hmmsim - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hmmsim - ເກັບກໍາການແຈກຢາຍຄະແນນຕາມລໍາດັບແບບສຸ່ມ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຮືມຊິມ [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

ໄດ້ ຮືມຊິມ ໂຄງ​ການ​ສ້າງ​ລໍາ​ດັບ​ແບບ​ສຸ່ມ​, ໃຫ້​ຄະ​ແນນ​ໃຫ້​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ກັບ​ຕົວ​ແບບ (s​) ໃນ​ ,
ແລະຜົນຜະລິດປະເພດຕ່າງໆຂອງ histograms, ແຜ່ນ, ແລະການແຈກຢາຍທີ່ເຫມາະສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບ
ຄະແນນ.

ຮືມຊິມ ບໍ່ແມ່ນພາກສ່ວນຫຼັກຂອງຊຸດ HMMER. ຜູ້ໃຊ້ສ່ວນໃຫຍ່ຈະບໍ່ມີເຫດຜົນ
ໃຊ້​ມັນ. ມັນຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອພັດທະນາແລະທົດສອບວິທີການສະຖິຕິທີ່ໃຊ້ໃນການກໍານົດ P-values
ແລະ E-values ​​ໃນ HMMER3. ຕົວຢ່າງ, ມັນຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງຜົນໄດ້ຮັບສ່ວນໃຫຍ່ໃນປີ 2008
ເອກະສານກ່ຽວກັບສະຖິຕິການສອດຄ່ອງທ້ອງຖິ່ນຂອງ H3 (PLoS Comp Bio 4:e1000069, 2008;
http://www.ploscompbiol.org/doi/pcbi.1000069).

ເນື່ອງຈາກວ່າມັນເປັນການທົດສອບການຄົ້ນຄ້ວາ, ທ່ານບໍ່ຄວນຄາດຫວັງວ່າມັນຈະແຂງແຮງຄືກັບສິ່ງອື່ນໆ
ບັນດາໂຄງການຢູ່ໃນຊຸດ. ຕົວຢ່າງ, ທາງເລືອກອາດຈະໂຕ້ຕອບໃນທາງທີ່ແປກ; ພວກເຮົາບໍ່ມີ
ທົດສອບຫຼືພະຍາຍາມຄາດຫວັງວ່າການປະສົມທີ່ເປັນໄປໄດ້ທັງຫມົດ.

ວຽກງານຕົ້ນຕໍແມ່ນເພື່ອໃຫ້ເຫມາະສົມກັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດຂອງການແຈກຢາຍ Gumbel ກັບຄະແນນ Viterbi ຫຼື
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດຂອງຫາງ exponential ກັບຄະແນນ Forward ທີ່ມີຄະແນນສູງ, ແລະເພື່ອທົດສອບວ່າສິ່ງເຫຼົ່ານີ້
ການແຈກຢາຍທີ່ພໍດີປະຕິບັດຕາມການຄາດເດົາວ່າ lambda ~ log_2 ສໍາລັບທັງສອງ Viterbi Gumbel
ແລະຫາງ exponential Forward.

ຜົນຜະລິດແມ່ນຕາຕະລາງຂອງຕົວເລກ, ແຖວຫນຶ່ງສໍາລັບແຕ່ລະແບບ. ສີ່ parametric ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເຫມາະ
ຂໍ້​ມູນ​ຄະ​ແນນ​ໄດ້​ຖືກ​ທົດ​ສອບ​: (1​) ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ສູງ​ສຸດ​ເຫມາະ​ກັບ​ທັງ​ສອງ​ສະ​ຖານ​ທີ່ (mu/tau​) ແລະ​
slope (lambda) ຕົວກໍານົດການ; (2) ສົມມຸດວ່າ lambda=log_2, ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເໝາະສົມກັບ
ຕົວກໍານົດການສະຖານທີ່ພຽງແຕ່; (3) ດຽວກັນແຕ່ສົມມຸດວ່າ lambda ແກ້ໄຂຂອບ, ການນໍາໃຊ້ປະຈຸບັນ
ຂັ້ນຕອນໃນ H3 [Eddy, 2008]; ແລະ (4) ການນໍາໃຊ້ທັງສອງຕົວກໍານົດການກໍານົດໂດຍ H3 ຂອງປະຈຸບັນ
ຂັ້ນ​ຕອນ​ການ. ສະຖິຕິມາດຕະຖານທີ່ງ່າຍດາຍ, ໄວ ແລະເປື້ອນສໍາລັບຄວາມເໝາະສົມແມ່ນ 'E@10',
E-value ທີ່ຖືກຄິດໄລ່ຂອງອັນດັບທີ 10, ເຊິ່ງພວກເຮົາຄາດວ່າຈະມີປະມານ 10.

