ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ macs2 ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
macs2 - macs2 - ການວິເຄາະຕາມແບບຈໍາລອງສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ Chip
ລາຍລະອຽດ
ການນໍາໃຊ້: macs2 [-h] [--version]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
macs2 -- ການວິເຄາະຕາມແບບຈໍາລອງສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ Chip
ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
callpeak
ຟັງຊັນ MACS2 ຫຼັກ: ໂທຫາສູງສຸດຈາກຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.
bdgpeakcall
ໂທຫາສູງສຸດຈາກຜົນອອກຂອງ bedGraph. ໝາຍເຫດ: ພາກພື້ນທັງໝົດຢູ່ໃນໂຄໂມໂຊມດຽວກັນຢູ່ໃນ
ໄຟລ໌ bedGraph ຄວນຈະເປັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ ດັ່ງນັ້ນພຽງແຕ່ໄຟລ໌ bedGraph ຈາກ MACS2 ເທົ່ານັ້ນ
ຍອມຮັບໄດ້.
bdgbroadcall
ໂທຫາຈຸດສູງສຸດທີ່ກວ້າງຂວາງຈາກຜົນໄດ້ຮັບຂອງ bedGraph. ໝາຍເຫດ: ພາກພື້ນທັງໝົດຢູ່ໃນໂຄໂມໂຊມດຽວກັນໃນ
ໄຟລ໌ bedGraph ຄວນຈະເປັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ ດັ່ງນັ້ນພຽງແຕ່ໄຟລ໌ bedGraph ຈາກ MACS2 ເທົ່ານັ້ນ
ຍອມຮັບໄດ້.
bdgcmp ຫັກສິ່ງລົບກວນໂດຍການປຽບທຽບສອງເສັ້ນສັນຍານໃນ bedGraph. ຫມາຍເຫດ: ພາກພື້ນທັງຫມົດໃນ
ໂຄໂມໂຊມດຽວກັນຢູ່ໃນໄຟລ໌ bedGraph ຄວນຈະເປັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ ດັ່ງນັ້ນພຽງແຕ່ໄຟລ໌ bedGraph
ຈາກ MACS2 ແມ່ນສາມາດຍອມຮັບໄດ້.
bdgopt ການດໍາເນີນງານໃນຖັນຄະແນນຂອງໄຟລ໌ bedGraph. ໝາຍເຫດ: ພາກພື້ນທັງໝົດແມ່ນຄືກັນ
chromosome ໃນໄຟລ໌ bedGraph ຄວນຈະເປັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງດັ່ງນັ້ນພຽງແຕ່ໄຟລ໌ bedGraph ຈາກ
MACS2 ແມ່ນສາມາດຍອມຮັບໄດ້.
cmbreps
ສົມທົບ BEDGraphs ຂອງຄະແນນຈາກ replicates. ໝາຍເຫດ: ພາກພື້ນທັງໝົດແມ່ນຄືກັນ
chromosome ໃນໄຟລ໌ bedGraph ຄວນຈະເປັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງດັ່ງນັ້ນພຽງແຕ່ໄຟລ໌ bedGraph ຈາກ
MACS2 ແມ່ນສາມາດຍອມຮັບໄດ້.
bdgdiff
ການກວດຫາຈຸດສູງສຸດທີ່ແຕກຕ່າງໂດຍອີງໃສ່ການຈັບຄູ່ສີ່ໄຟລ໌ຕາຕະລາງ. ໝາຍເຫດ: ທຸກຂົງເຂດ
ຢູ່ໃນໂຄໂມໂຊມດຽວກັນໃນໄຟລ໌ bedGraph ຄວນຈະເປັນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ ດັ່ງນັ້ນພຽງແຕ່ bedGraph
ໄຟລ໌ຈາກ MACS2 ສາມາດຮອງຮັບໄດ້.
filterdup
ເອົາການອ່ານທີ່ຊໍ້າກັນຢູ່ບ່ອນດຽວກັນ, ຈາກນັ້ນປ່ຽນຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບເປັນ BED
ຮູບແບບ.
ຄາດຄະເນ
ຄາດຄະເນຂະໜາດ d ຫຼື fragment ຈາກຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຮຽງ. * ຈະບໍ່ໄດ້ກັ່ນຕອງທີ່ຊ້ໍາກັນ *
pileup Pileup ສອດຄ່ອງການອ່ານທີ່ມີຂະຫນາດຂະຫຍາຍທີ່ກໍານົດ (ຂະຫນາດ fragment ຫຼື d ໃນ MACS
ພາສາ). ໃຫ້ສັງເກດວ່າຈະບໍ່ມີຂັ້ນຕອນສໍາລັບການກັ່ນຕອງການອ່ານທີ່ຊ້ໍາກັນຫຼືການຈັດລໍາດັບ
ການຂະຫຍາຍຄວາມເລິກ, ດັ່ງນັ້ນທ່ານອາດຈະຈໍາເປັນຕ້ອງເຮັດບາງຢ່າງກ່ອນ / ຫຼັງການປຸງແຕ່ງ.
ຕົວຢ່າງ
ຈໍານວນຕົວຢ່າງແບບສຸ່ມ / ເປີເຊັນຂອງການອ່ານທັງຫມົດ.
refinepeak
(ທົດລອງ) ເອົາການຈັດການອ່ານດິບ, ປັບປຸງການປະຊຸມສຸດຍອດແລະໃຫ້ຄະແນນ
ການວັດແທກຍອດເຫຼືອຂອງ waston / crick tags. ແຮງບັນດານໃຈໂດຍ SPP.
ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຕົວເລກສະບັບຂອງໂຄງການແລະອອກ
ສໍາລັບຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງຂອງແຕ່ລະຄໍາສັ່ງ, ພິມ: macs2 Command -h
ໃຊ້ macs2 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
