ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ mfa2xmfa ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
addUnalignedIntervals - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
alignmentProjector - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
backbone_global_to_local - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
bbAnalyze - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
createBackboneMFA - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
getAlignmentWindows - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
getOrthologList - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
makeBadgerMatrix - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
mauveToXMFA - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
mfa2xmfa - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
projectAndStrip - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
randomGeneSample - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
scoreAlignment - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
stripGapColumns - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
stripSubsetLCBs - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
toGrimmFormat - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
toMultiFastA - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
toRawSequence - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
uniqueMerCount - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
UniquifyTree - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
xmfa2maf - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
ລາຍລະອຽດ
ເຄື່ອງມືເຫຼົ່ານີ້ເປັນຂອງຊຸດ mauveAligner. ເຂົາເຈົ້າບໍ່ໄດ້ຖືກບັນທຶກໄວ້ຢ່າງຊັດເຈນແຕ່
ກໍາລັງພິມບົດສະຫຼຸບທີ່ຊ້ໍາກັນຢູ່ທີ່ນີ້.
addUnalignedIntervals ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌> <output ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌>
alignmentProjector xmfa> <output xmfa> <mfa seq ວັດສະດຸປ້ອນ> <mfa seq ຜົນຜະລິດ> <list of
seqs to ປະກອບມີ, ເລີ່ມຕົ້ນ at 0>
backbone_global_to_local <xmfa ໄຟລ໌> <backbone ໄຟລ໌> <output ໄຟລ໌>
bb ວິເຄາະ <xmfa ໄຟລ໌> <guide ຕົ້ນໄມ້ > <backbone seqpos ໄຟລ໌> <backbone col ໄຟລ໌> <annotated
seq ດັດຊະນີ> <output ໄຟລ໌>
ດັດຊະນີ seq ຫຍໍ້ມາຈາກ 0.
ສ້າງBackboneMFA ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌> <output MFA ຊື່>
getAlignmentWindows <XMFA ການຈັດຮຽງ > <window ຄວາມຍາວ> <window ປ່ຽນແປງ ຈຳນວນ > <base output
ຊື່ໄຟລ໌>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <backbone seq ໄຟລ໌> <reference genome > <CDS
ortholog ຊື່ໄຟລ໌> <CDS alignment ຖານ ຊື່>
ເຮັດໃຫ້BadgerMatrix ເຮັດໃຫ້BadgerMatrix xmfa> <output ຄົນຊົ່ວຮ້າຍ ໄຟລ໌> <LCB ປະສານງານ ໄຟລ໌>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ ວັດສະດຸປ້ອນ> <XMFA ຜົນຜະລິດ>
mfa2xmfa <MFA alignment ວັດສະດຸປ້ອນ> <XMFA alignment ຜົນຜະລິດ> [ບໍ່ສອດຄ່ອງ FastA ຜົນຜະລິດ]
projectAndStrip xmfa> <output xmfa> ...
ຕົວລະບຸລໍາດັບຕົວເລກເລີ່ມຕົ້ນທີ່ 0.
ຕົວຢ່າງແບບສຸ່ມGene xmfa> <backbone seq ໄຟລ໌> <sample genome > <number of ພັນທຸ ກຳ >
<output ຖານ ຊື່> [ສຸ່ມ ແກ່ນ]
ການຈັດຮຽງຄະແນນ <correct ການຈັດຮຽງ > <calculated ການຈັດຮຽງ > [ພັດທະນາ ລໍາດັບ ໄຟລ໌] [ຄຳຂວັນ]
stripGapColumns XMFA> <output XMFA>
stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <output xmfa> [ນ LCB ຂະຫນາດ] [ນ genomes]
[ສຸ່ມ ຕົວຢ່າງຍ່ອຍ to X kb]
toGrimmFormat <Mauve ການຈັດວາງ > <genome 1 ທ ຄວາມຍາວ>... N ທ ຄວາມຍາວ>
ເປັນ MultiFastA ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌> <output ຖານ ຊື່>
toRawSequence ລໍາດັບ > <output ໄຟລ໌>
ເປັນເອກະລັກ MerCount <Sorted ທະເລ ລາຍການ>
ຕົ້ນໄມ້ເອກະລັກ <nexus ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ໄຟລ໌> <nexus output ໄຟລ໌>
ຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດໃນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຕ້ອງມີຕົວເລກຂອງ taxa ດຽວກັນ ແລະ taxon ດຽວກັນ
ປ້າຍກໍາກັບ
xmfa2maf <xmfa ວັດສະດຸປ້ອນ> <maf ຜົນຜະລິດ>
ໃຊ້ mfa2xmfa ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net