maqview - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

Maqview - ຕົວຊີ້ວັດການຈັດຮຽງ Maq ແລະຕົວເບິ່ງ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.ແຜນທີ່ [ທ[:ການເລີ່ມຕົ້ນ[-ໃນຕອນທ້າຍ]] [... ]

maqview [-c in.cns] in.ແຜນທີ່

ລາຍລະອຽດ

Maqview ແມ່ນຊຸດຂອງໂປລແກລມທີ່ບັນລຸການເຂົ້າເຖິງແບບສຸ່ມໄວກັບໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ `maq ແຜນ​ທີ່', ແລະ​ສະ​ແດງ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ GUI ງາມ (ຜູ້​ໃຊ້​ຮູບ​ພາບ​
ການໂຕ້ຕອບ). ມັນມີປະສິດທິພາບສູງໃນຄວາມໄວ, ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາແລະການນໍາໃຊ້ແຜ່ນ. Maqview ແມ່ນອີງໃສ່
OpenGL ແລະເປັນທີ່ຮູ້ຈັກທີ່ຈະເຮັດວຽກຢູ່ໃນທັງ Mac OS X ແລະ Linux. ການ Porting ກັບ Windows ແມ່ນຢູ່ໃນຫຼັກການ
ງ່າຍດາຍ.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.ແຜນທີ່ [ທ[:ການເລີ່ມຕົ້ນ[-ໃນຕອນທ້າຍ]] [... ]

-i ດັດສະນີໄຟລ໌ການຈັດລໍາດັບ

-v ພິມການຈັດວາງໃນພາກພື້ນທີ່ລະບຸໄວ້ໃນຮູບແບບ 'maq mapview'

-b ຖິ້ມການຈັດຮຽງໃນພາກພື້ນທີ່ລະບຸໄວ້ໃນຮູບແບບ binary .map

-c ເອກະສານ ດັດສະນີເອກະສານ Maq consensus ສໍາລັບການເບິ່ງໃນ maqview ໃນເວລາດຽວກັນ

ໂຄງການ maqindex ດັດສະນີໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ maq in.ແຜນທີ່ ຫຼືດຶງເອົາການອ່ານທັງໝົດໃນໄວ
ໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍຂົງເຂດ. ຫນຶ່ງ​ໃນ -i, -v ແລະ -b ຕ້ອງໃຊ້. ສໍາລັບ -v or -b, ຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງ
ພາກພື້ນເຊັ່ນ: `chrX', `chrX:1000' ຫຼື `chrX:1,000-2,000' ຕ້ອງຖືກລະບຸ. ຫຼາຍຂົງເຂດ
ຖືກອະນຸຍາດ.

maqview
maqview [-c in.cns] in.ແຜນທີ່

-c ເອກະສານ ເອກະສານການເຫັນດີຂອງ Maq

ໂຄງການ maqview ສະແດງການຈັດຮຽງການອ່ານຢູ່ໃນໜ້າຈໍກຣາຟິກ. ເມື່ອ​ໃດ​ in.cns is
ລະບຸໄວ້, ລໍາດັບເທິງແມ່ນການອ້າງອີງ, ປະຕິບັດຕາມລໍາດັບ Maq consensus;
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ຈະຖືກຄິດໄລ່.

Maqview ມີສອງມຸມເບິ່ງ: ມຸມເບິ່ງລໍາດັບແລະມຸມເບິ່ງກ່ອງ. ໃນມຸມເບິ່ງລໍາດັບ, ອ່ານລໍາດັບ
ຈະຖືກພິມຢູ່ໃນຫນ້າຈໍ. ພື້ນຖານທີ່ເຂັ້ມກວ່າຊີ້ໃຫ້ເຫັນຄຸນນະພາບພື້ນຖານຕ່ໍາແລະສີແດງ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມແຕກຕ່າງໃນການປຽບທຽບກັບການອ້າງອີງຖ້າ in.cns ແມ່ນ​ລະ​ບຸ​ໄວ້​ຫຼື​
ຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ ຖ້າບໍ່ແມ່ນ. ໃນມຸມເບິ່ງກ່ອງ, ປະເພດຕ່າງໆຂອງ nucleotides ແມ່ນ
ເປັນຕົວແທນເປັນກ່ອງສີທີ່ມີສີຂຽວສໍາລັບ A, cyan ສໍາລັບ C, ສີສົ້ມສໍາລັບ G, ສີແດງສໍາລັບ T ແລະຊ້ໍາ
ສີຂີ້ເຖົ່າສໍາລັບ N. ການອີ່ມຕົວຂອງສີຊີ້ໃຫ້ເຫັນຄຸນນະພາບພື້ນຖານແລະຄວາມຫນາຂອງເສັ້ນ
ຂອງການອ່ານສະແດງໃຫ້ເຫັນຄຸນນະພາບແຜນທີ່ຂອງການຈັດລໍາດັບການອ່ານ. ການຊູມເຂົ້າ/ອອກແມ່ນຮອງຮັບເທົ່ານັ້ນ
ໃນມຸມເບິ່ງກ່ອງ. ໃນທັງສອງມຸມເບິ່ງ, ແຖບສະຖານະຢູ່ດ້ານລຸ່ມຂອງປ່ອງຢ້ຽມຈະສະແດງບາງຢ່າງ
ຂໍ້​ມູນ​ກ່ຽວ​ກັບ​ການ​ສໍາ​ພັດ​ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​, ແລະ​ອ່ານ​ຊື່​ແລະ​ຄຸນ​ນະ​ພາບ​ພື້ນ​ຖານ​ຊີ້​ໂດຍ​ຫນູ​.

