hmm2search - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hmm2search - ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທີ່ມີໂປຣໄຟລ໌ HMM

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hmm2search [ທາງເລືອກ] hmmfile seqfile

ລາຍລະອຽດ

hmm2search ອ່ານ HMM ຈາກ hmmfile ແລະການຄົ້ນຫາ seqfile ສໍາລັບການຄ້າຍຄືກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ
ລໍາດັບທີ່ກົງກັນ.

seqfile ຈະຖືກຊອກຫາຄັ້ງທໍາອິດໃນໄດເລກະທໍລີທີ່ເຮັດວຽກໃນປະຈຸບັນ, ຫຼັງຈາກນັ້ນຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ
ຕັ້ງຊື່ໂດຍຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ BLASTDB. ນີ້ເຮັດໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນ BLAST ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ,
ຖ້າ BLAST ໄດ້ຖືກຕັ້ງຄ່າສໍາລັບເວັບໄຊທ໌.

hmm2search ອາດຈະໃຊ້ເວລານາທີຫຼືແມ້ກະທັ້ງຊົ່ວໂມງເພື່ອດໍາເນີນການ, ຂຶ້ນກັບຂະຫນາດຂອງລໍາດັບ
ຖານຂໍ້ມູນ. ມັນເປັນຄວາມຄິດທີ່ດີທີ່ຈະປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌.

ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ສີ່​ພາກ​ສ່ວນ​: ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ອັນ​ດັບ​ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ການ​ໃຫ້​ຄະ​ແນນ​ທີ່​ດີ​ທີ່​ສຸດ​, a
ບັນຊີລາຍຊື່ອັນດັບຂອງໂດເມນທີ່ໃຫ້ຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດ, ການຈັດລໍາດັບສໍາລັບທຸກໂດເມນທີ່ໃຫ້ຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດ, ແລະ
histogram ຂອງຄະແນນ. ຄະແນນລໍາດັບອາດຈະສູງກວ່າຄະແນນໂດເມນສໍາລັບ
ລໍາດັບດຽວກັນຖ້າມີຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງໂດເມນໃນລໍາດັບ; ຄະແນນລໍາດັບໃຊ້ເວລາ
ເຂົ້າໄປໃນບັນຊີໂດເມນທັງຫມົດ. ລໍາດັບທັງຫມົດຄະແນນຂ້າງເທິງ -E ແລະ -T ການຕັດອອກແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນ
ໃນບັນຊີລາຍຊື່ທໍາອິດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ ທຸກ ໂດເມນທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນບັນຊີລາຍຊື່ນີ້ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນບັນຊີລາຍຊື່ທີສອງຂອງ
ໂດເມນ hits. ຖ້າຕ້ອງການ, E-value ແລະລະດັບຄະແນນບິດອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ກັບ
ລາຍຊື່ໂດເມນໂດຍໃຊ້ --domE ແລະ --domT ຕົວເລືອກ

OPTIONS

-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອໂດຍຫຍໍ້; ປະ​ກອບ​ມີ​ຈໍາ​ນວນ​ສະ​ບັບ​ແລະ​ສະ​ຫຼຸບ​ຂອງ​ທາງ​ເລືອກ​ທັງ​ຫມົດ​, ລວມ​ທັງ​
ທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານ.

-A ຈໍາ​ກັດ​ການ​ຜະ​ລິດ​ຕະ​ພັນ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ກັບ​ ໂດເມນຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດ. -0 ປິດ
alignment output ແລະສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຂະຫນາດຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.

-E ກໍານົດການຕັດຄ່າ E-value ສໍາລັບລໍາດັບຕໍ່ລໍາດັບບັນຊີລາຍຊື່ hit ໄປຫາ , ບ່ອນທີ່ ເປັນ
ຕົວເລກທີ່ແທ້ຈິງໃນທາງບວກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0. Hits ກັບ E-values ​​ດີກວ່າ (ຫນ້ອຍ
than) ຂອບເຂດນີ້ຈະສະແດງ.

