະກັນ
ພັນທະບັດ. ດ້ວຍ 'ປະເພດພັນທະບັດ', ພັນທະບັດຈະຄືກັນ ຖ້າປະເພດພັນທະບັດຄືກັນ.
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປະເພດພັນທະບັດ)

--atom-class-tag TAG
ໃຊ້ການມອບໝາຍຊັ້ນປະລໍາມະນູຈາກຊ່ອງຂໍ້ມູນ 'TAG'. ຂໍ້ມູນແທັກຕ້ອງມີຊ່ອງຫວ່າງ
ລາຍຊື່ຈຳນວນເຕັມທີ່ແຍກຢູ່ລະຫວ່າງ 1-10000, ໜຶ່ງອັນສຳລັບແຕ່ລະອະຕອມ. ປະລໍາມະນູແມ່ນ
ຄືກັນຖ້າຫາກວ່າ ແລະພຽງແຕ່ຖ້າຫາກວ່າຫ້ອງຮຽນປະລໍາມະນູທີ່ສອດຄ້ອງກັນຂອງເຂົາເຈົ້າແມ່ນຄືກັນ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ
'003' ແລະ '3' ຖືກປະຕິບັດເປັນຄ່າດຽວກັນ. (ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

--ring-match-ring-only
ດັດແກ້ການປຽບທຽບພັນທະບັດເພື່ອໃຫ້ພັນທະບັດວົງພຽງແຕ່ກົງກັບພັນທະບັດແຫວນແລະພັນທະບັດຕ່ອງໂສ້
ພຽງແຕ່ຈັບຄູ່ພັນທະບັດຕ່ອງໂສ້. (ອະຕອມວົງແຫວນຍັງສາມາດຈັບຄູ່ອະຕອມທີ່ບໍ່ແມ່ນວົງໄດ້.)

--complete-rings-only
ຖ້າພັນທະບັດແມ່ນພັນທະບັດວົງແຫວນໃນໂຄງສ້າງວັດສະດຸປ້ອນແລະພັນທະບັດຢູ່ໃນ MCS ຫຼັງຈາກນັ້ນ
ພັນທະບັດຕ້ອງຢູ່ໃນວົງແຫວນໃນ MCS. ການເລືອກຕົວເລືອກນີ້ຍັງເປີດໃຊ້ງານ
--ring-match-ring-only.

--ເລືອກ SELECT
ເລືອກຊຸດຍ່ອຍຂອງບັນທຶກການປ້ອນຂໍ້ມູນເພື່ອປະມວນຜົນ. ຕົວຢ່າງ: 1-10,13,20,50- (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
'1-', ເຊິ່ງເລືອກໂຄງສ້າງທັງໝົດ)

--ຫມົດ​ເວ​ລາ ວິນາທີ
ລາຍງານການແກ້ໄຂທີ່ດີທີ່ສຸດຫຼັງຈາກແລ່ນເປັນເວລາຫຼາຍທີ່ສຸດ 'ຫມົດເວລາ' ວິນາທີ. ໃຊ້ 'ບໍ່ມີ'
ສໍາລັບການບໍ່ມີເວລາຫມົດເວລາ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີ)

-- ຜົນຜະລິດ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ, -o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຂຽນຜົນໄດ້ຮັບໃສ່ FILENAME (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໃຊ້ stdout)

--ຮູບ​ແບບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ {smarts,fragment-smile,fragment-sdf,complete-sdf}
'smarts' ຂຽນຮູບແບບ SMARTS ລວມທັງເງື່ອນໄຂອະຕອມແລະພັນທະບັດ.
'fragment-smiles' ຂຽນ fragment ທີ່ກົງກັນເປັນ SMILES string. 'ຊິ້ນສ່ວນ-sdf'
ຂຽນຊິ້ນສ່ວນທີ່ກົງກັນເປັນໄຟລ໌ SD; ເບິ່ງ --save-atom-class ສໍາລັບລາຍລະອຽດກ່ຽວກັບວິທີການ
ຂໍ້ມູນຫ້ອງຮຽນ atom ຖືກບັນທຶກໄວ້. 'complete-sdf' ຂຽນໄຟລ໌ SD ທັງຫມົດດ້ວຍ
ຂໍ້ມູນຊິ້ນສ່ວນທີ່ເກັບໄວ້ໃນແທັກທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍ --save-fragment-indices-tag.
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: smarts)

--ອອກ-ທັງໝົດ
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຮູບແບບຜົນຜະລິດໂຄງສ້າງຈະສະແດງ MCS ສໍາລັບການປ້ອນຂໍ້ມູນທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ
ໂຄງສ້າງ. ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ຖືກເປີດໃຊ້, MCS ສໍາລັບໂຄງສ້າງທັງຫມົດແມ່ນ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນ.

--save-atom-class-tag TAG
ຖ້າຫ້ອງຮຽນອະຕອມຖືກລະບຸ (ຜ່ານ --class-tag) ແລະ​ຮູບ​ແບບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ແມ່ນ​
'fragment-sdf' ຈາກນັ້ນບັນທຶກຊັ້ນອາຕອມຂອງໂຄງສ້າງຍ່ອຍໃສ່ແທັກ TAG, ໃນ fragment.
ຄໍາສັ່ງປະລໍາມະນູ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນນີ້ແມ່ນມູນຄ່າຂອງ --atomclass-tag.

--save-counts-tag TAG
ບັນທຶກການນັບຊິ້ນ, ການນັບອະຕອມ, ແລະການນັບພັນທະບັດໃສ່ແທັກ SD ທີ່ລະບຸໄວ້ເປັນ
ຕົວເລກທີ່ແຍກອອກຈາກຍະຫວ່າງ, ເຊັ່ນ '1 9 8'. (ຈຳນວນຊິ້ນສ່ວນຈະບໍ່ໃຫຍ່ກວ່າ
1 ຈົນກ່ວາ fmcs ຮອງຮັບ MCSes ທີ່ຕັດການເຊື່ອມຕໍ່.)

--save-atom-indices-tag TAG
ຖ້າປະເພດ atom ຖືກລະບຸແລະຮູບແບບຜົນຜະລິດແມ່ນ 'complete-sdf' ຫຼັງຈາກນັ້ນໃຫ້ບັນທຶກ
MCS fragment atom indices ກັບ TAG tag, ໃນຄໍາສັ່ງ MCS. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: mcs-atomindices)

--save-smarts-tag TAG
ບັນທຶກ MCS SMARTS ໃສ່ແທັກ SD ທີ່ລະບຸ. ໃຊ້ '-' ຖ້າບໍ່ມີ MCS

--save-smiles-tag TAG
ບັນທຶກ fragment SMILES ໃສ່ SD tag ທີ່ລະບຸ. ໃຊ້ '-' ຖ້າບໍ່ມີ MCS

--ເທື່ອ
ພິມຂໍ້ມູນເວລາໃສ່ stderr

-v, -- verbose
ພິມສະຖິຕິຄວາມຄືບໜ້າໃສ່ stderr. ໃຊ້ສອງຄັ້ງເພື່ອໃຫ້ມີ verbosity ສູງຂຶ້ນ.

- ການປ່ຽນແປງ

ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້, ເບິ່ງ https://bitbucket.org/dalke/fmcs/

ໃຊ້ fmcs ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net