ລາຍລະອຽດ, ຖັນຂອງຜົນຜະລິດແມ່ນ:

ຊື່ ຊື່ຂອງຕົວແບບ.

ຫາງ ສ່ວນໜຶ່ງຂອງຄະແນນສູງສຸດທີ່ໃຊ້ເພື່ອໃຫ້ພໍດີກັບການແຈກຢາຍ. ສໍາລັບ Viterbi, MSV, ແລະ
ຄະແນນປະສົມ, ນີ້ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 1.0 (ການແຈກຢາຍ Gumbel ແມ່ນເຫມາະກັບທັງຫມົດ
ຂໍ້ມູນ). ສໍາລັບຄະແນນ Forward, ນີ້ຈະເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 0.02 (ຫາງ exponential ແມ່ນເຫມາະກັບ.
ຄະແນນສູງສຸດ 2%).

mu/tau ຕົວກໍານົດການສະຖານທີ່ສໍາລັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເຫມາະສົມກັບຂໍ້ມູນ.

lambda ພາຣາມິເຕີຄວາມຊັນສຳລັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເໝາະສົມກັບຂໍ້ມູນ.

E@10 E-value ຄິດໄລ່ສໍາລັບຄະແນນສູງອັນດັບທີ 10 ('E@10') ໂດຍໃຊ້ ML mu/tau
ແລະ lambda. ຕາມຄໍານິຍາມ, ນີ້ຄາດວ່າຈະມີປະມານ 10, ຖ້າ E-value ຄາດຄະເນແມ່ນ
ຖືກຕ້ອງ.

mufix ຕົວກໍານົດການສະຖານທີ່, ສໍາລັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເຫມາະສົມກັບເປີ້ນພູທີ່ຮູ້ຈັກ (ຄົງທີ່).
ພາຣາມິເຕີ lambda ຂອງ log_2 (0.693).

E@10 ແກ້ໄຂ
E-value ຄິດໄລ່ສໍາລັບຄະແນນອັນດັບທີ 10 ໂດຍໃຊ້ mufix ແລະຄາດວ່າ
lambda = log_2 = 0.693.

mufix2 ພາລາມິເຕີສະຖານທີ່, ສໍາລັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເຫມາະສົມກັບ edge-effect-ແກ້ໄຂ
lambda

E@10fix2
E-value ຄິດໄລ່ສໍາລັບຄະແນນອັນດັບທີ 10 ໂດຍໃຊ້ mufix2 ແລະ edge-effect-
lambda ແກ້.

ອໍານາກ ພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ຕາມທີ່ກໍານົດໂດຍຂັ້ນຕອນການຄາດຄະເນຂອງ H3.

ແຜ່ນແພ
ພາລາມິເຕີຄວາມຊັນຕາມທີ່ກໍານົດໂດຍຂັ້ນຕອນການຄາດຄະເນຂອງ H3.

pE@10 E-value ຄິດໄລ່ສໍາລັບຄະແນນອັນດັບທີ 10 ໂດຍໃຊ້ pmu, plambda.

ໃນຕອນທ້າຍຂອງຕາຕະລາງນີ້, ອີກຫນຶ່ງແຖວຖືກພິມອອກ, ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ # ແລະສະຫຼຸບ
ເວລາ CPU ໂດຍລວມໃຊ້ໂດຍການຈໍາລອງ.

ບາງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທາງເລືອກແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ xmgrace xy. xmgrace ແມ່ນມີອໍານາດແລະບໍ່ເສຍຄ່າ
ຊອບແວການວາງແຜນກຣາບທີ່ມີຢູ່.

MISCELLANEOUS OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

-a ເກັບກໍາສະຖິຕິຄວາມຍາວການຈັດລໍາດັບ Viterbi ຄາດວ່າຈະມາຈາກແຕ່ລະລໍາດັບ simulated.
ອັນນີ້ໃຊ້ໄດ້ກັບຄະແນນ Viterbi ເທົ່ານັ້ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ; ເບິ່ງ --vit). ສອງເພີ່ມເຕີມ
ທົ່ງນາຖືກພິມອອກໃນຕາຕະລາງຜົນຜະລິດສໍາລັບແຕ່ລະແບບ: ຄວາມຍາວສະເລ່ຍຂອງ Viterbi
ການຈັດລຽງ, ແລະມາດຕະຖານ deviation.

-v (ຄຳເວົ້າ). ພິມຄະແນນຄືກັນ, ຫນຶ່ງຄະແນນຕໍ່ແຖວ.

-L ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບຕົວຢ່າງແບບສຸ່ມ (nonhomologous) ເປັນ . ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100.

-N ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບຕົວຢ່າງແບບສຸ່ມເພື່ອ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1000.

--mpi ດໍາເນີນການໃນຮູບແບບຂະຫນານ MPI, ພາຍໃຕ້ ໄພຣຸນ. ມັນຖືກຂະຫນານຢູ່ໃນລະດັບການສົ່ງ
ແຕ່ລະໂປຣໄຟລ໌ຕໍ່ຂະບວນການພະນັກງານ MPI, ສະນັ້ນການຂະໜານກັນພຽງແຕ່ຊ່ວຍໄດ້ຖ້າ
ທ່ານມີຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງໂປຣໄຟລ໌ໃນ , ແລະທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະມີຢ່າງຫນ້ອຍເປັນ
ຫຼາຍໂປຣໄຟລ໌ເປັນຂະບວນການພະນັກງານ MPI. (ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກເທົ່ານັ້ນ
ເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)

OPTIONS ການຄວບຄຸມ OUTPUT

-o ບັນທຶກຕາຕະລາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍໃສ່ໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະສົ່ງໄປທີ່ stdout.

--afile
ເມື່ອເກັບກໍາສະຖິຕິການສອດຄ່ອງ Viterbi (the -a ທາງເລືອກ), ສໍາລັບແຕ່ລະຕົວຢ່າງ
ລໍາດັບ, ຜົນຜະລິດສອງຊ່ອງຕໍ່ແຖວໄປຫາໄຟລ໌ : ຄວາມຍາວຂອງທີ່ດີທີ່ສຸດ
ການສອດຄ່ອງ, ແລະຄະແນນ Viterbi bit. ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ -a ທາງ​ເລືອກ​ຍັງ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​.

--efile
ສົ່ງອອກອັນດັບທຽບກັບ E-value plot ໃນຮູບແບບ XMGRACE xy ໃຫ້ກັບໄຟລ໌ . ແກນ x ແມ່ນ
ອັນດັບຂອງລໍາດັບນີ້, ຈາກຄະແນນສູງສຸດໄປຫາຕ່ໍາສຸດ; ແກນ y ແມ່ນ E-value
ຄິດໄລ່ສໍາລັບລໍາດັບນີ້. E-values ​​ຖືກຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ຂັ້ນຕອນເລີ່ມຕົ້ນຂອງ H3
(ເຊັ່ນ: ຕົວກໍານົດການ pmu, plambda ໃນຕາຕະລາງຜົນຜະລິດ). ທ່ານຄາດວ່າຈະມີການແຂ່ງຂັນທີ່ຫຍາບຄາຍ
ລະຫວ່າງອັນດັບແລະ E-value ຖ້າ E-values ​​ຖືກຄາດຄະເນຢ່າງຖືກຕ້ອງ.

