ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ run_gubbins ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
run_gubbins - ການວິເຄາະ phylogenetic ຂອງລໍາດັບ genome
ສະຫຼຸບສັງລວມ
run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations ITERATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
THREADS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] alignment_filename
ລາຍລະອຽດ
Gubbins ສະຫນັບສະຫນູນການວິເຄາະ phylogenetic ຢ່າງໄວວາຂອງຕົວຢ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ recombinant
ລໍາດັບ genome ທັງຫມົດ.
Gubbins (genealogies unbiased ໂດຍ recomBinations ໃນ Nucleotide Sequences) ເປັນ algorithm
ທີ່ກໍານົດຄືນໃຫມ່ຂອງ loci ທີ່ມີຄວາມຫນາແຫນ້ນສູງຂອງການທົດແທນພື້ນຖານໃນຂະນະທີ່
concurrently ການກໍ່ສ້າງ phylogeny ອີງໃສ່ການປ່ຽນແປງຈຸດ putative ນອກຂອງ
ພາກພື້ນເຫຼົ່ານີ້. ການຈໍາລອງສະແດງໃຫ້ເຫັນ algorithm ສ້າງຄວາມຖືກຕ້ອງສູງ
reconstructions ພາຍໃຕ້ຕົວແບບທີ່ແທ້ຈິງຂອງ evolution ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໄລຍະສັ້ນ, ແລະສາມາດດໍາເນີນການໄດ້
ໃນເວລາພຽງແຕ່ສອງສາມຊົ່ວໂມງໃນການຈັດລໍາດັບຂອງຫຼາຍຮ້ອຍ genome ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ.
OPTIONS
ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
alignment_filename
ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງແບບ Multifasta
ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
--ກຸ່ມ ກຸ່ມນອກ, -o ນອກກຸ່ມ
ຊື່ກຸ່ມນອກສຳລັບການປົ່ງຮາກອອກຕາມ. ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຊື່ທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດສາມາດໃຊ້ຖ້າພວກມັນ
ປະກອບເປັນ clade
--starting_tree STARTING_Tree, -s STARTING_TREE
ຕົ້ນໄມ້
--use_time_stamp, -u
ໃຊ້ສະແຕມເວລາໃນຊື່ໄຟລ໌
-- verbose, -v
ເປີດການດີບັກ
--no_cleanup, -n
ຢ່າເຮັດຄວາມສະອາດໄຟລ໌ປານກາງ
--tree_builder TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ [raxml|fasttree|hybrid], ເລີ່ມຕົ້ນ RAxML
-- ຊ້ຳ ລາຍການ, -i ລາຍການ
ຈຳນວນສູງສຸດຂອງການເຮັດຊ້ຳ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 5
--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
ຕ່ຳສຸດ SNPs ເພື່ອລະບຸຕົວບລັອກການປະສົມຄືນໃໝ່, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 3
--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
ການກັ່ນຕອງອອກ taxa ທີ່ມີຫຼາຍກ່ວາອັດຕາສ່ວນຂອງຊ່ອງຫວ່າງນີ້, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 25
-- ຄໍານໍາຫນ້າ PREFIX, -p PREFIX
ເພີ່ມຄໍານໍາຫນ້າໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບສຸດທ້າຍ
-- ກະທູ້ ກະທູ້, -c ປ່າໄມ້
ຈຳນວນຂອງກະທູ້ທີ່ຈະແລ່ນດ້ວຍ RAXML, ແຕ່ຖ້າມີລຸ້ນ PTHREADS ເທົ່ານັ້ນ
--converge_method CONVERGE_METHOD, -z CONVERGE_METHOD
ເງື່ອນໄຂທີ່ຈະນໍາໃຊ້ເພື່ອໃຫ້ຮູ້ວ່າໃນເວລາທີ່ຈະຢຸດເຊົາການເຮັດໃຫ້ມັນເປັນ [ຊັ່ງ
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|ການລວມເຂົ້າກັນໃໝ່]
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຕົວເລກສະບັບຂອງໂຄງການແລະອອກ
--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
ຂະໜາດໜ້າຕ່າງຕໍ່າສຸດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 100
--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
ຂະໜາດໜ້າຕ່າງສູງສຸດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10000
ໃຊ້ run_gubbins ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
