king-probe - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

king-probe - ປະເມີນແລະເບິ່ງເຫັນການຫຸ້ມຫໍ່ຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກ interatomic

ລາຍລະອຽດ

Syntax: probe input.pdb >> out.kin

ຫຼື: probe [ທຸງ] "ຮູບແບບ src" ["ຮູບແບບເປົ້າຫມາຍ"] pdbfiles ... >> out.kin

ທຸງ:
- ຕົນເອງ ຕົວຕັດກັນເອງ: src -> src (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-ທັງສອງ ຕັດກັນທັງສອງທາງ: src <=> targ

-ຄັ້ງດຽວ ຈຸດຕັດດຽວ: src -> targ

- ອອກ ດ້ານນອກ van der Waals ຂອງ src (ຫນ້າດິນຕິດຕໍ່ຕົວລະລາຍ)

-AUTObondrot ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ອ່ານ ແລະປະມວນຜົນໄຟລ໌ autobondrot

ທາງລັດ:

< > ເຊັ່ນ​ດຽວ​ກັນ​ກັບ​: -4 ຮ -mc - ເຮດ - ຕົນເອງ "altA ogt33"

- ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຄືກັນກັບ: < >, ແຕ່ອະນຸຍາດໃຫ້ບາງທຸງອື່ນໆ

-SCSurface ຄື​ກັນ​ກັບ: - ລຸດລົງ -rad1.4 - ອອກ "ບໍ່ແມ່ນນ້ໍາ"

-EXPOsed
ຄື​ກັນ​ກັບ: - ລຸດລົງ -rad1.4 - ອອກ (ຫມາຍ​ເຫດ​: ຮູບ​ແບບ​ການ​ອຸ​ປະ​ກອນ​ຜູ້​ໃຊ້​)

- ດ້ານ
ຄື​ກັນ​ກັບ: - ລຸດລົງ -rad0.0 - ເພີ່ມ 1.4 - ອອກ "ບໍ່ແມ່ນນ້ໍາ"

- ການເຂົ້າເຖິງ
ຄື​ກັນ​ກັບ: - ລຸດລົງ -rad0.0 - ເພີ່ມ 1.4 - ອອກ (ຫມາຍ​ເຫດ​: ຮູບ​ແບບ​ການ​ອຸ​ປະ​ກອນ​ຜູ້​ໃຊ້​)

-SCAN0 ຄື​ກັນ​ກັບ: -4 ຮ -mc - ຕົນເອງ "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 ຄື​ກັນ​ກັບ: -4 ຮ - ຄັ້ງດຽວ "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (ບໍ່ແມ່ນນ້ໍາ ogt33)"

-DUMPAtominfo
ນັບອະຕອມໃນການຄັດເລືອກ: src

(ສັງເກດວ່າທັງສອງແລະ ONCE ຕ້ອງການສອງຮູບແບບໃນຂະນະທີ່

OUT, ຕົວເອງແລະ DUMPATOMINFO ຕ້ອງການຮູບແບບດຽວເທົ່ານັ້ນ)

- ມີ​ຄວາມ​ໝາຍ
ໄຮໂດເຈນ implicit

- ສະຫຼຸບ
ໄຮໂດເຈນທີ່ຊັດເຈນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-ຄວາມ​ຫນາ​ແຫນ້ນ#
ກໍານົດຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງຈຸດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 16 ຈຸດ/sq A)

- ລັດສະໝີ#.#
ຕັ້ງລັດສະໝີຂອງ probe (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.25 A)

-ADDw#.#
ຊົດເຊີຍເພີ່ມໃສ່ Van der Waals radii (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0)

-SCALEvdw#.# ປັດໄຈຂະໜາດສຳລັບ Van der Waals radii (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1.0)

-COSCale#.#
ຂະໜາດ C=O ຄາບອນ Van der Waals radii (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.94)

- ເຂັມ ແຕ້ມ spike ແທນຈຸດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

- ເຂັມ#.#
ກໍານົດຂອບເຂດຂະຫນາດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.5)

-NOSpike
ແຕ້ມພຽງແຕ່ຈຸດ

-HBRປົກກະຕິ#.# ການທັບຊ້ອນກັນສູງສຸດສຳລັບ Hbonds ປົກກະຕິ(default=0.6)

-HBC charged#.# ການທັບຊ້ອນກັນສູງສຸດສຳລັບ Hbonds ທີ່ຄິດຄ່າແລ້ວ(default=0.8)

- ຮັກສາ ຮັກສາອະຕອມທີ່ບໍ່ເລືອກໄວ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