--ffile
ສົ່ງໄຟລ໌ "ພະລັງງານການກັ່ນຕອງ" ໄປຫາ : ສໍາລັບແຕ່ລະແບບ, ເສັ້ນທີ່ມີສາມຊ່ອງຂໍ້ມູນ:
ຊື່ແບບຈໍາລອງ, ຈໍານວນລໍາດັບທີ່ຜ່ານ P-value threshold, ແລະສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ
ລຳດັບທີ່ຜ່ານເກນ P-value. ເບິ່ງ --pthresh ສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າ P-value
ເກນ, ເຊິ່ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 0.02 (ເກນຕົວກອງ MSV ເລີ່ມຕົ້ນໃນ H3). P-
ຄ່າແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍຂັ້ນຕອນເລີ່ມຕົ້ນຂອງ H3 (ພາລາມິເຕີ pmu,plambda ໃນ
ຕາ​ຕະ​ລາງ​ການ​ຜະ​ລິດ​)​. ຖ້າທັງຫມົດແມ່ນດີ, ທ່ານຄາດວ່າຈະເຫັນພະລັງງານການກັ່ນຕອງເທົ່າກັບ
ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ P ຂອງ​ເກນ​.

--pfile
ສົ່ງຂໍ້ມູນການຢູ່ລອດສະສົມ (P(S>x)) ໄປຫາໄຟລ໌ ໃນຮູບແບບ XMGRACE xy. ຢູ່ທີ່ນັ້ນ
ມີສາມຕອນ: (1) ການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ສັງເກດເຫັນ; (2) ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ
ການແຜ່ກະຈາຍ fitted; (3) ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເຫມາະສົມກັບພາລາມິເຕີສະຖານທີ່
(mu/tau) ໃນຂະນະທີ່
ສົມມຸດວ່າ lambda=log_2.

--xfile
ເອົາຄະແນນບິດເປັນອາເຣຖານສອງຂອງຄວາມຊັດເຈນສອງເທົ່າ floats (8 bytes ຕໍ່.
ຄະແນນ) ເພື່ອຍື່ນ . ໂຄງການເຊັ່ນ Easel's esl-histplot ສາມາດອ່ານໄຟລ໌ໄບນາຣີດັ່ງກ່າວ.
ນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ການສ້າງຂະຫນາດຕົວຢ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ສຸດ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ MODEL CONFIGURATION (ແບບ ຈຳ ລອງ)

H3 ພຽງແຕ່ໃຊ້ການຈັດຕໍາແໜ່ງທ້ອງຖິ່ນແບບ multihit ( --fs mode), ແລະນີ້ແມ່ນບ່ອນທີ່ພວກເຮົາເຊື່ອວ່າ
ພໍດີທາງສະຖິຕິ. Unihit ຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ (Smith/Waterman; --sw mode) ຍັງເຊື່ອຟັງຂອງພວກເຮົາ
ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ສະ​ຖິ​ຕິ​. ສະ​ຖິ​ຕິ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ Glocal (ທັງ multihit ຫຼື unihit​) ແມ່ນ​
ຍັງ​ບໍ່​ເຂົ້າ​ໃຈ​ຢ່າງ​ພຽງ​ພໍ​ຫຼື​ເຫມາະ​ສົມ​ຢ່າງ​ພຽງ​ພໍ​.

--fs ເກັບກໍາຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ multihit. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ສອດຄ່ອງເປັນ
'ຮູບແບບການຊອກຫາຊິ້ນສ່ວນ'.

--sw ເກັບກໍາຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ unihit. ສະຖານະ H3 J ຖືກປິດໃຊ້ງານ. ສອດຄ່ອງເປັນ
'ຮູບແບບການຄົ້ນຫາ Smith/Waterman'.

--ls ເກັບກໍາຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ glocal multihit. ໃນ​ການ​ຈັດ​ວາງ (ທົ່ວ​ໂລກ / ທ້ອງ​ຖິ່ນ​)​, ໄດ້​
ຮູບແບບທັງຫມົດຕ້ອງສອດຄ່ອງ, ໄປຫາລໍາດັບຕໍ່ໄປຂອງເປົ້າຫມາຍ. ການເຂົ້າ/ອອກທ້ອງຖິ່ນ H3
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການປ່ຽນແປງຖືກປິດໃຊ້ງານ. 'ls' ມາຈາກປະຫວັດສາດຂອງ HMMER2
ຄຳສັບສຳລັບການຈັດຮຽງທ້ອງຖິ່ນຫຼາຍຈຸດເປັນ 'ໂໝດຊອກຫາທ້ອງຖິ່ນ'.

