idfetch - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

idfetch - ດຶງຂໍ້ມູນຊີວະພາບຈາກເຊີບເວີ NCBI ID1

ສະຫຼຸບສັງລວມ

idfetch [-] [-F str] [-G ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-Q ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-n] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-q str] [-s str] [-t N]

ລາຍລະອຽດ

idfetch ແມ່ນລູກຄ້າສໍາລັບເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ ID1 ຂອງ NCBI, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງຄໍາບັນຍາຍ
ລໍາດັບທາງຊີວະພາບ.

OPTIONS

ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.

- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້

-F str ເພີ່ມປະເພດຄຸນສົມບັດທີ່ລະບຸ (ໝາຍຈຸດ-delimited); ຄ່າທີ່ອະນຸຍາດແມ່ນ CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA, ແລະ microRNA.

-G ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ໄຟລ໌ທີ່ມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ GIs, (ສະບັບ), ການເຂົ້າເຖິງ, FASTA SeqIDs ທີ່ຈະ dump

-Q ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ສ້າງລາຍຊື່ GI ໂດຍການສອບຖາມ Entrez ໃນ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ; ຕ້ອງການ -dn or -dp.

-c N ຄວາມ​ສັບ​ສົນ​ສູງ​ສຸດ​:
0 ໄດ້ຮັບ blob ທັງຫມົດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ໄດ້ຮັບ bioseq ມີຄວາມສົນໃຈ
2 ໄດ້ຮັບຊຸດ bioseq ຫນ້ອຍທີ່ສຸດທີ່ມີ bioseq ມີຄວາມສົນໃຈ
3 ໄດ້ຮັບ nuc-prot ຫນ້ອຍທີ່ສຸດທີ່ມີ bioseq ມີຄວາມສົນໃຈ
4 ໄດ້ຮັບຊຸດ pub ຫນ້ອຍທີ່ສຸດທີ່ມີ bioseq ມີຄວາມສົນໃຈ

-d str ຖານຂໍ້ມູນທີ່ຈະໃຊ້ (ກັບ -q, ສາມາດບໍ່ວ່າຈະ n ສໍາລັບ nucleotides ຫຼື p ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ).

-e N ໝາຍເລກນິຕິບຸກຄົນ (ໝາຍເລກການດຶງຂໍ້ມູນ) ເພື່ອຖິ້ມ

-f str Flattened SeqId. ຮູບແບບທີ່ເປັນໄປໄດ້:
ປະເພດ([ຊື່][,[ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ][,[ປ່ອຍ][,ສະບັບພາສາ]]]) ເປັນ '5(HUMHBB)'
ປະເພດ=ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ
ປະເພດ:ຈໍານວນ
(ປະເພດ ແມ່ນຕົວເລກທີ່ຊີ້ບອກປະເພດຍ່ອຍ ASN.1 Seq-id.)

-g N GI id ສໍາລັບຫນ່ວຍງານດຽວທີ່ຈະ dump

-i N ປະເພດຂອງການຊອກຫາ:
0 ໄດ້ຮັບ Seq-entry (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ໄດ້ຮັບສະຖານະ GI (ອອກໄປຫາ stderr)
2 ໄດ້ຮັບ SeqIds
3 ໄດ້ຮັບປະຫວັດ GI (ການປ່ຽນແປງລໍາດັບເທົ່ານັ້ນ)
4 ໄດ້​ຮັບ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ປະ​ຫວັດ​ສາດ (ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ໃດໆ​ກັບ ASN.1​)

-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-n ສົ່ງອອກພຽງແຕ່ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ GIs (ກັບ -q ແລະ -Q).

-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = stdout)

-q str ສ້າງລາຍຊື່ gi ໂດຍການສອບຖາມ Entrez. ຕ້ອງການ -dn or -dp.

-s str FASTA style SeqId ຖືກປິດໃນ QUOTES. ຮູບແບບ:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|acc|loc
emb|acc|loc
pir|acc|ຊື່
sp|acc|ຊື່
pat|ປະເທດ|ສິດທິບັດ|seq
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|ຊື່
pdb|entry|ລະບົບຕ່ອງໂສ້

-t N ປະເພດຜົນໄດ້ຮັບ:
1 ຂໍ້ຄວາມ ASN.1 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
2 ໄບນາຣີ ASN.1
3 GenBank (Seq-entry ເທົ່ານັ້ນ)
4 GenPept (Seq-entry ເທົ່ານັ້ນ)
5 FASTA (ຕາຕະລາງສໍາລັບປະຫວັດສາດ)
6 ຄະແນນຄຸນນະພາບ (Seq-entry ເທົ່ານັ້ນ)
7 Entrez DocSums
8 FASTA reverse complement

ໃຊ້ idfetch ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net