ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ CUDAlign ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ CUDAlign ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
CUDALign ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌
Ad
ລາຍລະອຽດ
CUDAlign ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ສາມາດຈັດລໍາດັບ DNA ຄູ່ຂອງຂະຫນາດທີ່ບໍ່ຈໍາກັດໃນ CUDA GPUs, ໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ Smith-Waterman ລວມກັບ Myers-Miller. ມັນຜະລິດການຈັດລໍາດັບທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງ 1 ລ້ານລໍາດັບພື້ນຖານໃນ 45 ວິນາທີໂດຍໃຊ້ GTX 560 Ti. ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຫຼາຍແມ່ນໄດ້ຖືກພັດທະນາສໍາລັບຊອບແວນີ້. ເບິ່ງເອກະສານຕໍ່ໄປນີ້ສໍາລັບລາຍລະອຽດ:[1] Edans Sandes, Alba Melo. ດຶງຂໍ້ມູນການຈັດຮຽງ Smith-Waterman ດ້ວຍການເພີ່ມປະສິດທິພາບສໍາລັບລໍາດັບທາງຊີວະພາບ Megabase ໂດຍໃຊ້ GPU. ການເຮັດທຸລະກໍາ IEEE ກ່ຽວກັບລະບົບຂະຫນານແລະແຈກຢາຍ, vol. 99, PrePrints, 2012
[2] Edans Sandes, Alba Melo. Smith-Waterman ຈັດລຽງລຳດັບອັນໃຫຍ່ຫຼວງດ້ວຍ GPU ໃນອະວະກາດ Linear. IPPS 2011: 1199-1211
[3] Edans Sandes, Alba Melo. CUDALign: ການນໍາໃຊ້ GPU ເພື່ອເລັ່ງການປຽບທຽບຂອງ megabase genomic ລໍາດັບ. PPOPP 2010: 137-146
ລະຫັດແຫຼ່ງຫຼ້າສຸດສາມາດພົບໄດ້ໃນ Github. ເບິ່ງໂຄງການ MASA ທີ່ https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Java Swing, ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
C ++
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/cudalign/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