-T ກໍາ​ນົດ​ການ​ຕັດ​ຄະ​ແນນ​ບິດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຕໍ່​ລໍາ​ດັບ​ການ​ຈັດ​ອັນ​ດັບ​ລາຍ​ການ hit ກັບ​ , ບ່ອນທີ່ is
ຕົວເລກທີ່ແທ້ຈິງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ infinity ລົບ; ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຂອບເຂດແມ່ນ
ຄວບຄຸມໂດຍ E-value ແລະບໍ່ແມ່ນໂດຍຄະແນນ bit. ຕີດ້ວຍຄະແນນ bits ດີກ່ວາ
(ຫຼາຍກວ່າ) ເກນນີ້ຈະສະແດງ.

-Z ການຄິດໄລ່ຄະແນນ E-value ຄືກັບວ່າພວກເຮົາໄດ້ເຫັນຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບຂອງ
ລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຈໍານວນລໍາດັບທີ່ເຫັນຢູ່ໃນໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນຂອງທ່ານ
.

EXPERT OPTIONS

--compat
ໃຊ້ຮູບແບບຜົນຜະລິດຂອງ HMMER 2.1.1, ການປ່ອຍສາທາລະນະ 1998-2001; ສະ​ຫນອງ​ໃຫ້​ດັ່ງ​ນັ້ນ​
2.1.1 parser ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງຖືກຂຽນຄືນໃຫມ່.

--cpu
ກໍານົດຈໍານວນສູງສຸດຂອງ CPU ທີ່ໂຄງການຈະດໍາເນີນການ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນໃຊ້
CPU ທັງໝົດໃນເຄື່ອງ. ລົບລ້າງຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ HMMER_NCPU. ເທົ່ານັ້ນ
ຜົນກະທົບຕໍ່ສະບັບ threaded ຂອງ HMMER (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນໃນລະບົບສ່ວນໃຫຍ່).

--cut_ga
ໃຊ້ Pfam GA (ເກນການລວບລວມ) ການຕັດຄະແນນ. ເທົ່າກັບ --globT
--domT , ແຕ່ການຕັດ GA2 ແລະ GA1 ຖືກອ່ານຈາກໄຟລ໌ HMM. hmm2build
ເອົາການຕັດເຫຼົ່ານີ້ຢູ່ທີ່ນັ້ນຖ້າໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໄດ້ຖືກອະທິບາຍໄວ້ໃນ Pfam ທີ່ເປັນມິດ
ຮູບແບບການຈັດລຽງ (ຂະຫຍາຍ SELEX ຫຼືຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ) ແລະ GA ທາງເລືອກ
ມີແຖວຄຳອະທິບາຍປະກອບ. ຖ້າການຕັດເຫຼົ່ານີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກກໍານົດໄວ້ໃນໄຟລ໌ HMM, --cut_ga
ໃຊ້ບໍ່ໄດ້

--cut_tc
ໃຊ້ Pfam TC (ການຕັດຄະແນນທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້) ຕັດຄະແນນ. ເທົ່າກັບ --globT --domT
, ແຕ່ການຕັດ TC2 ແລະ TC1 ຖືກອ່ານຈາກໄຟລ໌ HMM. hmm2build ເອົາສິ່ງເຫຼົ່ານີ້
ຕັດຢູ່ບ່ອນນັ້ນ ຖ້າໄຟລ໌ການຈັດຮຽງຖືກໝາຍໃສ່ໃນການຈັດຮຽງທີ່ເປັນມິດກັບ Pfam
ຮູບແບບ (ຂະຫຍາຍ SELEX ຫຼືຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ) ແລະແຖວ TC ທາງເລືອກແມ່ນ
ປະຈຸບັນ. ຖ້າການຕັດເຫຼົ່ານີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກກໍານົດໄວ້ໃນໄຟລ໌ HMM, --cut_tc ໃຊ້ບໍ່ໄດ້

