ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-sasa ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-sasa - compute solvent ພື້ນຜິວທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-ຫຼື [<.xvg>]] [-ໂອ [<.xvg>]]
[- ໂທລະພາບ [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- ເຈົ້າ ] [-xvg ] [-[ບໍ່]rmpbc]
[-[ບໍ່]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [- ສືບສວນ ]
[- ຈຸດໆ ] [-[ບໍ່]prot] [-dgs ]
[- ດ້ານ ] [- ຜົນຜະລິດ ]
ລາຍລະອຽດ
gmx sasa ຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ຫນ້າດິນທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້. ເບິ່ງ Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. ເຄັມ. 16, 273-284 ສໍາລັບ algorithm ທີ່ໃຊ້. ກັບ
-q, ພື້ນຜິວ Connolly ສາມາດສ້າງໄດ້ເຊັ່ນດຽວກັນໃນ a .pdb file ບ່ອນທີ່ nodes ແມ່ນ
ເປັນຕົວແທນເປັນອະຕອມແລະຂອບເຊື່ອມຕໍ່ nodes ທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດເປັນການບັນທຶກ CONECT. -odg
ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບການຄາດຄະເນຂອງພະລັງງານທີ່ບໍ່ມີການແກ້ໄຂຈາກພະລັງງານການແກ້ໄຂຕໍ່ປະລໍາມະນູ.
ພື້ນທີ່ເປີດເຜີຍ.
ໂຄງການຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການຄັດເລືອກສໍາລັບການຄິດໄລ່ຫນ້າດິນທີ່ຈະໄດ້ຮັບການລະບຸໄວ້ກັບ
- ດ້ານ. ອັນນີ້ຄວນປະກອບດ້ວຍອະຕອມທີ່ບໍ່ມີຕົວລະລາຍທັງໝົດຢູ່ໃນລະບົບສະເໝີ. ພື້ນທີ່ຂອງ
ກຸ່ມນີ້ຖືກຄິດໄລ່ສະເໝີ. ທາງເລືອກ, - ຜົນຜະລິດ ສາມາດກໍານົດການຄັດເລືອກເພີ່ມເຕີມ,
ເຊິ່ງຄວນຈະເປັນຊຸດຍ່ອຍຂອງກຸ່ມການຄຳນວນ. ພື້ນທີ່ທີ່ສາມາດເຂົ້າຫາສານລະລາຍສໍາລັບການເຫຼົ່ານີ້
ກຸ່ມຍັງຖືກສະກັດອອກຈາກພື້ນຜິວເຕັມ.
ການບ່ຽງເບນສະເລ່ຍ ແລະມາດຕະຖານຂອງພື້ນທີ່ໃນໄລຍະ trajectory ສາມາດຖືກຄິດໄລ່ຕໍ່
residue ແລະ atom (ທາງເລືອກ -ຫຼື ແລະ -ໂອ).
ມີ - ໂທລະພາບ ທາງເລືອກປະລິມານທັງຫມົດແລະຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງໂມເລກຸນສາມາດໄດ້ຮັບການຄິດໄລ່. ກັບ
-pbc (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ທ່ານຕ້ອງຮັບປະກັນວ່າກຸ່ມໂມເລກຸນ / ພື້ນຜິວຂອງທ່ານບໍ່ໄດ້ຖືກແບ່ງອອກ
PBC. ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ທ່ານຈະໄດ້ຮັບຜົນໄດ້ຮັບທີ່ບໍ່ມີຄວາມຫມາຍ. ກະລຸນາພິຈາລະນາວ່າ
radius probe ປົກກະຕິແມ່ນເຫມາະສົມໃນກໍລະນີນີ້ຫຼືວ່າທ່ານຈະແທນທີ່ຈະໃຊ້, ຕົວຢ່າງ, 0.
ມັນເປັນການດີທີ່ຈະຈື່ໄວ້ວ່າຜົນໄດ້ຮັບສໍາລັບປະລິມານແລະຄວາມຫນາແຫນ້ນແມ່ນປະມານຫຼາຍ.
ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ໃນກ້ອນ Ih, ຄົນເຮົາສາມາດໃສ່ໂມເລກຸນນ້ໍາໄດ້ຢ່າງງ່າຍດາຍໃນຮູຂຸມຂົນທີ່ຈະໃຫ້ຜົນຜະລິດ
ປະລິມານທີ່ຕໍ່າເກີນໄປ, ແລະພື້ນທີ່ຫນ້າດິນແລະຄວາມຫນາແຫນ້ນທີ່ທັງສອງສູງເກີນໄປ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
Input trajectory ຫຼື configuration ດຽວ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໂຄງປະກອບການປ້ອນຂໍ້ມູນ: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ກຸ່ມດັດຊະນີພິເສດ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (area.xvg)
ພື້ນທີ່ທັງໝົດເປັນໜ້າທີ່ຂອງເວລາ
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ການຄາດຄະເນການແກ້ໄຂພະລັງງານຟຣີເປັນຫນ້າທີ່ຂອງເວລາ
-ຫຼື [<.xvg>] (resarea.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ພື້ນທີ່ສະເລ່ຍຕໍ່ສານຕົກຄ້າງ
-ໂອ [<.xvg>] (atomarea.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ພື້ນທີ່ສະເລ່ຍຕໍ່ປະລໍາມະນູ
- ໂທລະພາບ [<.xvg>] (volume.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ປະລິມານແລະຄວາມຫນາແຫນ້ນທັງຫມົດເປັນຫນ້າທີ່ຂອງເວລາ
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ PDB ສໍາລັບຫນ້າດິນ Connolly
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ຖ້າ t MOD dt == ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
- ເຈົ້າ (ps)
ຫົວໜ່ວຍສໍາລັບຄ່າເວລາ: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
ການຈັດຮູບແບບຂອງຕອນ: none, xmgrace, xmgr
-[ບໍ່]rmpbc (ແມ່ນແລ້ວ)
ເຮັດໃຫ້ໂມເລກຸນທັງຫມົດສໍາລັບແຕ່ລະກອບ
-[ບໍ່]pbc (ແມ່ນແລ້ວ)
ໃຊ້ເງື່ອນໄຂເຂດແດນເປັນໄລຍະສໍາລັບການຄິດໄລ່ໄລຍະທາງ
-sf
ໃຫ້ການເລືອກຈາກໄຟລ໌
-selrpos (ປະລໍາມະນູ)
ຕຳແໜ່ງອ້າງອີງການຄັດເລືອກ: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
- ສືບສວນ (0.14)
ລັດສະໝີຂອງຕົວເຮັດລະລາຍ (nm)
- ຈຸດໆ (24)
ຈຳນວນຈຸດຕໍ່ວົງມົນ, ຈຸດຫຼາຍໝາຍເຖິງຄວາມຖືກຕ້ອງຫຼາຍຂຶ້ນ
-[ບໍ່]prot (ແມ່ນແລ້ວ)
ສົ່ງທາດໂປຼຕີນໃຫ້ Connolly .pdb ໄຟລ໌ຄືກັນ
-dgs (0)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສຳລັບພະລັງງານທີ່ບໍ່ມີການແກ້ບັນຫາຕໍ່ພື້ນທີ່ (kJ/mol/nm^2)
- ດ້ານ
ການຄັດເລືອກການຄິດໄລ່ພື້ນຜິວ
- ຜົນຜະລິດ
ການຄັດເລືອກຜົນໄດ້ຮັບ
ໃຊ້ gmx-sasa ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
