ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ indexdb_rna ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
indexdb_rna - ເຄື່ອງມືສໍາລັບການກັ່ນຕອງ, ການສ້າງແຜນທີ່ແລະການເລືອກ OTU NGS ອ່ານ (indexdb)
ສະຫຼຸບສັງລວມ
indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
SortMeRNA ເປັນເຄື່ອງມືການວິເຄາະລໍາດັບຊີວະພາບສໍາລັບການກັ່ນຕອງ, ການສ້າງແຜນທີ່ແລະການເລືອກ OTU
NGS ອ່ານ. ສູດການຄິດໄລ່ຫຼັກແມ່ນອີງໃສ່ແກ່ນໂດຍປະມານແລະອະນຸຍາດໃຫ້ໄວແລະ
ການວິເຄາະທີ່ລະອຽດອ່ອນຂອງລໍາດັບ nucleotide. ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຕົ້ນຕໍຂອງ SortMeRNA ແມ່ນການກັ່ນຕອງ
rRNA ຈາກຂໍ້ມູນ metatranscriptomic. ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກເພີ່ມເຕີມປະກອບມີ OTU-ເລືອກເອົາແລະ
ການມອບໝາຍການຈັດໝວດໝູ່ມີໃຫ້ຜ່ານ QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA ໃຊ້ເວລາເປັນການປ້ອນໄຟລ໌ຂອງການອ່ານ (ຮູບແບບ fastq ຫຼື fastq) ແລະຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍ rRNA
ໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ (s), ແລະຈັດຮຽງແຍກ rRNA ແລະປະຕິເສດການອ່ານອອກເປັນສອງໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍ
ຜູ້ໃຊ້. ທາງເລືອກ, ມັນສາມາດສະຫນອງການສອດຄ່ອງທ້ອງຖິ່ນທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຂອງ rRNA ອ່ານຕໍ່ກັບ
ຖານຂໍ້ມູນ rRNA. SortMeRNA ເຮັດວຽກກັບຂໍ້ມູນ Illumina, 454, Ion Torrent ແລະ PacBio, ແລະສາມາດ
ຜະລິດການຈັດຮຽງແບບ SAM ແລະ BLAST.
OPTIONS
ມະຫາພາກ OPTIONS
--ref STRING, STRING
ໄຟລ໌ອ້າງອີງ FASTA, ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ຕົວຢ່າງ:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
ຖ້າສົ່ງໄຟລ໌ລໍາດັບອ້າງອີງຫຼາຍ, ແຍກພວກມັນດ້ວຍ ':'
ຕົວຢ່າງ:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2
ທາງເລືອກ OPTIONS
-- ໄວ BOOL
ທາງເລືອກທີ່ແນະນໍາສໍາລັບການຈັດສາຍພັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ ~99% (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: off)
--sensitive BOOL
ທາງເລືອກທີ່ແນະນໍາສໍາລັບການຈັດ ~75-98% ຊະນິດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: on)
--tmpdir ຄັກ
ໄດເລກະທໍລີບ່ອນທີ່ຈະຂຽນໄຟລ໌ຊົ່ວຄາວ
-m INT ຈໍານວນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ (ໃນ Mbytes) ສໍາລັບການສ້າງດັດຊະນີ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3072)
-L INT ຄວາມຍາວຂອງແກ່ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 18)
--max_pos INT
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງຕໍາແຫນ່ງທີ່ຈະເກັບສໍາລັບແຕ່ລະ L-mer ທີ່ເປັນເອກະລັກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10000, ການຕັ້ງຄ່າ
--max_pos 0 ຈະເກັບກໍາຕໍາແຫນ່ງທັງຫມົດ)
-v BOOL
ຄຳເວົ້າ
-h BOOL
ຊ່ວຍເຫຼືອ
ໃຊ້ indexdb_rna ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
