ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ primers ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
primers - ສະບັບງ່າຍດາຍຂອງ primer3 ເພື່ອເລືອກ primers PCR
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ແຜ່ນຮອງ - ລໍາດັບ seqall [- ເຂດເປົ້າຫມາຍ ລະດັບ] [- ຂະຫນາດນ້ອຍ integer] [- ຂະຫນາດສູງສຸດ integer]
[-maxdifftm float] [- ອະທິບາຍ ປຸ້ຍ] [- ຕົວເລກ integer] -outfile outfile
ແຜ່ນຮອງ -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ແຜ່ນຮອງ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Nucleic:Primers" (s).
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqall
ລໍາດັບທີ່ຈະເລືອກເອົາ primers. ລໍາດັບຕ້ອງຖືກນໍາສະເຫນີ 5' -> 3'
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
- ເຂດເປົ້າຫມາຍ ລະດັບ
ຖ້າໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍເປົ້າໝາຍຖືກລະບຸ, ຄູ່ primer ທີ່ຖືກຕ້ອງຕາມກົດໝາຍຕ້ອງຢູ່ຂ້າງຢ່າງໜ້ອຍໜຶ່ງອັນ
ຂອງພວກເຂົາ. ເປົ້າໝາຍອາດຈະເປັນບ່ອນຊ້ຳໆຕາມລຳດັບທີ່ງ່າຍດາຍ (ເຊັ່ນ: CA repeat) ຫຼື
polymorphism ຄູ່ຖານດຽວ. ມູນຄ່າຄວນຈະເປັນລາຍການທີ່ແຍກອອກຈາກພື້ນທີ່
, ຄູ່ຢູ່ໃສ ແມ່ນດັດຊະນີຂອງພື້ນຖານທໍາອິດຂອງເປົ້າຫມາຍ, ແລະ
ແມ່ນສຸດທ້າຍເຊັ່ນ: 50,51 ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ primers ອ້ອມຮອບ 2 ຖານທີ່ຕໍາແຫນ່ງ 50.
ແລະ 51.
- ຂະຫນາດນ້ອຍ integer
ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ຂອງ primer. ຕ້ອງໃຫຍ່ກວ່າ 0 ແລະໜ້ອຍກວ່າ ຫຼືເທົ່າກັບ
ເຖິງ MAX-SIZE. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 18
- ຂະຫນາດສູງສຸດ integer
ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (ເປັນຖານ) ຂອງ primer. ໃນປັດຈຸບັນຕົວກໍານົດການນີ້ບໍ່ສາມາດເປັນ
ຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າ 35. ຂອບເຂດຈໍາກັດນີ້ຖືກຄວບຄຸມໂດຍຂະຫນາດ oligo ສູງສຸດສໍາລັບ Primer3's
melting-temperature ແມ່ນຖືກຕ້ອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 27
-maxdifftm float
ສູງສຸດທີ່ຍອມຮັບໄດ້ (ບໍ່ໄດ້ເຊັນ) ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງອຸນຫະພູມ melting ຂອງ
primers ຕໍ່ແລະປີ້ນກັບກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100.0
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
- ອະທິບາຍ ປຸ້ຍ
ຖ້າທຸງນີ້ບໍ່ແມ່ນ 0, ຜະລິດ LEFT-EXPLAIN ແລະ RIGHT-EXPLAIN, ຜົນຜະລິດ, ເຊິ່ງແມ່ນ.
ມີຈຸດປະສົງເພື່ອສະຫນອງຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບຈໍານວນຂອງຄູ່ primer ທີ່ Primer3 ກວດສອບ,
ແລະສະຖິຕິກ່ຽວກັບຕົວເລກທີ່ຖືກຍົກເລີກດ້ວຍເຫດຜົນຕ່າງໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ຕົວເລກ integer
ຈຳນວນສູງສຸດຂອງຄູ່ primer ທີ່ຈະກັບຄືນມາ. ຄູ່ primer ກັບຄືນແມ່ນຈັດຮຽງຕາມ
'ຄຸນນະພາບ' ຂອງພວກເຂົາ, ໃນຄໍາສັບຕ່າງໆອື່ນໆໂດຍມູນຄ່າຂອງຫນ້າທີ່ຈຸດປະສົງ (ບ່ອນທີ່ຕ່ໍາກວ່າ
ຕົວເລກຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງຄູ່ primer ທີ່ດີກວ່າ). ຂໍ້ຄວນລະວັງ: ຕັ້ງຄ່າພາລາມິເຕີນີ້ໃຫ້ເປັນຂະໜາດໃຫຍ່
ຄ່າຈະເພີ່ມເວລາແລ່ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5
-outfile outfile
ໃຊ້ primers ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