--cut_nc
ໃຊ້ Pfam NC (noise cutoff) ຕັດຄະແນນ. ເທົ່າກັບ --globT --domT ,
ແຕ່ການຕັດ NC1 ແລະ NC2 ແມ່ນອ່ານຈາກໄຟລ໌ HMM. hmm2build ເອົາສິ່ງເຫຼົ່ານີ້
ຕັດຢູ່ບ່ອນນັ້ນ ຖ້າໄຟລ໌ການຈັດຮຽງຖືກໝາຍໃສ່ໃນການຈັດຮຽງທີ່ເປັນມິດກັບ Pfam
ຮູບແບບ (ຂະຫຍາຍ SELEX ຫຼືຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ) ແລະແຖວ NC ທາງເລືອກແມ່ນ
ປະຈຸບັນ. ຖ້າການຕັດເຫຼົ່ານີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກກໍານົດໄວ້ໃນໄຟລ໌ HMM, --cut_nc ໃຊ້ບໍ່ໄດ້

--domE
ກໍາ​ນົດ​ການ​ຕັດ​ຄ່າ E​-value ສໍາ​ລັບ​ການ​ຕໍ່​ໂດ​ເມນ​ອັນ​ດັບ​ລາຍ​ການ​ຕີ​ເພື່ອ , ບ່ອນທີ່ ເປັນ
ຕົວເລກທີ່ແທ້ຈິງໃນທາງບວກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ infinity; ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂດເມນທັງຫມົດໃນ
ລໍາດັບທີ່ຜ່ານເກນທໍາອິດຈະຖືກລາຍງານໃນບັນຊີລາຍຊື່ທີສອງ, ດັ່ງນັ້ນ
ວ່າຈໍານວນຂອງໂດເມນທີ່ລາຍງານໃນບັນຊີລາຍຊື່ຕໍ່ລໍາດັບແມ່ນສອດຄ່ອງກັບ
ຕົວເລກທີ່ປາກົດຢູ່ໃນລາຍຊື່ຕໍ່ໂດເມນ.

--domT
ກໍາ​ນົດ​ການ​ຕັດ​ຄະ​ແນນ bitoff ສໍາ​ລັບ​ການ​ຕໍ່​ໂດ​ເມນ​ອັນ​ດັບ​ລາຍ​ການ​ຕີ​ເພື່ອ , ບ່ອນທີ່ ເປັນ
ຕົວເລກທີ່ແທ້ຈິງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ infinity ລົບ; ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂດເມນທັງຫມົດໃນ
ລໍາດັບທີ່ຜ່ານເກນທໍາອິດຈະຖືກລາຍງານໃນບັນຊີລາຍຊື່ທີສອງ, ດັ່ງນັ້ນ
ວ່າຈໍານວນຂອງໂດເມນທີ່ລາຍງານໃນບັນຊີລາຍຊື່ຕໍ່ລໍາດັບແມ່ນສອດຄ່ອງກັບ
ຕົວເລກທີ່ປາກົດຢູ່ໃນລາຍຊື່ຕໍ່ໂດເມນ. ທີ່ສໍາຄັນ ຫມາຍ​ເຫດ​: ພຽງແຕ່ຫນຶ່ງໂດເມນໃນ a
ລໍາດັບແມ່ນຄວບຄຸມຢ່າງແທ້ຈິງໂດຍພາລາມິເຕີນີ້, ຫຼືໂດຍ --domT. ທີສອງ ແລະ
ໂດເມນຕໍ່ມາໃນລໍາດັບມີຂອບເຂດຄະແນນ de facto bit ຂອງ 0 ເນື່ອງຈາກວ່າ
ລາຍລະອຽດຂອງວິທີການເຮັດວຽກຂອງ HMMER. HMMER ຕ້ອງການຢ່າງໜ້ອຍໜຶ່ງໃບຜ່ານ
ຕົວແບບຕົ້ນຕໍຕໍ່ລໍາດັບ; ເພື່ອເຮັດຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງຜ່ານ (ຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງໂດເມນ) ໄດ້
ການຈັດຮຽງ multidomain ຕ້ອງມີຄະແນນດີກ່ວາການຈັດຮຽງໂດເມນດຽວ,
ແລະເພາະສະນັ້ນໂດເມນພິເສດຈະຕ້ອງປະກອບສ່ວນຄະແນນບວກ. ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້
ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ.

