ນີ້ແມ່ນ sfetch ຄໍາສັ່ງທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
sfetch - ໄດ້ຮັບລໍາດັບຈາກຖານຂໍ້ມູນ flatfile.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ດຶງຂໍ້ມູນ [ທາງເລືອກ] seqname
ລາຍລະອຽດ
ດຶງຂໍ້ມູນ ດຶງເອົາລໍາດັບທີ່ມີຊື່ seqname ຈາກຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ.
ຖານຂໍ້ມູນໃດຖືກນໍາໃຊ້ຖືກຄວບຄຸມໂດຍ -d ແລະ -D ທາງເລືອກ, ຫຼື "ຖານຂໍ້ມູນນ້ອຍ" ແລະ
"ຖານຂໍ້ມູນໃຫຍ່". ສະຖານທີ່ໄດເລກະທໍລີຂອງ "ຖານຂໍ້ມູນໃຫຍ່" ສາມາດຖືກກໍານົດໂດຍ
ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ, ເຊັ່ນ $SWDIR ສໍາລັບ Swissprot, ແລະ $GBDIR ສໍາລັບ Genbank (ເບິ່ງ -D ສໍາລັບການ
ບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ). ຕ້ອງລະບຸເສັ້ນທາງໄຟລ໌ທີ່ສົມບູນສໍາລັບ "ຖານຂໍ້ມູນນ້ອຍ". ໂດຍ
ເລີ່ມຕົ້ນ, ຖ້າບໍ່ມີທາງເລືອກໃດຖືກລະບຸແລະຊື່ຄ້າຍຄືຕົວລະບຸ Swissprot
(ເຊັ່ນ: ມັນມີຕົວອັກສອນ _), ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ $SWDIR ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອພະຍາຍາມ
ດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບ seqname ຈາກ Swissprot.
ມີຫຼາຍທາງເລືອກອື່ນທີ່ມີຢູ່ເຊິ່ງອະນຸຍາດໃຫ້ດຶງຂໍ້ມູນຕາມມາ (-f,-t);
ດຶງຂໍ້ມູນໂດຍໝາຍເລກເຂົ້າໃຊ້ແທນຊື່ (-a); ການຈັດຮູບແບບລໍາດັບທີ່ສະກັດອອກມາ
ເຂົ້າໄປໃນຫຼາຍໆຮູບແບບອື່ນໆ (-F); ແລະອື່ນໆ
ຖ້າຖານຂໍ້ມູນໄດ້ຖືກດັດສະນີ SSI, ການດຶງຂໍ້ມູນຕາມລໍາດັບຈະມີປະສິດທິພາບທີ່ສຸດ;
ອີກຢ່າງ ໜຶ່ງ, ການດຶງຂໍ້ມູນອາດຈະຊ້າຫຼາຍ (ຖານຂໍ້ມູນທັງ ໝົດ ອາດຈະຕ້ອງຖືກອ່ານເຂົ້າໃນຄວາມຊົງ ຈຳ
ຊອກຫາ seqname). ການສ້າງດັດສະນີ SSI ແມ່ນແນະນໍາສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼືຖາວອນທັງຫມົດ. ໄດ້
ໂຄງການ ດັດຊະນີ ສ້າງດັດສະນີ SSI ສໍາລັບໄຟລ໌ລໍາດັບໃດໆ.
ດຶງຂໍ້ມູນ ມີຊື່ເດີມ getseq, ແລະໄດ້ຖືກປ່ຽນຊື່ເນື່ອງຈາກວ່າມັນໄດ້ປະທະກັນກັບໂຄງການ GCG
ຊື່ດຽວກັນ.
OPTIONS
-a ນາຍແປພາສາ seqname ເປັນໝາຍເລກເຂົ້າ, ບໍ່ແມ່ນຕົວລະບຸ.
-d
ດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ມີຊື່ . ຖ້າດັດຊະນີ GSI
.gsi ມີຢູ່, ມັນຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເລັ່ງການດຶງຂໍ້ມູນ.
-f
ສະກັດຂໍ້ມູນຕາມລໍາດັບເລີ່ມຕົ້ນຈາກຕໍາແຫນ່ງ , ແທນທີ່ຈະຈາກ 1. ເບິ່ງ -t.
