macs2_pileup - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

macs2_pileup - ການວິເຄາະຕາມແບບຈໍາລອງສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ Chip

ລາຍລະອຽດ

ການນໍາໃຊ້: macs2 pileup [-h] -i IFILE [IFILE ...] -o OUTPUTFILE [--outdir OUTDIR]

[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,Eland,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-B] [--extsize EXTSIZE] [--verbose VERBOSE]

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

-i IFILE [IFILE ...], --ifile IFILE [IFILE ...]
ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ Chip-seq. ຖ້າຫຼາຍໄຟລ໌ຖືກມອບໃຫ້ເປັນ '-t AB C', ຫຼັງຈາກນັ້ນພວກມັນຈະ
ທັງ​ຫມົດ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ອ່ານ​ແລະ​ລວມ​. ຈື່ໄວ້ວ່າຂໍ້ມູນຄູ່ບໍ່ຄວນຈະເຮັດວຽກກັບອັນນີ້
ຄໍາສັ່ງ. ຕ້ອງການ.

-o ເອກະສານອອກ, --ofile OUTPUTFILE
ອອກຊື່ໄຟລ໌ bedGraph. ຖ້າບໍ່ລະບຸ, ຈະຂຽນໃສ່ຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.
ຮຽກຮ້ອງ.

-- outdir ນອກ
ຖ້າລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງໝົດຈະຖືກຂຽນໃສ່ໄດເລກະທໍລີນັ້ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໄດ້
ໄດເລກະທໍລີເຮັດວຽກໃນປະຈຸບັນ

-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT, BowTIE}, -- ຮູບແບບ
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT, BowTIE}
ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ແທັກ, "AUTO", "BED" ຫຼື "ELAND" ຫຼື "ELANDMULTI" ຫຼື "ELANDEXPORT" ຫຼື
"SAM" ຫຼື "BAM" ຫຼື "BOWTIE". ຕົວເລືອກ AUTO ເລີ່ມຕົ້ນຈະເຮັດໃຫ້ 'macs2 pileup' ຕັດສິນໃຈ
ໄຟລ໌ແມ່ນຮູບແບບໃດ. ກະລຸນາກວດເບິ່ງຄໍານິຍາມໃນໄຟລ໌ README ຖ້າທ່ານເລືອກ
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: "ອັດຕະໂນມັດ"

-B, -- ທັງ​ສອງ​ທິດ​ທາງ​
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການອ່ານໃດໆຈະຖືກຂະຫຍາຍໄປສູ່ທິດທາງລຸ່ມໂດຍການຂະຫຍາຍ
ຂະໜາດ. ດັ່ງນັ້ນມັນເປັນ [0,size-1] (1-based index system) ສໍາລັບການບວກ strand ອ່ານແລະ
[-size+1,0] ສໍາລັບເສັ້ນລົບທີ່ອ່ານບ່ອນທີ່ຕໍາແຫນ່ງ 0 ແມ່ນ 5' ໃນຕອນທ້າຍຂອງການອ່ານທີ່ສອດຄ່ອງ.
ພຶດຕິກໍາເລີ່ມຕົ້ນສາມາດຈໍາລອງວິທີການ MACS2 ຂອງການລວບລວມຕົວຢ່າງ ChiP ອ່ານຢູ່ບ່ອນ
ຂະ​ຫນາດ​ຂະ​ຫນາດ​ຂະ​ຫຍາຍ​ແມ່ນ​ກໍາ​ນົດ​ເປັນ fragment ຂະ​ຫນາດ / d​. ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນເປີດ, ຈັດຮຽງ
ການອ່ານຈະຖືກຂະຫຍາຍອອກໄປທັງໃນທິດທາງຕົ້ນນ້ຳ ແລະທາງລຸ່ມໂດຍການຂະຫຍາຍ
ຂະໜາດ. ມັນຫມາຍຄວາມວ່າ [-size,size] ບ່ອນທີ່ 0 ແມ່ນ 5' ໃນຕອນທ້າຍຂອງການອ່ານທີ່ສອດຄ່ອງ. ມັນ​ສາ​ມາດ
ບາງສ່ວນຈໍາລອງວິທີການ MACS2 ຂອງການລວບລວມການອ່ານການຄວບຄຸມ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ MACS2 ຄວາມລໍາອຽງໃນທ້ອງຖິ່ນ
ຖືກຄິດໄລ່ໂດຍການເພີ່ມປະລິມານທີ່ຄາດໄວ້ໃຫ້ສູງສຸດໃນຂະໜາດຊິ້ນສ່ວນ ChiP/d
ຄາດຄະເນຈາກ 10kb, 1kb, d ແລະພື້ນຖານ genome ທັງໝົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ

--extsize ຂະຫຍາຍ
ຂະຫນາດຂະຫຍາຍໃນ bps. ການອ່ານການຈັດຮຽງແຕ່ລະອັນຈະກາຍເປັນສ່ວນຂະຫຍາຍ,
ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​ໄດ້​ຖືກ​ເກັບ​ຂຶ້ນ​. ກວດເບິ່ງຄໍາອະທິບາຍສໍາລັບ -B ສໍາລັບລາຍລະອຽດ. ມັນເປັນສອງເທົ່າຂອງ 'shiftsize'
ໃນພາສາ MACSv1 ເກົ່າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 200

-- verbose ຄຳເວົ້າ
ກໍານົດລະດັບ verbose. 0: ສະແດງຂໍ້ຄວາມສຳຄັນເທົ່ານັ້ນ, 1: ສະແດງຄຳເຕືອນເພີ່ມເຕີມ
ຂໍ້ຄວາມ, 2: ສະແດງຂໍ້ມູນຂະບວນການ, 3: ສະແດງຂໍ້ຄວາມ debug. ຖ້າເຈົ້າຢາກຮູ້
ການອ່ານຊໍ້າກັນຢູ່ໃສ, ໃຫ້ໃຊ້ 3. DEFAULT:2

ໃຊ້ macs2_pileup ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net