ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ TransDecoder.Predict ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ຕົວຖອດລະຫັດ - ການຄາດເດົາໂປຣຕີນຈາກການຖອດລະຫັດ
ການນໍາໃຊ້
ຕ້ອງການ:
-t transcripts.fasta
ຕົວເລືອກທົ່ວໄປ:
--retain_long_orfs ຮັກສາ ORFs ທັງໝົດທີ່ພົບເຫັນວ່າມີຄວາມເທົ່າກັນ ຫຼືຍາວກວ່າ nucleotides ຈໍານວນຫຼາຍເຫຼົ່ານີ້ ເຖິງແມ່ນວ່າບໍ່ມີຫຼັກຖານອື່ນໆ
ໝາຍມັນເປັນລະຫັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm ເພື່ອຊອກຫາ
ການນໍາໃຊ້ hmmscan (ທີ່ຄວນຈະສາມາດເຂົ້າເຖິງໂດຍຜ່ານການຕັ້ງຄ່າ PATH ຂອງທ່ານ)
--retain_blastp_hits
ຕົວເລືອກຂັ້ນສູງ
-- ລົດໄຟ ໄຟລ໌ FASTA ກັບ ORFs ເພື່ອຝຶກອົບຮົມ Markov Mod ສໍາລັບການກໍານົດທາດໂປຼຕີນ; ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ
ORFs ທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນທີ່ໃຊ້ດົນທີ່ສຸດ
-ທ ຖ້າບໍ່ມີ --train, ເທິງສຸດ ORFs ທີ່ຍາວທີ່ສຸດເພື່ອຝຶກອົບຮົມ Markov Model (ສະຖິຕິ hexamer) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICT(1)
ໃຊ້ TransDecoder.Predict ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