If ແມ່ນຫຼາຍກ່ວາ (ຕາມທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍ -t ທາງເລືອກ), ຫຼັງຈາກນັ້ນລໍາດັບ
ໄດ້ຖືກສະກັດອອກມາເປັນສ່ວນປະກອບທີ່ກົງກັນຂ້າມຂອງມັນ (ມັນສົມມຸດວ່າເປັນລໍາດັບອາຊິດນິວຄລີອິກ).
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອໂດຍຫຍໍ້; ປະກອບມີຈໍານວນສະບັບແລະສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກທັງຫມົດ, ລວມທັງ
ທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານ.
-o
ຊີ້ນໍາຜົນຜະລິດກັບໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຜົນຜະລິດຈະໄປ
stdout.
-r
ປ່ຽນຊື່ລໍາດັບ ໃນຜົນຜະລິດຫຼັງຈາກການສະກັດເອົາ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໄດ້
ຕົວລະບຸລໍາດັບຕົ້ນສະບັບຈະຖືກຮັກສາໄວ້. ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ສໍາລັບການຍົກຕົວຢ່າງ, ຖ້າການດຶງຂໍ້ມູນ
fragment ລໍາດັບ; ພິກັດຂອງຊິ້ນສ່ວນອາດຈະຖືກເພີ່ມໃສ່ຊື່
(ນີ້ແມ່ນສິ່ງທີ່ Pfam ເຮັດ).
-t
ສະກັດເອົາອັນຕໍ່ມາທີ່ສິ້ນສຸດຢູ່ທີ່ຕໍາແຫນ່ງ , ແທນທີ່ຈະຢູ່ໃນຕອນທ້າຍຂອງ
ລຳດັບ. ເບິ່ງ -F. If ແມ່ນຫນ້ອຍກ່ວາ (ຕາມທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍ -f ທາງເລືອກ)
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ລໍາດັບແມ່ນໄດ້ຮັບການສະກັດເປັນການຕອບສະຫນອງຢ່າງສິ້ນເຊີງຂອງຕົນ (ມັນແມ່ນຄາດວ່າຈະເປັນ
ລໍາດັບອາຊິດ nucleic)
-D
ດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບຈາກຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບຕົ້ນຕໍທີ່ຖືກລະຫັດ . ສໍາລັບການ ແຕ່ລະຄົນ
ລະຫັດ, ມີ is an ສະພາບແວດລ້ອມ ຕົວແປທີ່ລະບຸເສັ້ນທາງໄດເລກະທໍລີໄປຫານັ້ນ
ຖານຂໍ້ມູນ. ລະຫັດທີ່ຖືກຮັບຮູ້ແລະຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມທີ່ສອດຄ້ອງກັນຂອງພວກເຂົາແມ່ນ - ດສ
(Swissprot, $SWDIR); - ດີພີ (PIR, $PIRDIR); - ທ (EMBL, $EMBLDIR); -Dgb (Genbank,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); ແລະ -Dowl (OWL, $OWLDIR). ແຕ່ລະຖານຂໍ້ມູນຖືກອ່ານ
ໃນຮູບແບບ flatfile ເດີມຂອງມັນ.
-F
ປະຕິຮູບລຳດັບທີ່ສະກັດອອກມາເປັນຮູບແບບອື່ນ. (ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບ
ຖືກສະກັດຈາກຖານຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບດຽວກັນກັບຖານຂໍ້ມູນ.) ມີ
ຮູບແບບແມ່ນ ສັນຍາລັກ, ໄວ, genbank, gcg, ຜູ້ຂັບຂີ່, ຊູເກີ, ig, pir, ປາມຶກ, ແລະ ດິບ.
EXPERT OPTIONS
-- ຂໍ້ມູນ
ລະບຸວ່າໄຟລ໌ລໍາດັບແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ , ແທນທີ່ຈະເປັນ FASTA ເລີ່ມຕົ້ນ
ຮູບແບບ. ຕົວຢ່າງທົ່ວໄປລວມມີ Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
ຫຼື PHYlip; ເບິ່ງເອກະສານທີ່ພິມອອກສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນຂອງຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບ
ຊື່. ທາງເລືອກນີ້ overrides ຮູບແບບເລີ່ມຕົ້ນ (FASTA) ແລະ -B Babelfish
ທາງເລືອກການກວດສອບອັດຕະໂນມັດ.
ໃຊ້ sfetch ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