--s ເກັບກໍາຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ glocal unihit. ທັງລັດ H3 J ແລະເຂົ້າ/ອອກທ້ອງຖິ່ນ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການປ່ຽນແປງຖືກປິດໃຊ້ງານ. 's' ມາຈາກປະຫວັດສາດຂອງ HMMER2
ຄໍາສັບສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ glocal unihit.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ຄະແນນ ອັລເກີຣິດ

--vit ເກັບກໍາຄະແນນການຈັດລໍາດັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດຂອງ Viterbi. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--fwd ເກັບກຳຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງລາຄາຕໍ່ລອງກັນ, ສະຫຼຸບຈາກກຸ່ມການຈັດຮຽງ.

--hyb ເກັບຄະແນນ 'ປະສົມ', ດັ່ງທີ່ໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ໃນເອກະສານໂດຍ Yu ແລະ Hwa (ຕົວຢ່າງ:
Bioinformatics 18:864, 2002). ເຫຼົ່ານີ້ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຄິດໄລ່ເປັນ Forward matrix ແລະການກິນ
ຄ່າຕາລາງສູງສຸດ. ຕົວ​ເລກ​ຕົວ​ມັນ​ເອງ​ແມ່ນ​ທາງ​ສະ​ຖິ​ຕິ​ບາງ​ຢ່າງ​ທີ່​ບໍ່​ມີ​ການ​ຊຸກ​ຍູ້​,
ແຕ່ການແຈກຢາຍຄາດວ່າຈະເປັນການແຈກຢາຍມູນຄ່າສູງສຸດທີ່ມີພຶດຕິກໍາທີ່ດີ
(Gumbel).

--msv ເກັບກຳຄະແນນ MSV (ຫຼາຍພາກສ່ວນທີ່ບໍ່ໄດ້ນຳໃຊ້ Viterbi), ໂດຍໃຊ້ຫຼັກຂອງ H3.
heuristic ເລັ່ງ.

-- ໄວ ສໍາລັບທາງເລືອກໃດໆຂ້າງເທິງ, ນໍາໃຊ້ການປະຕິບັດການຜະລິດທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງ H3 (ການນໍາໃຊ້
SIMD vectorization). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການນໍາໃຊ້ການປະຕິບັດການເສຍສະລະຂະຫນາດນ້ອຍ
ຈໍານວນຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງຕົວເລກ. ນີ້ສາມາດແນະນໍາ confounding ສິ່ງລົບກວນເຂົ້າໄປໃນ
simulations ສະຖິຕິແລະເຫມາະ, ສະນັ້ນໃນເວລາທີ່ຫນຶ່ງໄດ້ຮັບ super-ເປັນຫ່ວງກ່ຽວກັບແນ່ນອນ
ລາຍລະອຽດ, ມັນດີກວ່າທີ່ຈະສາມາດປັດໄຈແຫຼ່ງຂອງສິ່ງລົບກວນນັ້ນອອກ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ພໍດີ ຫາງ ມະຫາຊົນ FOR FORWARD

ໃນບາງການທົດລອງ, ມັນເປັນປະໂຫຍດທີ່ຈະໃຫ້ຄະແນນ Forward ກັບລະດັບຂອງຫາງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ມະຫາຊົນ, ແທນທີ່ຈະພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ. ທາງ​ເລືອກ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ສະ​ຫນອງ​ກົນ​ໄກ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ປັບ​ຄວາມ​ສະ​ເຫມີ​ພາບ -
ໄລຍະຫ່າງຂອງມະຫາຊົນຫາງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ສໍາລັບແຕ່ລະຫາງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ເສັ້ນແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ
ໃນ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​.

