GoGPT Best VPN GoSearch

OnWorks favicon

TransDecoder.Predict - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ແລ່ນ TransDecoder.Predict ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີຜ່ານ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator

ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ TransDecoder.Predict ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator

ໂຄງການ:

NAME


ຕົວຖອດລະຫັດ - ການຄາດເດົາໂປຣຕີນຈາກການຖອດລະຫັດ

ການນໍາໃຊ້


ຕ້ອງການ:

-t transcripts.fasta

ຕົວເລືອກທົ່ວໄປ:

--retain_long_orfs ຮັກສາ ORFs ທັງໝົດທີ່ພົບເຫັນວ່າມີຄວາມເທົ່າກັນ ຫຼືຍາວກວ່າ nucleotides ຈໍານວນຫຼາຍເຫຼົ່ານີ້ ເຖິງແມ່ນວ່າບໍ່ມີຫຼັກຖານອື່ນໆ
ໝາຍມັນເປັນລະຫັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 900 bp => 300aa)

--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm ເພື່ອຊອກຫາ
ການ​ນໍາ​ໃຊ້ hmmscan (ທີ່​ຄວນ​ຈະ​ສາ​ມາດ​ເຂົ້າ​ເຖິງ​ໂດຍ​ຜ່ານ​ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ PATH ຂອງ​ທ່ານ​)

--retain_blastp_hits

ຕົວເລືອກຂັ້ນສູງ

-- ລົດໄຟ ໄຟລ໌ FASTA ກັບ ORFs ເພື່ອຝຶກອົບຮົມ Markov Mod ສໍາລັບການກໍານົດທາດໂປຼຕີນ; ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ
ORFs ທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນທີ່ໃຊ້ດົນທີ່ສຸດ

-ທ ຖ້າບໍ່ມີ --train, ເທິງສຸດ ORFs ທີ່ຍາວທີ່ສຸດເພື່ອຝຶກອົບຮົມ Markov Model (ສະຖິຕິ hexamer) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 500)

2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICT(1​)

ໃຊ້ TransDecoder.Predict ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net


ເຊີບເວີ ແລະສະຖານີເຮັດວຽກຟຣີ

ດາວໂຫຼດແອັບ Windows ແລະ Linux

Linux ຄຳ ສັ່ງ

Ad




×
ການ​ໂຄ​ສະ​ນາ
?ຊື້ເຄື່ອງ, ຈອງ, ຫຼືຊື້ທີ່ນີ້ — ບໍ່ມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ, ຊ່ວຍໃຫ້ການບໍລິການຟຣີ.