ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ ISVASE ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ ISVASE1.1.tar.gz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີສໍາລັບບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ ISVASE ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
ISVASE
ລາຍລະອຽດ
ເພື່ອສ້າງ mRNAs ແກ່ທີ່ຖືກຕ້ອງ, exons ຕ້ອງໄດ້ຮັບການກໍານົດແລະເຂົ້າຮ່ວມກັນຢ່າງແນ່ນອນແລະປະສິດທິພາບໂດຍກົນໄກການ splicing RNA. ມັນເປັນທີ່ສັງເກດວ່າປະມານຫນຶ່ງສ່ວນສາມຫຼືເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງການກາຍພັນທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດພະຍາດທັງຫມົດມີຜົນກະທົບ RNA splicing. ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມີເຄື່ອງມືທາງດ້ານຊີວະວິທະຍາພຽງເລັກນ້ອຍເພື່ອກໍານົດຕົວແປລໍາດັບໂດຍກົງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເຫດການ splicing (SVASE) ໂດຍອີງໃສ່ຂໍ້ມູນ RNA-seq. ພວກເຮົາໄດ້ພັດທະນາ ISVASE, ເຄື່ອງມືທີ່ງ່າຍດາຍແລະສະດວກສໍາລັບການກໍານົດ SVASE ໂດຍກົງໂດຍໃຊ້ຂໍ້ມູນ RNA-seq. ເມື່ອປຽບທຽບກັບຊອບແວທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ PVAAS, ວິທີການຂອງພວກເຮົາມີຂໍ້ດີຫຼາຍຢ່າງເຊັ່ນ: ຕົວກອງທີ່ຂຶ້ນກັບກົດລະບຽບທີ່ເຂັ້ມງວດແລະການກັ່ນຕອງສະຖິຕິໃນແຕ່ລະຂັ້ນຕອນ, ຕົວແປລໍາດັບການຊອກຄົ້ນຫາສໍາລັບເຫດການ splicing ທີ່ຮູ້ຈັກ, ຕົວແປລໍາດັບການກໍານົດໃນສອງສ່ວນຂອງ splicing (junction) ແຍກຕ່າງຫາກ, ການປ່ຽນແປງທາງແຍກການຊອກຄົ້ນຫາ ເຫດການຖ້າໃຫ້ຄໍາບັນຍາຍ splicing ທີ່ຮູ້ຈັກ, ການປະເມີນສັນຍານ splicing, ການປຽບທຽບກັບການປ່ຽນແປງຂອງ DNA ທີ່ຮູ້ຈັກແລະ / ຫຼືຂໍ້ມູນການແກ້ໄຂ RNA, ແລະໃຊ້ເວລາສັ້ນ.
ຄຸນລັກສະນະ
- ມັນເປັນເຄື່ອງມືທໍາອິດທີ່ຈະກໍານົດຕົວແປລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເຫດການ splicing ສໍາລັບທັງສອງຕົວແປ splicing ໃຫມ່ແລະຕົວແປ splicing ທີ່ຮູ້ຈັກ.
- ISVASE ກໍານົດຕົວແປລໍາດັບສໍາລັບແຕ່ລະຕົວແປຂອງ splicing ທໍາອິດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນກໍານົດຕົວແປລໍາດັບສໍາລັບຕົວແປ splicing ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງທັງຫມົດ (ຈຸດເລີ່ມຕົ້ນດຽວກັນຫຼືສິ້ນສຸດ) ສໍາລັບການວິເຄາະການປຽບທຽບແລະການທົດສອບສະຖິຕິ.
- ISVASE ກໍານົດແລະຕັດສິນຕົວແປລໍາດັບສໍາລັບທັງສອງສ່ວນຂອງຈຸດແຍກແຍກຕ່າງຫາກ, ເຊິ່ງສາມາດຈໍາແນກຜົນກະທົບຂອງຕົວແປລໍາດັບສໍາລັບສ່ວນທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງຈຸດເຊື່ອມຕໍ່.
- ISVASE ນຳໃຊ້ຕົວກອງທີ່ຂຶ້ນກັບກົດເກນທີ່ເຂັ້ມງວດຫຼາຍອັນ ແລະຕົວກອງສະຖິຕິໃນຂັ້ນຕອນຕ່າງໆ.
- ISVASE ພິຈາລະນາເຫດການປ່ຽນຈຸດເຊື່ອມຕໍ່ ແລະສັນຍານຈຸດເຊື່ອມຕໍ່ (5' ss ແລະ 3' ss) ເພື່ອເອົາຕົວແປການປະປົນທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ.
- ISVASE ສາມາດໃຊ້ການກາຍພັນຂອງ DNA ແລະຂໍ້ມູນການແກ້ໄຂ RNA ຂອງຜູ້ໃຊ້ທີ່ໃຫ້ມາເພື່ອກໍານົດປະເພດຂອງຕົວແປລໍາດັບ.
- ISVASE ໄດ້ຮັບການຈັດລໍາດັບ flanking ຂອງຕົວແປລໍາດັບສໍາລັບການຄົ້ນຫາ exonic splicing motif ປັບປຸງ.
- ISVASE ສາມາດປ່ຽນໄຟລ໌ variant ລຳດັບເລີ່ມຕົ້ນເປັນໄຟລ໌ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ ANNOVAR ສຳລັບການອະທິບາຍແບບແປ.
- ISVASE ໃຊ້ 8 ຕົວເລກເພື່ອສະແດງຄຸນລັກສະນະຂອງຕົວແປລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເຫດການ splicing.
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Perl
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/isvase/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
