ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ macs2_bdgdiff ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
macs2_bdgdiff - ການວິເຄາະຕາມແບບຈໍາລອງສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ Chip
ລາຍລະອຽດ
ການນໍາໃຊ້: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefix OPREFIX | -o ໄຟລ໌ OFILE OFILE)
ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 1. ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ callpeak --SPMR ຜົນຜະລິດ.
ຕ້ອງການ
--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 2. ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ callpeak --SPMR ຜົນຜະລິດ.
ຕ້ອງການ
--c1 C1BDG
MACS ຄວບຄຸມ lambda bedGraph ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 1. ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ callpeak --SPMR
ຜົນຜະລິດ. ຕ້ອງການ
--c2 C2BDG
MACS ຄວບຄຸມ lambda bedGraph ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 2. ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ callpeak --SPMR
ຜົນຜະລິດ. ຕ້ອງການ
-C ຕັດອອກ, --ຕັດອອກ ຕັດອອກ
logLR ຕັດອອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3 (ອັດຕາສ່ວນຄວາມເປັນໄປໄດ້ = 1000)
-l ມິນເລນ, --min-len ມິນເລນ
ຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດຂອງພາກພື້ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ລອງໃຊ້ຄ່າທີ່ໃຫຍ່ກວ່າເພື່ອເອົາພື້ນທີ່ນ້ອຍໆອອກ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 200
-g MAXGAP, --ຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດ MAXGAP
ຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດເພື່ອຮວມພາກພື້ນຄວາມແຕກຕ່າງໃກ້ຄຽງ. ພິຈາລະນາຊ່ອງຫວ່າງທີ່ກວ້າງກວ່າສໍາລັບກວ້າງ
ເຄື່ອງຫມາຍ. ຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດຄວນນ້ອຍກວ່າຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດ (-g). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100
--d1 ຄວາມເລິກ1, --ຄວາມເລິກ 1 ຄວາມເລິກ1
ລໍາດັບຄວາມເລິກ (# ຂອງການອ່ານທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນໃນລ້ານ) ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 1. ມັນຈະເປັນ
ໃຊ້ຮ່ວມກັບ --d2. ເບິ່ງລາຍລະອຽດສໍາລັບ --d2 ຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບວິທີການກໍາຫນົດໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 1
--d2 ຄວາມເລິກ2, --ຄວາມເລິກ 2 ຄວາມເລິກ2
ລໍາດັບຄວາມເລິກ (# ຂອງການອ່ານທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນໃນລ້ານ) ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 2. ມັນຈະເປັນ
ໃຊ້ຮ່ວມກັບ --d1. DEPTH1 ແລະ DEPTH2 ຈະຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຄິດໄລ່ການປັບຂະຫນາດ
ປັດໄຈສໍາລັບແຕ່ລະຕົວຢ່າງ, ລົງຂະຫນາດຕົວຢ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່ເພື່ອລະດັບຂອງຕົວຢ່າງຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ.
ຕົວຢ່າງ, ໃນຂະນະທີ່ປຽບທຽບ 10 ລ້ານເງື່ອນໄຂ 1 ແລະ 20 ລ້ານເງື່ອນໄຂ 2, ໃຊ້
--d1 10 --d2 20, ຫຼັງຈາກນັ້ນຄ່າ pileup ໃນ bedGraph ສໍາລັບເງື່ອນໄຂ 2 ຈະຖືກແບ່ງດ້ວຍ
2. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
-- outdir ນອກ
ຖ້າລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງໝົດຈະຖືກຂຽນໃສ່ໄດເລກະທໍລີນັ້ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໄດ້
ໄດເລກະທໍລີເຮັດວຽກໃນປະຈຸບັນ
--o-prefix OPREFIX
ໄຟລ໌ຄໍານໍາຫນ້າ. ໄຟລ໌ຕົວຈິງຈະຖືກຕັ້ງຊື່ເປັນ PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed ແລະ PREFIX_common.bed. ສະເພາະເຊິ່ງກັນແລະກັນກັບ -o// ໄຟລ໌.
-o ຮູບພາບເອກະສານ OFILE, --ofile ໄຟລ໌ OFILE OFILE
ອອກຊື່ໄຟລ໌. ຕ້ອງໃຫ້ສາມ arguments ໃນຄໍາສັ່ງ: 1. file for unique regions in
ເງື່ອນໄຂ 1; 2. ໄຟລ໌ສໍາລັບພາກພື້ນທີ່ເປັນເອກະລັກໃນເງື່ອນໄຂ 2; 3. ໄຟລ໌ສໍາລັບພາກພື້ນທົ່ວໄປ
ໃນທັງສອງເງື່ອນໄຂ. ຫມາຍເຫດ: ສະເພາະເຊິ່ງກັນແລະກັນກັບ --o-prefix.
ໃຊ້ macs2_bdgdiff ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
