ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ vcf_filter ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
vcf_filter - ກັ່ນຕອງໄຟລ໌ VCF
ສະຫຼຸບສັງລວມ
vcf_filter [-h] [--no-short-circuit] [--no-filtered] [--output OUTPUT] [--local-script
LOCAL_SCRIPT] ການກັ່ນຕອງການປ້ອນ [filter_args] [filter [filter_args]] ...
ລາຍລະອຽດ
script ນີ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ PyVCF.
OPTIONS
ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
ປ້ອນໄຟລ໌ເພື່ອປະມວນຜົນ (ໃຊ້ - ສໍາລັບ STDIN) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີ)
ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ)
--ບໍ່ມີວົງຈອນສັ້ນ
ຢ່າຢຸດການປະມວນຜົນການກັ່ນຕອງຢູ່ໃນເວັບໄຊ ຖ້າຕົວກອງໃດຖືກກະຕຸ້ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ)
-- ຜົນຜະລິດ OUTPUT
ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ຈະສົ່ງອອກ [STDOUT] (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: <_io.TextIOWrapper name=' 'ໂໝດ='w'
encoding='ANSI_X3.4-1968'>)
-- ບໍ່ມີການກັ່ນຕອງ
ສົ່ງອອກສະເພາະເວັບໄຊທ໌ທີ່ຜ່ານຕົວກອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ຖືກຕ້ອງ)
--local-script LOCAL_SCRIPT
ໄຟລ໌ Python ໃນໄດເລກະທໍລີທີ່ເຮັດວຽກໃນປະຈຸບັນກັບຊັ້ນການກັ່ນຕອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີ)
mgq:
ການກັ່ນຕອງເວັບໄຊທີ່ມີພຽງແຕ່ຕົວແປທີ່ມີຄຸນນະພາບຕ່ໍາ. ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະມີສະຖານທີ່ສູງ
ຄຸນນະພາບທີ່ມີຄຸນນະພາບຕ່ໍາຫຼາຍໂທ. ການກັ່ນຕອງນີ້ຕ້ອງການຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງການໂທຢູ່ຂ້າງເທິງ
ລະດັບຄຸນນະພາບ.
--genotype-ຄຸນະພາບ GENOTYPE_QUALITY
ການກັ່ນຕອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ມີ genotypes ຂ້າງເທິງຄຸນນະພາບນີ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50)
snp ເທົ່ານັ້ນ:
ເລືອກສະເພາະຕົວແປ SNP
dps:
ລະດັບຄວາມເລິກອ່ານຕໍ່ຕົວຢ່າງ
-- ຄວາມເລິກຕໍ່ຕົວຢ່າງ DEPTH_PER_SAMPLE
ການຄຸ້ມຄອງທີ່ຕ້ອງການຂັ້ນຕ່ໍາໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5)
avg-dps:
ຄວາມເລິກອ່ານສະເລ່ຍຕໍ່ຕົວຢ່າງ (read_depth / sample_count)
--avg-depth-per-sample AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
ການປົກຫຸ້ມຂອງສະເລ່ຍທີ່ຕ້ອງການຂັ້ນຕ່ໍາຕໍ່ຕົວຢ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3)
ອີເມວ:
ການກັ່ນຕອງເວັບໄຊທີ່ຄ້າຍຄືຄວາມຜິດພາດການລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ການຈັດລໍາດັບບາງຢ່າງ
ເຕັກໂນໂລຊີ, ໂດຍສະເພາະແມ່ນ pyrosequencing, ຜະລິດຈຸດການກາຍພັນບ່ອນທີ່ມີ
ລະດັບຄວາມຄົງທີ່ຂອງສິ່ງລົບກວນ, ການຜະລິດການອ້າງອິງແລະບາງການໂທ heterozygote. ນີ້
filter computes a Bayes Factor ສໍາລັບແຕ່ລະເວັບໄຊໂດຍການປຽບທຽບຄວາມເປັນໄປໄດ້ binomial
ຄວາມເລິກຂອງ allelic ສັງເກດເຫັນພາຍໃຕ້: * ຮູບແບບທີ່ມີຄວາມຜິດພາດຄົງທີ່ເທົ່າກັບ
MAF. * ຮູບແບບທີ່ແຕ່ລະຕົວຢ່າງແມ່ນ ploidy ລາຍງານໂດຍຜູ້ໂທ. ການທົດສອບ
ຄ່າແມ່ນບັນທຶກຂອງປັດໄຈ bayes. ມູນຄ່າທີ່ສູງຂຶ້ນມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະເປັນຄວາມຜິດພາດ.
ຫມາຍເຫດ: ການກັ່ນຕອງນີ້ຕ້ອງການ rpy2
--ebr EBLR
ກັ່ນຕອງເວັບໄຊຂ້າງເທິງນີ້ອັດຕາສ່ວນບໍ່ລົງຮອຍຂອງບັນທຶກຄວາມຜິດພາດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -10)
sq:
ກັ່ນຕອງສະຖານທີ່ທີ່ມີຄຸນນະພາບຕໍ່າ
--site-quality SITE_QUALITY
ການກັ່ນຕອງເວັບໄຊທ໌ຕ່ໍາກວ່ານີ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 30)
ໃຊ້ vcf_filter ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
