ດາວໂຫລດ kallisto ສໍາລັບ Linux

ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ kallisto ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ kallisto_windows-v0.50.0.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.

ໜ້າ ຈໍ

ຄາລິສໂຕ

ລາຍລະອຽດ

kallisto ແມ່ນໂຄງການສໍາລັບປະລິມານທີ່ໃກ້ຄຽງທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງ transcript ຈາກຂໍ້ມູນ RNA-Seq, ຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນໂດຍທົ່ວໄປຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍໂດຍໃຊ້ການອ່ານລໍາດັບທີ່ຜ່ານຄວາມໄວສູງ. ມັນແມ່ນອີງໃສ່ແນວຄວາມຄິດຂອງການນໍາໃຊ້ pseudoalignment ເພື່ອກໍານົດການອ່ານແລະການເຂົ້າກັນໄດ້ຂອງເປົ້າຫມາຍຢ່າງໄວວາ, ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງມີການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

ອີງຕາມມາດຕະຖານທີ່ເຮັດຢູ່ໃນຄອມພິວເຕີຕັ້ງໂຕະ Mac, kallisto ສາມາດປະເມີນຈໍານວນ RNA-seq ຂອງມະນຸດຈໍານວນ 30 ລ້ານຄົນທີ່ອ່ານໃນເວລາຫນ້ອຍກວ່າ 3 ນາທີໂດຍມີພຽງແຕ່ລໍາດັບການອ່ານແລະດັດສະນີການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ເຊິ່ງໃນຕົວຂອງມັນເອງສາມາດໃຊ້ເວລາຫຼາຍກວ່າ 10 ນາທີເພື່ອສ້າງ. ແລະນັບຕັ້ງແຕ່ມັນໃຊ້ pseudoalignment, ມັນແຂງແຮງຕໍ່ຄວາມຜິດພາດໃນການອ່ານແລະຮັກສາຂໍ້ມູນທີ່ສໍາຄັນທີ່ຈໍາເປັນສໍາລັບການກໍານົດປະລິມານ. ນີ້ເຮັດໃຫ້ kalisto ບໍ່ພຽງແຕ່ໄວແຕ່ມີຄວາມຖືກຕ້ອງສູງເຊັ່ນກັນ. ໃນຫຼາຍມາດຕະຖານ, ມັນຍັງດີກວ່າເຄື່ອງມືທີ່ມີຢູ່.

ຄຸນ​ລັກ​ສະ​ນະ

• ໃຊ້ pseudoalignment
• ໄວແລະຖືກຕ້ອງ
• RNA-Seq ສ່ວນໃຫຍ່ສາມາດວິເຄາະໄດ້ດ້ວຍ sleuth
• ສາມາດໃຊ້ກັບ bustools ເພື່ອປະມວນຜົນຂໍ້ມູນ RNA-seq ເຊລດຽວກ່ອນ

ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ

C

ປະເພດ

ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.