- ຫຼຸດ ຖິ້ມອະຕອມທີ່ບໍ່ເລືອກ

- ຈຳກັດ ຈໍາ​ກັດ​ຈຸດ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ສຸດ​ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່ kissing (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​)

-NOLIMit
ບໍ່ຈໍາກັດຈຸດຕໍາ

-LENs ເພີ່ມຄໍາສໍາຄັນຂອງເລນໃສ່ໄຟລ໌ kin

-NOLENs
ຢ່າເພີ່ມຄໍາສໍາຄັນຂອງເລນໃສ່ໄຟລ໌ kin (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-MC ປະ​ກອບ​ມີ mainchain->ການ​ໂຕ້​ຕອບ​ຂອງ mainchain​

-HETs ລວມຈຸດໄປຫາກຸ່ມ HET ທີ່ບໍ່ແມ່ນນໍ້າ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-NOHETs
ບໍ່ລວມຈຸດໄປຫາກຸ່ມ HET ທີ່ບໍ່ແມ່ນນໍ້າ

- ນໍ້າ
ຮວມຈຸດໃສ່ນ້ຳ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

- ປ່າສະຫງວນ
ບໍ່ລວມຈຸດໃສ່ນ້ໍາ

- ວັດ 2 ວັດ
ສະແດງຈຸດລະຫວ່າງນ້ໍາ

-DUMPH2O
ລວມເອົານ້ໍາ H? vectorlist ໃນຜົນຜະລິດ

-4 ຮ ຂະຫຍາຍການກໍາຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 4 ສໍາລັບ H (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-3 ຈຳກັດການກຳຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 3

-2 ຈຳກັດການກຳຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 2

-1 ຈຳກັດການກຳຈັດຈຸດຕ່ອງໂສ້ພັນທະບັດເປັນ 1

-ບໍ່ສົນໃຈ "ຮູບແບບ" ຫຼຸດລົງຢ່າງຈະແຈ້ງ: ບໍ່ສົນໃຈອະຕອມທີ່ເລືອກໂດຍຮູບແບບ

-DOCHO
ຮັບຮູ້ CH..O Hbonds

-CHO#.#
ປັດໄຈຂະໜາດຂອງຄະແນນ CH..O Hbond (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=0.5)

-PolarH
ໃຊ້ radii ສັ້ນຂອງໄຮໂດເຈນຂົ້ວໂລກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-NOPolarH
ຫ້າມຫຼຸດ radii ຂອງໄຮໂດເຈນຂົ້ວໂລກ

-NOFACEhbond ບໍ່ໄດ້ລະບຸ HBonds ກັບໃບຫນ້າທີ່ມີກິ່ນຫອມ

- ຊື່ "ຊື່" ລະບຸຊື່ກຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "ຈຸດ")

- DOTMASTER
ຊື່ກຸ່ມທີ່ໃຊ້ເປັນແມ່ແບບພິເສດ={name} ໃນລາຍຊື່

-NOGroup
ບໍ່ສ້າງ @group statement ໃນຮູບແບບ .kin output

-KINemage
ເພີ່ມ @kinemage 1 ຄໍາຖະແຫຼງທີ່ຢູ່ເທິງສຸດຂອງຜົນຜະລິດຮູບແບບ .kin

- ນັບຈຸດ
ຜະລິດຈໍານວນຈຸດ - ບໍ່ແມ່ນລາຍຊື່ຈຸດ

- ບໍ່ມີຂໍ້ມູນ
ສົ່ງຂໍ້ມູນຈຸດດິບ

ຊື່:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
output dot ຂໍ້​ມູນ​ທີ່​ຈັດ​ຮູບ​ແບບ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ສະ​ແດງ​ໃນ O​

-XVFORMAT
ຂໍ້​ມູນ​ຈຸດ​ທີ່​ສົ່ງ​ອອກ​ທີ່​ຈັດ​ຮູບ​ແບບ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ສະ​ແດງ​ໃນ XtalView​

-ONELINE
output one line :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
ຈຸດສີຕາມຈຳນວນຊ່ອງຫວ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-ATOM ສີ
ຈຸດສີຕາມປະເພດປະລໍາມະນູ

-BASEcolor
ຈຸດສີຕາມປະເພດຖານອາຊິດນິວຄລີອິກ

-COLORBase
ຈຸດສີຕາມຊ່ອງຫວ່າງ ແລະປະເພດຖານອາຊິດນິວຄລີອິກ

-OUTCOLor "ຊື່" ລະບຸສີຈຸດສໍາລັບ - ອອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "ສີຂີ້ເຖົ່າ")

