gmx-dyndom - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-dyndom - ການຫມູນວຽນໂຄງສ້າງແບບປະສົມກັນ ແລະ extrapolate

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[- ສີ່ຫລ່ຽມ ] [- ການ​ຕິດ​ຕໍ່​ກັນ​ ] [-nframe ]
[- ມຸມ ] [-trans ] [- ຫົວ ໜ້າ ]
[-ຫາງ ]

ລາຍລະອຽດ

gmx dydom ອ່ານ a .pdb ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຈາກ DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). ມັນ
ອ່ານພິກັດ, ຈຸດປະສານງານຂອງແກນຫມຸນ, ແລະໄຟລ໌ດັດສະນີທີ່ບັນຈຸ
ໂດເມນ. ນອກຈາກນັ້ນ, ມັນໃຊ້ເວລາອະຕອມທໍາອິດແລະສຸດທ້າຍຂອງໄຟລ໌ລູກສອນເປັນຄໍາສັ່ງ
line arguments (ຫົວແລະຫາງ) ແລະສຸດທ້າຍມັນໃຊ້ເວລາ vector ການແປພາສາ (ໃຫ້ໃນ
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ DynDom) ແລະມຸມຂອງການຫມຸນ (ຍັງເປັນການໂຕ້ຖຽງເສັ້ນຄໍາສັ່ງ). ຖ້າມຸມ
ກໍານົດໂດຍ DynDom ແມ່ນໃຫ້, ຫນຶ່ງຄວນຈະສາມາດຟື້ນຕົວໂຄງສ້າງທີສອງທີ່ໃຊ້ສໍາລັບ
ສ້າງຜົນຜະລິດ DynDom. ເນື່ອງຈາກຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຈໍານວນຈໍາກັດ, ນີ້ຄວນຈະເປັນ
ກວດ​ສອບ​ໂດຍ​ການ​ຄິດ​ໄລ່ RMSD ປະ​ລໍາ​ມະ​ນູ​ທັງ​ຫມົດ (ການ​ນໍາ​ໃຊ້ gmx confrms) ແທນທີ່ຈະເປັນການປຽບທຽບໄຟລ໌
(ໃຊ້ diff).

ຈຸດປະສົງຂອງໂຄງການນີ້ແມ່ນເພື່ອ interpolate ແລະ extrapolate ພືດຫມູນວຽນທີ່ພົບເຫັນໂດຍ
DynDom. ດັ່ງນັ້ນ, ໂຄງສ້າງ unphysical ມີພັນທະບັດຍາວຫຼືສັ້ນ, ຫຼືປະລໍາມະນູ overlapping
ອາດຈະຖືກຜະລິດ. ການກວດສອບພາບ, ແລະການຫຼຸດຜ່ອນພະລັງງານອາດຈະມີຄວາມຈໍາເປັນເພື່ອກວດສອບ
ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
ໄຟລ໌ທະນາຄານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ

-n [<.ndx>] (domains.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr gro g96 pdb tng

ທາງເລືອກອື່ນ:

- ສີ່ຫລ່ຽມ (0​)
ມຸມຂອງການຫມຸນກ່ຽວກັບ vector ພືດຫມູນວຽນ

- ການ​ຕິດ​ຕໍ່​ກັນ​ (0​)
ມຸມຂອງການຫມຸນກ່ຽວກັບ vector ພືດຫມູນວຽນ

-nframe (11​)
ຈໍານວນຂັ້ນຕອນໃນເສັ້ນທາງ

- ມຸມ (0​)
DymDom ກໍານົດມຸມຂອງການຫມຸນກ່ຽວກັບ vector ພືດຫມູນວຽນ

-trans (0​)
ແປຄຳອະທິບາຍກັບຄືນເປັນ ອັງກິດ (ສະຫະລັດ) ແປພາສາ (Angstrom) along rotation vector (ເບິ່ງ DynDom info file)

- ຫົວ ໜ້າ (0 0 0)
ປະລໍາມະນູທໍາອິດຂອງ vector ລູກສອນ

-ຫາງ (0 0 0)
ອະຕອມສຸດທ້າຍຂອງ vector ລູກສອນ

ໃຊ້ gmx-dyndom ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net