glam2-purge - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

glam2-purge - ເອົາລໍາດັບທີ່ຊໍ້າຊ້ອນອອກຈາກໄຟລ໌ FASTA

ສະຫຼຸບສັງລວມ

glam2-ລ້າງ ເອກະສານ ຄະແນນ [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

glam2-ລ້າງ ແມ່ນສະບັບດັດແກ້ຂອງ Andrew Neuwald's purge ໂຄງ​ການ​ທີ່​ກໍາ​ຈັດ​ການ​ຊໍ້າ​ຊ້ອນ​
ລໍາດັບຈາກໄຟລ໌ FASTA. ນີ້ແມ່ນແນະນໍາເພື່ອປ້ອງກັນຄວາມຄ້າຍຄືກັນສູງ
ລໍາດັບບິດເບືອນການຄົ້ນຫາສໍາລັບ motifs. Purge ເຮັດວຽກກັບ DNA ຫຼືທາດໂປຼຕີນ
ລໍາດັບແລະສ້າງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດເຊັ່ນວ່າບໍ່ມີສອງລໍາດັບມີ (gapless) ທ້ອງຖິ່ນ
ຄະແນນການຈັດຮຽງສູງກວ່າເກນທີ່ຜູ້ໃຊ້ກຳນົດໄວ້. ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຊື່
. . ຄະແນນການຈັດຮຽງແມ່ນອີງໃສ່ BLOSUM62 matrix ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ, ແລະຢູ່ໃນ a
ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນ +5/-1 ສໍາລັບ DNA. ການລ້າງຍັງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເຮັດຫນ້າກາກ tandem ຊ້ໍາອີກ. ມັນໃຊ້
ໂຄງການ XNU ສໍາລັບຈຸດປະສົງນີ້.

OPTIONS

-n
ລໍາດັບແມ່ນ DNA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ທາດໂປຼຕີນ).

-b
ໃຊ້ວິທີ blast heuristic (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ).

-e
ໃຊ້ວິທີການທີ່ສົມບູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ DNA).

-q
ຮັກສາລໍາດັບທໍາອິດໃນຊຸດ.

-x
ໃຊ້ xnu ເພື່ອປິດບັງໂປຣຕີນ tandem ຊໍ້າຄືນ.

ໃຊ້ glam2-purge ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net