--tmin
ກໍານົດຂອບເຂດຕ່ໍາກ່ຽວກັບການກະຈາຍມະຫາຊົນຫາງ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.02 ສໍາລັບ
ເລີ່ມຕົ້ນມະຫາຊົນຫາງດຽວ.)

--tmax
ກໍານົດຂອບເຂດເທິງກ່ຽວກັບການກະຈາຍມະຫາຊົນຫາງ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.02 ສໍາລັບ
ເລີ່ມຕົ້ນມະຫາຊົນຫາງດຽວ.)

--tpoints
ກໍານົດຈໍານວນຂອງຫາງເປັນຕົວຢ່າງ, ເລີ່ມຕົ້ນຈາກ --tmin ແລະສິ້ນສຸດຢູ່ທີ່ --tmax.
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1, ສໍາລັບຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.02 single tail mass.)

--tlinear
ຕົວຢ່າງຝູງຫາງທີ່ມີໄລຍະຫ່າງເສັ້ນເປັນເອກະພາບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນໃຊ້
ໄລຍະຫ່າງຂອງ logarithmic ເປັນເອກະພາບ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ H3 ປາຣາມາເທີ ການຄາດຄະເນ ວິທີການ

H3 ໃຊ້ສາມ simulation ລໍາດັບແບບສຸ່ມສັ້ນເພື່ອຄາດຄະເນຕົວກໍານົດການສະຖານທີ່ສໍາລັບ
ການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ຄາດໄວ້ສໍາລັບຄະແນນ MSV, ຄະແນນ Viterbi, ແລະຄະແນນ Forward. ເຫຼົ່ານີ້
ທາງເລືອກອະນຸຍາດໃຫ້ຈໍາລອງເຫຼົ່ານີ້ຖືກດັດແປງ.

--EmL
ກໍານົດຄວາມຍາວລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu ສໍາລັບ
MSV E-ຄ່າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EmN
ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu
ສໍາລັບ MSV E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EvL
ກໍານົດຄວາມຍາວລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu ສໍາລັບ
Viterbi E-ຄ່າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EvN
ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu
ສໍາລັບ Viterbi E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EfL
ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ tau
ສໍາລັບ Forward E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100.

--EfN
ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່
tau ສໍາລັບ Forward E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--Eft
ກໍານົດສ່ວນສ່ວນຂອງຫາງໃຫ້ພໍດີກັບການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນສະຖານທີ່
ຕົວກໍານົດການ tau ສໍາລັບ Forward ປະເມີນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.04.

ກຳ ລັງດີບັກ OPTIONS

--ຮ້ານ
ສໍາລັບການດີບັກ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ເວີຊັ່ນຜູ້ເຮັດວຽກ: ຢຸດຊົ່ວຄາວຫຼັງຈາກເລີ່ມຕົ້ນ, ເພື່ອເປີດໃຊ້ງານ
ນັກພັດທະນາເພື່ອຄັດຕິດຕົວດີບັກກັບຂະບວນການແມ່ບົດແລະຜູ້ເຮັດວຽກທີ່ເຮັດວຽກ. ສົ່ງ
ສັນຍານ SIGCONT ເພື່ອປົດປ່ອຍການຢຸດຊົ່ວຄາວ. (ພາຍໃຕ້ gdb: (GDB) signal ສັນຍາລັກ) (ເທົ່ານັ້ນ
ມີໃຫ້ຖ້າການຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກໄດ້ຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)

-- ແກ່ນ
ກໍານົດແກ່ນຈໍານວນ Random ເປັນ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ຕົວເລກສຸ່ມ
ໂດຍ ທົ່ວ ໄປ ການ ນໍາ ໃຊ້ ແນວ ພັນ ທີ່ ຕົນ ເອງ ມັກ , ດັ່ງ ນັ້ນ ການ ແລ່ນ ທີ່ ແຕກ ຕ່າງ ກັນ ຂອງ ຮືມຊິມ ເກືອບຈະ
ແນ່ນອນວ່າສ້າງຕົວຢ່າງສະຖິຕິທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ສໍາລັບ debugging, ມັນເປັນປະໂຫຍດທີ່ຈະ
ບັງຄັບໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບສາມາດແຜ່ພັນໄດ້, ໂດຍການແກ້ໄຂເມັດຈໍານວນແບບສຸ່ມ.