-GAPWeight#
ກໍານົດນ້ໍາຫນັກສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງຄະແນນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.25)

-BUMPWeight# ກຳນົດລະດັບຄວາມສຳພັນສຳລັບການໃຫ້ຄະແນນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10.0)

-HBWeight#
ກຳນົດລະດັບຄວາມສຳພັນສຳລັບການໃຫ້ຄະແນນ Hbonds (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 4.0)

-DIVLow#.#
ການຈັດແບ່ງປະເພດ Bump (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -04)

-DIV ສູງ#.#
ພະແນກສໍາລັບປະເພດການຕິດຕໍ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.25)

-MINOCCupancy#.#
ທີ່ຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້ແມ່ນເທົ່າກັບສູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.02)

-ELEment
ເພີ່ມປຸ່ມຕົ້ນສະບັບສໍາລັບອົງປະກອບທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນຜົນຜະລິດ kin

-NOHBOUT
ຫ້າມສົ່ງຂໍ້ມູນການຕິດຕໍ່ສໍາລັບ HBonds

-NOCLASHOUT
ບໍ່ອອກການຕິດຕໍ່ສໍາລັບການປະທະກັນ

-NOVDWOUT
ຢ່າສົ່ງຂໍ້ມູນການຕິດຕໍ່ສໍາລັບການໂຕ້ຕອບ van der Waals

- ພຽງແຕ່BADOUT
onlybadout ສົ່ງອອກການປະທະກັນທີ່ບໍ່ດີ (ຕິດຕໍ່ພົວພັນການຊ້ອນກັນຢ່າງຮຸນແຮງ)

- ບົດສະຫຼຸບ
ຜົນຜະລິດສະຫຼຸບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງການຕິດຕໍ່ແລະການປະທະກັນ

-ONELINE
ບັນຊີລາຍຊື່ສະຫຼຸບຜົນໄດ້ຮັບຢູ່ໃນເສັ້ນດຽວ

-ໝາຍເຫດ
ບໍ່ສະແດງ ticker ຊື່ residue ໃນລະຫວ່າງການປະມວນຜົນ

-STBONDs
ສົມມຸດພຽງແຕ່ຮູບແບບການຜູກມັດມາດຕະຖານໃນ residue ມາດຕະຖານ

-NOPArent
ຢ່າຜູກມັດ hydrogens ໂດຍອີງໃສ່ຕາຕະລາງຂອງອາຕອມຫນັກຂອງພໍ່ແມ່

-SEGID ໃຊ້ພາກສະຫນາມ PDB SegID ເພື່ອກໍານົດລະຫວ່າງ residues

-OLDU ສ້າງແບບເກົ່າ -u ຜົນຜະລິດ: kissEdge2BullsEye, ແລະອື່ນໆ

- Verbose
ໂໝດ verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

- ອ້າງອີງ
ສະແດງສະຕຣິງອ້າງອີງ

- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງບັນຊີລາຍຊື່ຂອງການປ່ຽນແປງໂຄງການ

- ງຽບ ໂໝດງຽບ

- ຊ່ວຍເຫຼືອ ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ແຈ້ງ​ການ​ການ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ຂະ​ຫຍາຍ (ລວມ​ທັງ​ທຸງ​ອື່ນໆ​)

-VERSION
ສະບັບແຖວຫນຶ່ງເພື່ອ stdout

ອົງປະກອບຮູບແບບ: (ຄວນໃສ່ໃນວົງຢືມໃນແຖວຄໍາສັ່ງ)

FILE# ພາຍໃນໄຟລ໌ #

MODEL# ພາຍໃນຕົວແບບ #

ໄຊນາ
ພາຍໃນລະບົບຕ່ອງໂສ້ ກ

SEGaaaa
segment identifier aaaa (ທີ່ _ ເປັນຕົວແທນຫວ່າງເປົ່າ)

ການຈັດລຽງສະລັບກັນຂອງ ALTA a

ATOMaaaa
ຊື່ອະຕອມ aaaa (ບ່ອນທີ່ _ ເປັນຕົວແທນຫວ່າງເປົ່າ) (ທັງ 4 ຕົວອັກສອນຖືກໃຊ້ເພື່ອ H ຈະເປັນ
ATOM_H__)

ຕົກຄ້າງ RESaaa aaa

#ສານຕົກຄ້າງ #

#a residue #, ໃສ່ a

#-# ໄລຍະ residue # (ໃສ່ລະຫັດບໍ່ສົນໃຈ)

