velvetg - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

velvetg - de Bruijn ກຣາຟການກໍ່ສ້າງ, ການກໍາຈັດຄວາມຜິດພາດແລະການເຮັດຊ້ໍາການແກ້ໄຂ

ລາຍລະອຽດ

ການນໍາໃຊ້: ./velvetg directory [ຕົວເລືອກ]

ລະບົບ
: ຊື່ໄດເລກະທໍລີທີ່ເຮັດວຽກ

ມາດຕະຖານ ຕົວເລືອກ:
-cov_cutoff
: ການໂຍກຍ້າຍຂອງ nodes ການຄຸ້ມຄອງຕ່ໍາຫຼັງຈາກລົດທົວຫຼືອະນຸຍາດໃຫ້ລະບົບ infer ມັນ

(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີການໂຍກຍ້າຍ)

-ins_length
: ໄລ​ຍະ​ຫ່າງ​ທີ່​ຄາດ​ວ່າ​ຈະ​ລະ​ຫວ່າງ​ສອງ​ການ​ອ່ານ​ສິ້ນ​ສຸດ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​: ບໍ່​ມີ​ການ​ອ່ານ​ຄູ່​)

-read_trkg
: ການ​ຕິດ​ຕາມ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ອ່ານ​ສັ້ນ​ໃນ​ການ​ປະ​ກອບ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​: ບໍ່​ມີ​ການ​ຕິດ​ຕາມ​)

-min_contig_lgth
: ຄວາມຍາວ contig ຕໍາ່ສຸດທີ່ສົ່ງອອກເປັນໄຟລ໌ contigs.fa (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: hash length * 2)

-amos_file
: ສົ່ງອອກການປະກອບເປັນໄຟລ໌ AMOS (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີການສົ່ງອອກ)

-exp_cov
: ຄາດວ່າຈະກວມເອົາພາກພື້ນທີ່ເປັນເອກະລັກຫຼືອະນຸຍາດໃຫ້ລະບົບການ infer ມັນ

(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີຄວາມລະອຽດການອ່ານແບບຍາວ ຫຼືຄູ່ທ້າຍ)

-long_cov_cutoff : ການໂຍກຍ້າຍຂອງ nodes ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງການອ່ານຍາວຕ່ໍາຫຼັງຈາກການທ່ອງທ່ຽວ
ລົດເມ

(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີການໂຍກຍ້າຍ)

ແບບ​ພິ​ເສດ ຕົວເລືອກ:
-ins_length*
: ໄລຍະຫ່າງທີ່ຄາດໄວ້ລະຫວ່າງສອງຄູ່ທີ່ອ່ານຢູ່ປາຍສຸດຕາມລໍາດັບ
ຊຸດຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີການອ່ານຄູ່)

-ins_length_long
: ໄລ​ຍະ​ຫ່າງ​ທີ່​ຄາດ​ວ່າ​ຈະ​ລະ​ຫວ່າງ​ສອງ​ການ​ອ່ານ​ຄູ່​ທ້າຍ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​: ບໍ່​ມີ​ການ​ອ່ານ​ຄູ່​)

-ins_length*_sd
: est. ມາດຕະຖານ deviation ຂອງຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10% ຂອງທີ່ສອດຄ້ອງກັນ
ຄວາມຍາວ)

[ແທນທີ່ '*' ໂດຍບໍ່ມີຫຍັງ, '2' ຫຼື '_long' ຕາມຄວາມຈໍາເປັນ]

- scaffolding
: scaffolding of contigs ໃຊ້ຂໍ້ມູນສິ້ນສຸດທີ່ຈັບຄູ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ)

-max_branch_length
: ຄວາມຍາວສູງສຸດໃນຄູ່ພື້ນຖານຂອງ bubble (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100)

-max_divergence : ອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງສູງສຸດລະຫວ່າງສອງສາຂາໃນຟອງ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.2)

-max_gap_count
: ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຢູ່​ໃນ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ຂອງ​ສອງ​ກິ່ງ​ງ່າ​ຂອງ​ຟອງ​ໄດ້​
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3)

-min_pair_count
: ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ການ​ເຊື່ອມ​ຕໍ່​ທ້າຍ​ທີ່​ເປັນ​ຄູ່​ເພື່ອ justify scaffolding ຂອງ​ສອງ​ຍາວ​
contigs (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5)

- ສູງສຸດ_ການຄອບຄຸມ
: ການກໍາຈັດ nodes ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງສູງຫຼັງຈາກລົດທົວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ມີການໂຍກຍ້າຍ)

- coverage_mask
: ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ໍາທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບພາກພື້ນທີ່ຫມັ້ນໃຈຂອງ contigs (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1)

-long_mult_cutoff
: ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ການ​ອ່ານ​ຍາວ​ທີ່​ຈໍາ​ເປັນ​ເພື່ອ​ລວມ contigs (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​: 2​)

-unused_reads
: ສົ່ງອອກການອ່ານທີ່ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ໃນໄຟລ໌ UnusedReads.fa (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​
: ສົ່ງອອກສະຫຼຸບຂອງການຈັດລໍາດັບ contig ໄປຫາລໍາດັບອ້າງອີງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ການ​ສົ່ງ​ອອກ​ການ​ກັ່ນ​ຕອງ​
: ສົ່ງອອກ nodes ຍາວທີ່ຖືກລົບລ້າງໂດຍການກັ່ນຕອງການຄຸ້ມຄອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ສະອາດ
: ເອົາໄຟລ໌ຕົວກາງທັງຫມົດທີ່ບໍ່ມີປະໂຫຍດສໍາລັບການຄິດໄລ່ຄືນໃຫມ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ :
ບໍ່)

-ສະອາດຫຼາຍ
: ເອົາໄຟລ໌ຕົວກາງທັງໝົດອອກ (ບໍ່ສາມາດຄິດໄລ່ຄືນໄດ້) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-paired_exp_fraction
: ເອົາ​ການ​ເຊື່ອມ​ຕໍ່​ສິ້ນ​ຄູ່​ທັງ​ຫມົດ​ທີ່​ຫນ້ອຍ​ກ​່​ວາ​ສ່ວນ​ຫນຶ່ງ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ໄວ້​ຂອງ​
ຈຳນວນທີ່ຄາດໄວ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.1)

-shortMatePaired*
: ສໍາລັບຫ້ອງສະຫມຸດຄູ່ຄູ່, ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າຫ້ອງສະຫມຸດອາດຈະປົນເປື້ອນ
ການອ່ານຄູ່ທ້າຍ (ບໍ່ມີຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

- ອະນຸລັກ
: ຮັກສາລໍາດັບທີ່ມີການອ່ານຍາວຢູ່ໃນພວກມັນ (ບໍ່ມີຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

ຜົນໄດ້ຮັບ:
directory/contigs.fa
: ໄຟລ໌ fasta ຂອງ contigs ຍາວກວ່າຄວາມຍາວ hash ສອງເທົ່າ

directory/stats.txt
: stats file (tab-spaced) ທີ່ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການກໍານົດການຕັດການຄຸ້ມຄອງທີ່ເຫມາະສົມ

directory/LastGraph
: ໄຟລ໌ທີ່ມີຮູບແບບພິເສດທີ່ມີຂໍ້ມູນທັງໝົດໃນກາຟສຸດທ້າຍ

directory/velvet_asm.afg
: (ຖ້າຮ້ອງຂໍ) ໄຟລ໌ປະກອບທີ່ເຂົ້າກັນໄດ້ AMOS

ໃຊ້ velvetg ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net