ປະສົບການ OPTIONS

ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ໃນຫຼາຍໆຊະນິດຂອງການທົດລອງການສໍາຫຼວດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

--bgflat
ກໍານົດການແຈກຢາຍ residue ພື້ນຫລັງເປັນການແຜ່ກະຈາຍເປັນເອກະພາບ, ທັງສອງສໍາລັບ
ຈຸດ​ປະ​ສົງ​ຂອງ​ຕົວ​ແບບ null ນໍາ​ໃຊ້​ໃນ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​ຄະ​ແນນ​, ແລະ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​
ລໍາດັບແບບສຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນໃຊ້ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານຂອງອາຊິດ amino ມາດຕະຖານ
ການແຈກຢາຍ.

--bgcomp
ຕັ້ງຄ່າການແຈກຢາຍພື້ນຫຼັງຂອງ residue ເປັນອົງປະກອບສະເລ່ຍຂອງໂປຣໄຟລ໌.
ອັນນີ້ໃຊ້ໃນການສຳຫຼວດຜົນກະທົບຂອງອົງປະກອບທີ່ລຳອຽງ.

--x-no-lengthmodel
ປິດຕົວແບບຄວາມຍາວລຳດັບເປົ້າໝາຍ H3. ກໍານົດການຫັນປ່ຽນຕົນເອງສໍາລັບ N,C,J
ແລະຮູບແບບ null ເປັນ 350/351 ແທນ; ອັນນີ້ເຮັດຕາມ HMMER2. ບໍ່ແມ່ນຄວາມຄິດທີ່ດີໃນ
ທົ່ວໄປ. ອັນນີ້ຖືກໃຊ້ເພື່ອສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງຫຼັກຂອງ H2 ທຽບກັບ H3.

--ນູ
ກໍານົດຄ່າພາລາມິເຕີ nu ສໍາລັບ MSV algorithm -- ຈໍານວນທີ່ຄາດຫວັງຂອງ unapped ທ້ອງຖິ່ນ
ການຈັດລໍາດັບຕໍ່ລໍາດັບເປົ້າຫມາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 2.0, ກົງກັບ E->J
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການປ່ຽນແປງຂອງ 0.5. ນີ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອທົດສອບວ່າ nu ແຕກຕ່າງກັນຫຼືບໍ່
ຜົນກະທົບທີ່ສໍາຄັນຕໍ່ຜົນໄດ້ຮັບ (ມັນເບິ່ງຄືວ່າບໍ່ມີເຫດຜົນ). ທາງເລືອກນີ້ເທົ່ານັ້ນ
ເຮັດ​ວຽກ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ --msv ຖືກເລືອກ (ມັນມີຜົນກະທົບພຽງແຕ່ MSV), ແລະມັນຈະບໍ່ເຮັດວຽກກັບ -- ໄວ
(ເນື່ອງ​ຈາກ​ວ່າ​ການ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ທີ່​ເຫມາະ​ສົມ​ແມ່ນ hardwired ເພື່ອ​ສົມ​ມຸດ nu=2.0​)​.

--pthresh
ກໍານົດຂອບເຂດຕົວກອງ P-value ເພື່ອນໍາໃຊ້ໃນການສ້າງໄຟລ໌ພະລັງງານການກັ່ນຕອງກັບ
--ffile. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.02 (ເຊິ່ງຈະເໝາະສົມສຳລັບການທົດສອບຄະແນນ MSV,
ເນື່ອງຈາກນີ້ແມ່ນເກນຕົວກອງ MSV ເລີ່ມຕົ້ນໃນທໍ່ເລັ່ງຂອງ H3.)
ທາງເລືອກທີ່ເຫມາະສົມອື່ນໆ (ການຈັບຄູ່ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນໃນທໍ່ເລັ່ງ) ຈະເປັນ
0.001 ສໍາລັບ Viterbi, ແລະ 1e-5 ສໍາລັບ Forward.

ໃຊ້ hmmsim ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net