ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-spol ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-spol - ວິເຄາະທິດທາງ dipole ທາດລະລາຍ ແລະ polarization ອ້ອມຕົວລະລາຍ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ບໍ່]ວ]
[-xvg ] [-[ບໍ່]com] [-refat ] [-rmin ]
[-rmax ] [- ຈຸ່ມ ] [-bw ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ເພດ ວິເຄາະ dipoles ປະມານຕົວລະລາຍ; ມັນເປັນປະໂຫຍດໂດຍສະເພາະສໍາລັບນ້ໍາ polarizable.
ກຸ່ມຂອງປະລໍາມະນູອ້າງອີງ, ຫຼືສູນກາງຂອງການອ້າງອິງມະຫາຊົນ (ທາງເລືອກ -com) ແລະກຸ່ມຂອງ
ຕ້ອງການອະຕອມຂອງສານລະລາຍ. ໂຄງການແບ່ງກຸ່ມຂອງປະລໍາມະນູ solvent ເປັນໂມເລກຸນ.
ສໍາລັບແຕ່ລະໂມເລກຸນລະລາຍໄລຍະຫ່າງກັບປະລໍາມະນູທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດໃນກຸ່ມອ້າງອີງຫຼືເຖິງ
COM ຖືກກໍານົດ. ການແຈກຢາຍສະສົມຂອງໄລຍະທາງເຫຼົ່ານີ້ຖືກວາງແຜນໄວ້. ສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງ -rmin ແລະ -rmax ຜະລິດຕະພັນພາຍໃນຂອງ vector ໄລຍະຫ່າງແລະ dipole
ຂອງໂມເລກຸນລະລາຍແມ່ນຖືກກໍານົດ. ສໍາລັບໂມເລກຸນລະລາຍທີ່ມີຄ່າສຸດທິ (ions), ໄດ້
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍສຸດທິຂອງ ion ຖືກຫັກອອກຢ່າງເທົ່າທຽມກັນຈາກອະຕອມທັງໝົດໃນການຄັດເລືອກແຕ່ລະ ion.
ສະເລ່ຍຂອງອົງປະກອບ dipole ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນພິມອອກ. ເຊັ່ນດຽວກັນແມ່ນເຮັດສໍາລັບການ Polarization,
ບ່ອນທີ່ dipole ສະເລ່ຍຖືກຫັກອອກຈາກ dipole ທັນທີ. ຂະຫນາດຂອງ
dipole ສະເລ່ຍແມ່ນຖືກກໍານົດດ້ວຍທາງເລືອກ - ຈຸ່ມ, ທິດທາງແມ່ນກໍານົດໂດຍ vector ຈາກ
ປະລໍາມະນູທໍາອິດໃນກຸ່ມ solvent ທີ່ເລືອກໄປຫາຈຸດກາງລະຫວ່າງທີສອງແລະ
ປະລໍາມະນູທີສາມ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່]com (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ສູນກາງຂອງມະຫາຊົນເປັນຕໍາແຫນ່ງອ້າງອີງ
-refat (1)
ອະຕອມອ້າງອີງຂອງໂມເລກຸນລະລາຍ
-rmin (0)
ໄລຍະທາງສູງສຸດ (nm)
-rmax (0.32)
ໄລຍະທາງສູງສຸດ (nm)
- ຈຸ່ມ (0)
Dipole ສະເລ່ຍ (D)
-bw (0.01)
ຄວາມກວ້າງຂອງຖັງ
ໃຊ້ gmx-spol ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
