ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmmalign ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hmmalign - ຈັດລໍາດັບໄປຫາໂປຣໄຟລ໌ HMM
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmmalign [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ປະຕິບັດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບຂອງລໍາດັບທັງຫມົດໃນ ໂດຍການຈັດວາງພວກມັນ
ສ່ວນບຸກຄົນໄປຫາໂປຣໄຟລ໌ HMM ໃນ . ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃຫມ່ແມ່ນຜົນຜະລິດໄປຫາ stdout in
ຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ.
ໄດ້ ຄວນມີໂປຣໄຟລ໌ດຽວເທົ່ານັ້ນ. ຖ້າມັນມີຫຼາຍກວ່ານັ້ນ, ພຽງແຕ່ທໍາອິດ
ໂປຣໄຟລ໌ໃນໄຟລ໌ຈະຖືກໃຊ້.
ບໍ່ວ່າຈະ or (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງສອງ) ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າການອ່ານນີ້
ປ້ອນຂໍ້ມູນຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌.
ລໍາດັບໃນ ຖືກຈັດຢູ່ໃນຮູບແບບການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ unihit. ເພາະສະນັ້ນເຂົາເຈົ້າ
ຄວນຮູ້ແລ້ວວ່າມີພຽງແຕ່ໂດເມນດຽວ (ຫຼືສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຫນຶ່ງ). ໄດ້
ການຈັດວາງທີ່ດີທີ່ສຸດອາດຈະກໍານົດບາງ residue ເປັນ nonhomologous (N ແລະ C ລັດ), ໃນນັ້ນ.
ກໍລະນີທີ່ຕົກຄ້າງເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນຍັງລວມຢູ່ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງຜົນໄດ້ຮັບ, ແຕ່ shoved ໄປທາງນອກ
ແຄມ. ເພື່ອຕັດສານຕົກຄ້າງທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນເຫຼົ່ານີ້ອອກຈາກຜົນໄດ້ຮັບ, ໃຫ້ເບິ່ງທີ່ --ຕັດ
ທາງເລືອກ.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
-o ຊີ້ທິດທາງການຈັດລຽງຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌ , ແທນທີ່ຈະ stdout.
--mapali
ຮວມການຈັດຮຽງທີ່ມີຢູ່ແລ້ວໃນໄຟລ໌ ເຂົ້າໄປໃນຜົນໄດ້ຮັບ, ບ່ອນທີ່ ແມ່ນແທ້
ການສອດຄ່ອງດຽວກັນທີ່ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງຕົວແບບໃນ . ນີ້ແມ່ນເຮັດໄດ້ໂດຍໃຊ້ a
ແຜນທີ່ຂອງຖັນຈັດລຽງລໍາດັບກັບຕໍາແຫນ່ງ profile ເປັນເອກະພາບທີ່ຖືກເກັບຮັກສາໄວ້ໃນ
. ການຈັດລໍາດັບຫຼາຍໃນ ຈະໄດ້ຮັບການຜະລິດພັນຢ່າງແທ້ຈິງໃນຂອງຕົນ
ຖັນ consensus (ຕາມທີ່ກໍານົດໂດຍ profile), ແຕ່ການຈັດລຽງສະແດງຢູ່ໃນ
ຖັນແຊກອາດຈະຖືກປ່ຽນແປງ, ເພາະວ່າການແຊກຊ້ອນກັບໂປຣໄຟລ໌ແມ່ນ
ພິຈາລະນາໂດຍສົນທິສັນຍາວ່າເປັນຂໍ້ມູນທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງ.
--ຕັດ ຕັດສານຕົກຄ້າງທີ່ບໍ່ແມ່ນ homologous (ມອບຫມາຍໃຫ້ລັດ N ແລະ C ໃນການຈັດວາງທີ່ດີທີ່ສຸດ)
ຈາກຜົນໄດ້ຮັບການຈັດລໍາດັບຫຼາຍຜົນໄດ້ຮັບ.
--ອາມີໂນ
ລະບຸວ່າລໍາດັບທັງຫມົດໃນ ແມ່ນທາດໂປຼຕີນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ປະເພດຕົວອັກສອນແມ່ນ
ກວດພົບອັດຕະໂນມັດຈາກການເບິ່ງອົງປະກອບທີ່ຕົກຄ້າງ.
--dna ລະບຸວ່າລໍາດັບທັງຫມົດໃນ ແມ່ນ DNAs.
--rna ລະບຸວ່າລໍາດັບທັງຫມົດໃນ ແມ່ນ RNAs.
-- ຂໍ້ມູນ
ປະກາດວ່າວັດສະດຸປ້ອນ ຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຍອມຮັບ
ລວມມີ FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, ແລະ SELEX. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອ
ກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ໂດຍອັດຕະໂນມັດ.
-- ຮູບແບບ
ລະບຸວ່າຜົນຜະລິດຫຼາຍການຈັດຮຽງຢູ່ໃນຮູບແບບ . ປະຈຸບັນນີ້
ຍອມຮັບຫຼາຍຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບການຈັດລໍາດັບປະກອບມີສະຕອກໂຮມແລະ SELEX ເທົ່ານັ້ນ.
ໃຊ້ hmmalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
