ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ macs2_bdgopt ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
macs2_bdgopt - ການວິເຄາະຕາມແບບຈໍາລອງສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ Chip
ລາຍລະອຽດ
ການນໍາໃຊ້: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {ຄູນ,ເພີ່ມ,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFILE
ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
-i IFILE, --ifile IFILE
ຄະແນນ MACS ໃນ bedGraph. ໝາຍເຫດ: ອັນນີ້ຕ້ອງເປັນໄຟລ໌ bedGraph ທີ່ກວມເອົາທັງໝົດ
genome. ຕ້ອງການ
-m {ຄູນ,ເພີ່ມ,p2q}, -- ວິທີການ {ຄູນ,ເພີ່ມ,p2q}
ວິທີການແກ້ໄຂຖັນຄະແນນຂອງໄຟລ໌ bedGraph. ທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ແມ່ນ:
ຄູນ, ເພີ່ມ ຫຼື p2q. 1) ຄູນ, EXTRAPARAM ແມ່ນຕ້ອງການແລະຈະເປັນ
ຄູນໃສ່ຖັນຄະແນນ. ຖ້າເຈົ້າຕັ້ງໃຈຈະແບ່ງຖັນຄະແນນດ້ວຍ X, ໃຫ້ໃຊ້
ຄ່າຂອງ 1/X ເປັນ EXTRAPARAM. 2) ເພີ່ມ, EXTRAPARAM ແມ່ນຕ້ອງການແລະຈະຖືກເພີ່ມໃສ່
ຖັນຄະແນນ. ຖ້າເຈົ້າຕັ້ງໃຈຈະລົບຖັນຄະແນນດ້ວຍ X, ໃຫ້ໃຊ້ຄ່າຂອງ -X
ເປັນ EXTRAPARAM. 3) p2q, ນີ້ຈະປ່ຽນຄະແນນ p-value ເປັນຄະແນນ q-value ໂດຍໃຊ້
ຂະບວນການ Benjamini-Hochberg. EXTRAPARAM ແມ່ນບໍ່ຈໍາເປັນ. ວິທີການນີ້ສົມມຸດວ່າ
ຄະແນນແມ່ນ - ບັນທຶກ 10 p-value ຈາກ MACS2. ປະເພດອື່ນໆຂອງຄະແນນຈະເຮັດໃຫ້ເກີດ
ຄວາມຜິດພາດທີ່ບໍ່ຄາດຄິດ.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --ພິເສດ param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
ຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມສໍາລັບ METHOD. ກວດເບິ່ງລາຍລະອຽດຂອງ -m ທາງເລືອກ.
-- outdir ນອກ
ຖ້າລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງໝົດຈະຖືກຂຽນໃສ່ໄດເລກະທໍລີນັ້ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໄດ້
ໄດເລກະທໍລີເຮັດວຽກໃນປະຈຸບັນ
-o OFILE, --ofile OFILE
ອອກຊື່ໄຟລ໌ BEDGraph.
ໃຊ້ macs2_bdgopt ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