ການນໍາທາງການຈັດຕໍາແຫນ່ງແມ່ນສໍາເລັດໂດຍການຜູກມັດທີ່ສໍາຄັນ vaious.

· ການ​ຜູກ​ມັດ​ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​:

? ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອ
ອອກໄປ
ລໍາດັບເບິ່ງ
ມຸມເບິ່ງກ່ອງ
p ສະຫຼັບກັບລໍາດັບການອ້າງອີງທີ່ຜ່ານມາ
n ສະຫຼັບໄປຫາລໍາດັບການອ້າງອີງຕໍ່ໄປ
r ໂຫຼດຫນ້າຈໍຄືນ

ຍ້າຍໄປຕໍາແຫນ່ງທີ່ຊີ້ໂດຍ
ຊ / ຍ້າຍຊ້າຍດ້ວຍຖານຫນຶ່ງ
l / ຍ້າຍຂວາດ້ວຍຖານຫນຶ່ງ
k / ເລື່ອນຂຶ້ນໜຶ່ງແຖວ
j / ຍ້າຍລົງໄປນຶ່ງແຖວ
> ຍ້າຍໄປອ່ານຕໍ່ໄປ
< ຍ້າຍໄປອ່ານກ່ອນໜ້ານີ້
g / ຍ້າຍໄປຈຸດເລີ່ມຕົ້ນຂອງການອ້າງອີງປັດຈຸບັນ
G / ຍ້າຍໄປຈຸດສິ້ນສຸດຂອງເອກະສານອ້າງອີງປັດຈຸບັນ
ເຈົ້າ / ຍ້າຍໄປຊ້າຍຫນຶ່ງຫນ້າ
/ ຍ້າຍໄປຂວາຫນຶ່ງຫນ້າ
ຍ້າຍໂດຍ 100 ຖານ
ຍ້າຍໂດຍ 1000 ຖານ

+ ເພີ່ມມຸມມອງໃໝ່
- ເອົາ​ການ​ເບິ່ງ​ໃນ​ປັດ​ຈຸ​ບັນ​

ເປີດ/ປິດ ການເລື່ອນຂວາອັດຕະໂນມັດ
^b ເປີດ/ປິດ ການເລື່ອນຊ້າຍອັດຕະໂນມັດ
+ ຊູມເຂົ້າ
- ຊູມອອກ
0 ຊູມເປັນຂະຫນາດມາດຕະຖານ
q ສະຫຼັບສະແດງ/ເຊື່ອງຄຸນນະພາບການສ້າງແຜນທີ່
e ສະຫຼັບສະແດງຄຸນນະພາບການສ້າງແຜນທີ່ SE/PE
o ເປີດໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃຫມ່

· ໃສ່ຈຳນວນເຕັມແລ້ວກົດ ເພື່ອເຕັ້ນໄປຫາຕໍາແຫນ່ງທີ່ກໍານົດໄວ້.

· ໃສ່ຈຳນວນເຕັມແລ້ວກົດປຸ່ມອື່ນທີ່ບໍ່ແມ່ນ ເພື່ອເລັ່ງການເລື່ອນພາບໂດຍ
ປັດ​ໄຈ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​.

·ຄລິກຊ້າຍແລະລາກໄມ້ກາງແຂນສີເຫຼືອງໃນສີ່ຫຼ່ຽມມົນເພື່ອຍ້າຍຕາມລໍາດັບ. ສິດ
ຄລິກທີ່ອ້າງອີງເພື່ອເນັ້ນໃສ່ຖັນ.

ໃຊ້ maqview ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net