genome-music-survivalp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

genome music survival - ສ້າງແຜນການຢູ່ລອດແລະ P-values ​​ສໍາລັບທາງດ້ານການຊ່ວຍແລະການກາຍພັນ
phenotypes.

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ອະທິບາຍເຖິງ genome music survival version 0.04 (2016-01-01 ເວລາ 23:10:18)

ສະຫຼຸບສັງລວມ

genome music survival --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... ດົນຕີຢູ່ລອດ \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... ດົນຕີຢູ່ລອດ \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... ດົນຕີຢູ່ລອດ \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'ເຊື້ອຊາດ,Gender,TP53' \
--output-dir /path/output_directory

ຕ້ອງການ ການໂຕ້ຖຽງ

bam-ບັນຊີລາຍຊື່ ຂໍ້ຄວາມ
ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຊື່ຕົວຢ່າງທີ່ຈະລວມເຂົ້າໃນການວິເຄາະ. (ເບິ່ງລາຍລະອຽດ)

ຜົນຜະລິດ-dir ຂໍ້ຄວາມ
ໄດເລກະທໍລີທີ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຈະຖືກຂຽນ

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ

maf-file ຂໍ້ຄວາມ
ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງການກາຍພັນໃນຮູບແບບ MAF

ຂ້າມ-ງຽບ ບົວບານ
ຂ້າມການກາຍພັນແບບງຽບໆຈາກໄຟລ໌ MAF ທີ່ສະໜອງໃຫ້

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noskip-silent ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-silent 'false'

genetic-data-type ຂໍ້ຄວາມ
ເຊື່ອມໂຍງຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກກັບຂໍ້ມູນລະດັບ "gene" ຫຼື "variant".

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'gene' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

numeric-clinic-data-file ຂໍ້ຄວາມ
ຕາຕະລາງຕົວຢ່າງ (y) ທຽບກັບປະເພດຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກຕົວເລກ (x)

categorical-clinic-data-file ຂໍ້ຄວາມ
ຕາຕະລາງຕົວຢ່າງ (y) ທຽບກັບປະເພດຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກປະເພດ (x)

glm-clinic-data-file ຂໍ້ຄວາມ
ລັກສະນະທາງຄລີນິກ, ໂປຣໄຟລ໌ການກາຍພັນ, ຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກປະສົມອື່ນໆ (ເບິ່ງລາຍລະອຽດ).

phenotypes-to-ລວມ ຂໍ້ຄວາມ
ລວມເອົາແຕ່ພັນທຸກໍາເຫຼົ່ານີ້ ແລະ/ຫຼື phenotypes ຢູ່ໃນການວິເຄາະ. (ໝາຍຈຸດ-ກຳນົດ)

ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ນິ​ທານ​ ຂໍ້ຄວາມ
ເລືອກໜຶ່ງໃນ 'ຊ້າຍລຸ່ມ', 'ເທິງຊ້າຍ', 'ເທິງສຸດ' ຫຼື 'ຂວາລຸ່ມ'.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'ຊ້າຍລຸ່ມ' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

ຂ້າມ-ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດ ບົວບານ
ຂ້າມການກາຍພັນທີ່ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດຈາກໄຟລ໌ MAF ທີ່ສະໜອງໃຫ້

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ

noskip-ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດ ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-non-coding 'false'

ລາຍລະອຽດ

ຄໍາສັ່ງນີ້ປະຕິບັດການວິເຄາະການຢູ່ລອດແລະວາງແຜນເສັ້ນໂຄ້ງການຢູ່ລອດສໍາລັບຂໍ້ມູນການກາຍພັນ, ເປັນ
ເຊັ່ນດຽວກັນກັບລັກສະນະທາງດ້ານຄລີນິກທີ່ມີຄວາມສົນໃຈຕາມທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍຜ່ານ --phenotypes-to-include input
ພາລາມິເຕີ. ການວິເຄາະທີ່ປະຕິບັດລວມມີຕົວຄາດຄະເນ Kaplan-Meier ຕິດຕາມດ້ວຍ Cox
ຮູບແບບອັນຕະລາຍຕາມອັດຕາສ່ວນ. ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ວິ​ເຄາະ gene / ທາງ​ດ້ານ​ການ​ຊ່ວຍ​ແຕ່​ລະ​ປະ​ກອບ​ມີ​ການ​ຢູ່​ລອດ​
ເສັ້ນ​ໂຄ້ງ, ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ອັນ​ຕະ​ລາຍ (ມີ​ໄລ​ຍະ​ຄວາມ​ຫມັ້ນ​ໃຈ), ແລະ P-values ​​ແລະ FDRs ອະ​ທິ​ບາຍ​ການ
ຄວາມສໍາຄັນຂອງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງຜູ້ລອດຊີວິດແລະຜູ້ບໍ່ລອດຊີວິດ.

ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກທັງໝົດແມ່ນຊອກຫາຕາມທີ່ຕ້ອງການ (case insensitive) "vital_status"
ແລະຖັນ "days_to_last_followup" ທີ່ຖືກຈັບຄູ່ກັບ phenotypes ຜ່ານ IDs ຕົວຢ່າງສໍາລັບ
ການ​ວິ​ເຄາະ​ການ​ຢູ່​ລອດ​. ຖັນທໍາອິດຂອງໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກທັງໝົດຕ້ອງມີຕົວຢ່າງ
IDs, ຄືກັນກັບໃນເຄື່ອງມື MuSiC ອື່ນໆ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການວິເຄາະແມ່ນດໍາເນີນຢູ່ໃນທຸກ gene ປະຈຸບັນ
ໃນ MAF. ທາງເລືອກອື່ນ, ການວິເຄາະອາດຈະຖືກຈໍາກັດພຽງແຕ່ genes ສະເພາະໂດຍລາຍຊື່ພວກມັນ
(ໝາຍຈຸດຂັ້ນ) ຫຼັງຈາກພາຣາມິເຕີການປ້ອນຂໍ້ມູນ --phenotypes-to-include. ການວິເຄາະການຢູ່ລອດອາດຈະ
ຍັງຖືກປະຕິບັດຢູ່ໃນຄໍລໍາອື່ນໆໃນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທາງດ້ານການຊ່ວຍໂດຍການເພີ່ມສ່ວນຫົວຄໍລໍາ
ໃສ່ລາຍການລາຍການທີ່ລະບຸໄວ້ຫຼັງຈາກພາລາມິເຕີການປ້ອນຂໍ້ມູນ --phenotypes-to-include.

ນີ້ແມ່ນບາງຂໍ້ແນະນຳທົ່ວໄປໃນການສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກ:

· ຕ້ອງການສ່ວນຫົວ.

· ຖັນທຳອິດຂອງແຕ່ລະໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທາງຄລີນິກຕ້ອງມີ ID ຕົວຢ່າງທີ່ກົງກັນ
ໃນທັງສອງລາຍການ --bam-list ແລະ MAF variant list (ໃນ MAF, ນີ້ແມ່ນ
ຖັນ Tumor_Sample_Barcode, ໂດຍສະເພາະ).

·ຢູ່ໃນຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງຂອງເອກະສານຂໍ້ມູນທາງດ້ານການຊ່ວຍ input, ຖັນທີ່ມີ headers "vital_status"
ແລະ "days_to_last_followup" (case insensitive) ຕ້ອງມີຢູ່. "vital_status" ຕ້ອງເປັນ
delineated ໂດຍ 1's ແລະ 0's, ບ່ອນທີ່ 0 ຫມາຍເຖິງ 'ດໍາລົງຊີວິດ', ແລະ 1 ຫມາຍເຖິງ 'ຕາຍ'.

ກະລຸນາຮັບຊາບວ່າທຸກໄຟລ໌ທີ່ປ້ອນເຂົ້າຕ້ອງຖືກແຍກອອກຈາກແຖບ.

ການໂຕ້ຖຽງ

--bam-ບັນຊີລາຍຊື່
ໃຫ້ໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ຕົວຢ່າງ ແລະສະຖານທີ່ປົກກະຕິ/ເນື້ອງອກ BAM ສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ. ໃຊ້
ແຖບ- ຮູບແບບທີ່ຂັ້ນດ້ວຍ [sample_name normal_bam tumor_bam] ຕໍ່ແຖວ. ເຄື່ອງມືນີ້ເທົ່ານັ້ນ
ຕ້ອງການ sample_name, ດັ່ງນັ້ນສາມາດຂ້າມຖັນອື່ນທັງໝົດໄດ້. sample_name ຕ້ອງເປັນ
ຄືກັນກັບຊື່ຕົວຢ່າງຂອງເນື້ອງອກທີ່ໃຊ້ໃນໄຟລ໌ MAF (ຖັນທີ 16, ມີສ່ວນຫົວ
Tumor_Sample_Barcode).

ໃຊ້ genome-music-survivalp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net