ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ SPANDx ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ SPANDx_v3.2.tar.gz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີສໍາລັບບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ SPANDx ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
SPANDx
ລາຍລະອຽດ
SPANDx ແມ່ນເຄື່ອງມືດຽວຂອງທ່ານສໍາລັບການກໍານົດ SNP ແລະຕົວແປ indel ໃນ genomes haploid ໂດຍໃຊ້ຂໍ້ມູນ NGS.
SPANDx ປະຕິບັດການຈັດລຽງຂອງ NGS ດິບທີ່ອ່ານຕໍ່ກັບ genome ອ້າງອີງຫຼື pan-genome ທີ່ທ່ານເລືອກ, ຕິດຕາມດ້ວຍການເອີ້ນຕົວແປທີ່ຖືກຕ້ອງແລະຄໍາບັນຍາຍ, ແລະການກໍານົດການມີຢູ່ / ບໍ່ມີສະຖານທີ່. SPANDx ຜະລິດ SNP ແລະ indel matrices ສໍາລັບການວິເຄາະ phylogenetic downstream. ໝາຍເຫດ, SNPs ກວ້າງ genome ແລະ indels ຍັງສາມາດຖືກລະບຸໄດ້ຖ້າລະບຸ, ແລະເປັນຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້. ມາຕຣິກເບື້ອງການປະກົດຕົວ / ການບໍ່ມີຢູ່ຍັງຖືກສ້າງຂື້ນເພື່ອໃຫ້ທ່ານສາມາດກໍານົດເນື້ອຫາ genome ຫຼັກ / ອຸປະກອນເສີມໃນທົ່ວທຸກ genomes ຂອງທ່ານ.
ຜົນຜະລິດທີ່ຜະລິດໂດຍ SPANDx ສາມາດຖືກນໍາເຂົ້າເຂົ້າໄປໃນ PLINK ສໍາລັບການວິເຄາະຂອງ microbial genome-wide Association (mGWAS).
SPANDx ສາມາດໃຊ້ PBS, SGE ຫຼື SLURM ສໍາລັບການຄຸ້ມຄອງຊັບພະຍາກອນ. SPANDx ຍັງສາມາດດໍາເນີນການໂດຍກົງໃນແຖວຄໍາສັ່ງຖ້າບໍ່ມີຕົວຈັດການຊັບພະຍາກອນ.
ສໍາລັບສະບັບຫລ້າສຸດຂອງ SPANDx, ກວດເບິ່ງພວກເຮົາຢູ່ໃນ GitHub: https://github.com/dsarov/SPANDx
ຄຸນລັກສະນະ
- 30Nov16: ຕອນນີ້ SPANDx 3.2 ໃຊ້ BWA-mem ສໍາລັບການຈັດຮຽງທີ່ຖືກຕ້ອງໄວຂຶ້ນ.
- 31May16: ຕອນນີ້ SPANDx 3.1.1 ເຮັດວຽກຢູ່ໃນລະບົບ pre-v2.3.1 TORQUE/PBS.
- 14Feb16: SPANDx 3.1 ຕອນນີ້ສາມາດຕັ້ງທຸງ -z ໃຫ້ຮວມ tri- ແລະ tetra allelic SNPs ຢູ່ໃນຜົນໄດ້ຮັບ .nex.
- 26Dec15: SPANDx 3.0 ມີການຍົກລະດັບຫຼາຍຢ່າງລວມທັງການເຂົ້າກັນໄດ້ຂອງ samtools ທີ່ໄດ້ຮັບການປັບປຸງ, ການເຊື່ອມໂຍງ PLINK ທີ່ດີກວ່າສໍາລັບ GWAS, ແລະສາມາດໂທຫາໄດ້ເຖິງ 9 indels ແລະທັງຫມົດສີ່ SNPs ຢູ່ທີ່ບ່ອນດຽວ!
- 05Aug 15: SPANDx v2.7 ໃນປັດຈຸບັນເຮັດວຽກຢູ່ໃນ SGE, PBS, SLURM, ແລະລະບົບທີ່ບໍ່ມີຜູ້ຈັດການຊັບພະຍາກອນ.
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Unix Shell
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/spandx/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