--ຕໍ່
ໃຊ້ Forward algorithm ແທນ Viterbi algorithm ເພື່ອກໍານົດ per-
ຄະ​ແນນ​ລໍາ​ດັບ​. ຄະແນນຕໍ່ໂດເມນຍັງຖືກກໍານົດໂດຍລະບົບ Viterbi algorithm.
ບາງຄົນໄດ້ໂຕ້ຖຽງວ່າ Forward ເປັນລະບົບທີ່ລະອຽດອ່ອນກວ່າໃນການກວດຫາທາງໄກ
ລຳດັບ homologues; ການທົດລອງຂອງຂ້ອຍກັບ HMMER ບໍ່ໄດ້ຢືນຢັນເລື່ອງນີ້, ຢ່າງໃດກໍຕາມ.

-- ຂໍ້​ມູນ
ຢືນຢັນວ່າການປ້ອນຂໍ້ມູນ seqfile ຢູ່ໃນຮູບແບບ ; ຢ່າໃຊ້ຮູບແບບ Babelfish
ອັດຕະໂນມັດ. ນີ້ເພີ່ມຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຂອງໂຄງການບາງຢ່າງ, ເນື່ອງຈາກວ່າ
Babelfish ສາມາດເຮັດຜິດພາດ; ແນະ​ນໍາ​ໂດຍ​ສະ​ເພາະ​ແມ່ນ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ບໍ່​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ດູ​ແລ​ສູງ​,
ແລ່ນຜ່ານ HMMER. ສະຕຣິງຮູບແບບທີ່ຖືກຕ້ອງລວມມີ FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL, ແລະ PHYLIP. ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບ a
ບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ.

-- null2
ປິດຮູບແບບການຕອບ hoc ທີສອງ null. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການຈັດຮຽງແຕ່ລະອັນຈະຖືກບັນທຶກຄືນໂດຍ
ຂັ້ນຕອນຫຼັງການປະມວນຜົນທີ່ຄຳນຶງເຖິງອົງປະກອບອະຄະຕິທີ່ເປັນໄປໄດ້ໃນທັງສອງ
HMM ຫຼືລໍາດັບເປົ້າຫມາຍ. ນີ້ແມ່ນເກືອບເປັນສິ່ງຈໍາເປັນໃນການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນ,
ໂດຍສະເພາະກັບຮູບແບບການສອດຄ່ອງທ້ອງຖິ່ນ. ມີໂອກາດຫນ້ອຍທີ່ສຸດທີ່ຈະນີ້
postprocessing ອາດຈະເອົາການຈັບຄູ່ທີ່ແທ້ຈິງ, ແລະໃນກໍລະນີເຫຼົ່ານີ້ -- null2 ອາດຈະປັບປຸງ
ຄວາມອ່ອນໄຫວໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂອງການຫຼຸດຜ່ອນຄວາມສະເພາະໂດຍການປ່ອຍໃຫ້ອົງປະກອບອະຄະຕິ
hits ຜ່ານ.

--pvm ແລ່ນໃນ Parallel Virtual Machine (PVM). PVM ຕ້ອງແລ່ນຢູ່ແລ້ວ. ໄດ້
ໂຄງ​ການ​ລູກ​ຄ້າ​ hmm2search-pvm ຕ້ອງໄດ້ຮັບການຕິດຕັ້ງຢູ່ໃນທຸກ PVM nodes. PVM ທາງເລືອກ
ການສະຫນັບສະຫນູນຕ້ອງໄດ້ຮັບການລວບລວມເຂົ້າໄປໃນ HMMER.

--xnu ເປີດການກັ່ນຕອງ XNU ຂອງລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກເປົ້າຫມາຍ. ບໍ່ມີຜົນຕໍ່ອາຊິດນິວຄລີອິກ
ລໍາດັບ. ໃນ​ການ​ທົດ​ລອງ​, --xnu ປະ​ກົດ​ວ່າ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ໄດ້​ຫນ້ອຍ​ກ​່​ວາ​
ໂມເດວ post hoc null2 ເລີ່ມຕົ້ນ.

ໃຊ້ hmm2search ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net