ປະເພດ residue ໂດຍລະຫັດຕົວອັກສອນດຽວ (ເຊັ່ນ: y)

aaa ປະເພດ residue ໂດຍສາມລະຫັດຕົວອັກສອນ (ເຊັ່ນ: tyr)

ທັງໝົດ, ໂປຣຕີນ, MC, SC, BASE, ALPHA, ເບຕ້າ, ໄນໂຕຣເຈນ, ຄາບອນ,
ອົກຊີເຈນ, ຊູນຟູຣິກ, ຟົດສະຟໍຣັດ, ໄຮໂດຣເຈນ, ໂລຫະ, ຂົ້ວໂລກ,
NONPOLAR, ຮຽກເກັບ, ຜູ້ໃຫ້ທຶນ, ຜູ້ຮັບ, ກິ່ນຫອມ, methyl, HET, ນ້ໍາ, DNA, RNA

ທັງໝົດ ຫຼືຊຸດຍ່ອຍຂອງອະຕອມ

OLT# ການຄອບຄອງໜ້ອຍກວ່າ # (ຈຳນວນເຕັມເປີເຊັນ)

OGT# ການຄອບຄອງຫຼາຍກວ່າ # (ຈຳນວນເຕັມເປີເຊັນ)

BLT# B-value ຫນ້ອຍກວ່າ # (ຈໍານວນເຕັມ)

BGT# B-value ຫຼາຍກວ່າ # (ຈໍານວນເຕັມ)

INSa ໃສ່ລະຫັດ a (ບ່ອນທີ່ _ ເປັນຕົວແທນຫວ່າງເປົ່າ)

ພາຍໃນ #.# ຂອງ #.#, #.#, #.#
ປະລໍາມະນູພາຍໃນໄລຍະຫ່າງຈາກຈຸດ

ຮູບແບບສາມາດຖືກລວມເຂົ້າກັນເປັນລາຍການທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດເຊັ່ນ "trp,phe,tyr".
TRP ຫຼື PHE ຫຼື TYR.

ຮູບແບບທີ່ແຍກອອກໂດຍຊ່ອງຫວ່າງທັງໝົດຈະຕ້ອງເປັນຄວາມຈິງເຊັ່ນ "ຕ່ອງໂສ້ 1-5" ຄວາມຫມາຍ.
ຕົກຄ້າງ 1 ຫາ 5 ໃນຕ່ອງໂສ້ B.

ທ່ານຍັງສາມາດຈັດກຸ່ມຮູບແບບທີ່ມີວົງເລັບ, ແຍກຫຼາຍຮູບແບບດ້ວຍ |
ຫມາຍຄວາມວ່າ 'ຫຼື' ແລະເລືອກສ່ວນເສີມກັບ NOT ຄືກັບ "not file1" ຫມາຍຄວາມວ່າບໍ່ຢູ່ໃນ
ໄຟລ໌ 1.

ໄຟລ໌ autobondrot ແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ PDB ອື່ນໆ ແຕ່ມັນປະກອບມີຂໍ້ມູນ
ການກໍານົດອະຕອມຂຶ້ນກັບການຫມຸນແລະການຫັນປ່ຽນອື່ນໆ.

ຕົວຢ່າງຊິ້ນສ່ວນໄຟລ໌ autobondrot ສະແດງໃຫ້ເຫັນການຫມຸນພັນທະບັດ Calpha-Cbeta ແລະເປັນໄລຍະ
ຟັງຊັນການລົງໂທດ torsion ສໍາລັບການຫມຸນນີ້

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00.

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

ຄໍາສັ່ງ Autobondrot ໃຊ້ຈໍ້າສອງເມັດເພື່ອແຍກຄ່າ Transformations:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # dummy

ຟັງຊັນ Bias:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

ສາຂາ:
ບັນທຶກແລະຟື້ນຟູຫຼື "(" ແລະ ")"

(ເຊັ່ນ: ການຫມຸນແຕ່ລະ Chi ແລະ methyls ສໍາລັບ isoleucine ໄດ້

ລໍາດັບແມ່ນ: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

ກຳນົດທິດທາງ: GO:angle1:angle2:... ລວມໄຟລ໌: @filename ຄຳເຫັນ:
# ຂໍ້ຄວາມສະແດງຄວາມຄິດເຫັນ

probe: ສະບັບ 2.13.110909, ສະຫງວນລິຂະສິດ 1996-2011, J. Michael Word

ໃຊ້ king-probe ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net