ആൾട്ടർ-സീക്വൻസ്-അലൈൻമെന്റ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

alter-sequence-alignment - genomic sequences alignment Transformation EnviRonment

സിനോപ്സിസ്

ആൾട്ടർ-സീക്വൻസ്-അലൈൻമെന്റ് [ഓപ്ഷൻ] [ക്രമം]

വിവരണം

ALTER (അലൈൻമെന്റ് ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ എൻവിറോൺമെന്റ്) രൂപാന്തരപ്പെടുത്താനുള്ള ഒരു ഉപകരണമാണ്
ഒന്നിലധികം സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റുകൾക്കിടയിൽ. ALTER ഫോക്കസ് ചെയ്യുന്നു
മുഖ്യധാരാ വിന്യാസത്തിന്റെയും വിശകലന പരിപാടികളുടെയും സവിശേഷതകൾ
കൂടുതലോ കുറവോ നിർദ്ദിഷ്ട ഫോർമാറ്റുകൾ തമ്മിലുള്ള പരിവർത്തനത്തെക്കുറിച്ച്.

ഓപ്ഷനുകൾ

-c (--തകർച്ച)
ഹാപ്ലോടൈപ്പുകളിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ ചുരുക്കുക.

-cg (--collapseGaps)
തകരുമ്പോൾ വിടവുകൾ നഷ്ടപ്പെട്ട ഡാറ്റയായി കണക്കാക്കുക.

-cl (--collapseLimit) എൻ
കണക്ഷൻ പരിധി (<= l സൈറ്റുകളിൽ വ്യത്യാസമുള്ള സീക്വൻസുകൾ ചുരുക്കപ്പെടും) (ഡിഫോൾട്ട് ആണ്
l=0).

-സെമി (--collapseMissing)
തകരുമ്പോൾ നഷ്ടപ്പെട്ട ഡാറ്റ വ്യത്യാസങ്ങളായി കണക്കാക്കുക.

-i (--ഇൻപുട്ട്) ഫയൽ
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ.

-ഐഎ (--inputAutodetect)
സ്വയമേവ കണ്ടെത്തൽ ഫോർമാറ്റ് (മറ്റ് ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ ഒഴിവാക്കിയിരിക്കുന്നു).

- എങ്കിൽ (--ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ്) VAL
ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ് (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP അല്ലെങ്കിൽ PIR).

-io (--inputOS) VAL
ഇൻപുട്ട് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം (ലിനക്സ്, മാകോസ് അല്ലെങ്കിൽ വിൻഡോസ്)

-ip (--ഇൻപുട്ട് പ്രോഗ്രാം) VAL
ഇൻപുട്ട് പ്രോഗ്രാം (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS അല്ലെങ്കിൽ TCoffee).

-o (--ഔട്ട്പുട്ട്) ഫയൽ
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ.

-ഓഫ് (--ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്) VAL
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP അല്ലെങ്കിൽ PIR).

-ഓൾ (--outputLowerCase)
ലോവ് കേസ് ഔട്ട്പുട്ട്.

-ഓം (--outputMatch)
ഔട്ട്‌പുട്ട് പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പ്രതീകങ്ങൾ.

-ഒന്ന് (--outputResidueNumbers)
ഔട്ട്പുട്ട് ശേഷിക്കുന്ന നമ്പറുകൾ (ALN ഫോർമാറ്റ് മാത്രം).

-oo (--outputOS) VAL
ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം (ലിനക്സ്, മാകോസ് അല്ലെങ്കിൽ വിൻഡോസ്).

-op (--ഔട്ട്പുട്ട് പ്രോഗ്രാം) VAL
ഔട്ട്പുട്ട് പ്രോഗ്രാം (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal , MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl അല്ലെങ്കിൽ GENERAL)

-ഓസ് (--outputSequential)
സീക്വൻഷ്യൽ ഔട്ട്പുട്ട് (NEXUS, PHYLIP ഫോർമാറ്റുകൾ മാത്രം).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ ആൾട്ടർ-സീക്വൻസ്-അലൈൻമെന്റ് ഉപയോഗിക്കുക