ഉബുണ്ടു ഓൺലൈൻ, ഫെഡോറ ഓൺലൈൻ, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന ആൻഡി കമാൻഡാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
andi - പരിണാമ ദൂരം കണക്കാക്കുന്നു
സിനോപ്സിസ്
ഒപ്പം [-jlv] [-b INT] [-p ഫ്ലോട്ട്] [-m മോഡൽ] [-t INT] ഫയലുകൾ...
വിവരണം
ഒപ്പം അടുത്ത ബന്ധമുള്ള ജീനോമുകൾ തമ്മിലുള്ള പരിണാമ ദൂരം കണക്കാക്കുന്നു. ഇതിനായി ഒപ്പം
എന്നതിൽ നിന്നുള്ള ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾ വായിക്കുന്നു ഫാസ്റ്റ ജോഡിവൈസ് ആങ്കർ ദൂരം ഫയലുകൾ ചെയ്യുകയും കണക്കാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ദി
ഇതിന് പിന്നിലെ ആശയം ഹൗബോൾഡും മറ്റുള്ളവരും ഒരു പേപ്പറിൽ വിശദീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. (താഴെ നോക്കുക).
ഔട്ട്പ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു സമമിതി ദൂര മാട്രിക്സ് ആണ് ഫിലിപ് ഫോർമാറ്റ്, ഓരോ എൻട്രിയും പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
ഒരു പോസിറ്റീവ് യഥാർത്ഥ സംഖ്യയുമായുള്ള വ്യതിചലനം. പൂജ്യത്തിന്റെ ദൂരം അർത്ഥമാക്കുന്നത് രണ്ട് ശ്രേണികൾ എന്നാണ്
സമാനമാണ്, അതേസമയം മറ്റ് മൂല്യങ്ങൾ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ റേറ്റ് (ജൂക്സ്-
കാന്റർ തിരുത്തി). സാങ്കേതിക കാരണങ്ങളാൽ താരതമ്യം പരാജയപ്പെടാം, കണക്കാക്കാൻ കഴിയില്ല
കണക്കുകൂട്ടിയത്. ഇത്തരം കേസുകളില് നാൻ അച്ചടിച്ചിരിക്കുന്നു. ഇത് ഒന്നുകിൽ ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾ ആയിരുന്നു എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്
ഞങ്ങളുടെ രീതി ശരിയായി പ്രവർത്തിക്കുന്നതിന് വളരെ ചെറുതാണ് (<200bp) അല്ലെങ്കിൽ വളരെ വൈവിധ്യമാർന്ന (K>0.5).
ഓപ്ഷനുകൾ
-ബി, --ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ്
ഒന്നിലധികം ദൂര മെട്രിക്സുകൾ കണക്കാക്കുക N-ക്സനുമ്ക്സ ആദ്യം മുതൽ ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് ചെയ്തു. കാണുക
വിശദമായ വിശദീകരണത്തിന് Klötzl & Haubold (2016, അവലോകനത്തിൽ) പേപ്പർ.
-j, --ചേരുക
നിങ്ങളുടേത് ഓരോന്നിനും ഉണ്ടെങ്കിൽ ഈ മോഡ് ഉപയോഗിക്കുക ഫാസ്റ്റ ഫയലുകൾ ഒരു അസംബ്ലിയെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
കോണ്ടിഗുകൾ. ഒപ്പം തുടർന്ന് ഓരോ ഫയലിലും അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ സീക്വൻസുകളും സിംഗിൾ ആയി കണക്കാക്കും
ജനിതകഘടന. ഈ മോഡിൽ കമാൻഡ് ലൈൻ വഴി ഒരു ഫയലിന്റെ പേരെങ്കിലും നൽകണം
വാദങ്ങൾ. ഔട്ട്പുട്ടിനായി ഓരോ ക്രമവും തിരിച്ചറിയാൻ ഫയലിന്റെ പേര് ഉപയോഗിക്കുന്നു.
-l, --ഓർമ്മക്കുറവ്
മൾട്ടിത്രെഡ് മോഡിൽ, ഒപ്പം ത്രെഡുകളുടെ അളവിൽ മെമ്മറി ലീനിയർ ആവശ്യമാണ്. ദി
ലോ മെമ്മറി മോഡ് ഇത് ഉപയോഗിച്ച നമ്പറിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്രമായ സ്ഥിരമായ ഡിമാൻഡിലേക്ക് മാറ്റുന്നു
ത്രെഡുകളുടെ. നിർഭാഗ്യവശാൽ, ഇത് ഗണ്യമായ റൺടൈം ചെലവിൽ വരുന്നു.
-m, --മാതൃക
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പരിണാമത്തിന്റെ വ്യത്യസ്ത മാതൃകകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ജ്യൂക്സ്-കാന്റർ
തിരുത്തൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
-p
ഒരു ആങ്കർ ജോഡിയുടെ പ്രാധാന്യം; സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.05.
-t
ഉപയോഗിക്കേണ്ട ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം; സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ലഭ്യമായ എല്ലാ പ്രോസസ്സറുകളും ഉപയോഗിക്കുന്നു.
എങ്കിൽ മാത്രമേ മൾട്ടിത്രെഡിംഗ് ലഭ്യമാകൂ ഒപ്പം OpenMP പിന്തുണയോടെ സമാഹരിച്ചത്.
-v, --വാക്കുകൾ
അധിക വിവരങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു. അധിക വാചാലതയ്ക്കായി ഒന്നിലധികം തവണ പ്രയോഗിക്കുക.
-h, --സഹായിക്കൂ
സംഗ്രഹവും ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകളുടെ വിശദീകരണവും പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു.
--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങളും അംഗീകാരങ്ങളും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു.
പകർപ്പവകാശ
പകർപ്പവകാശം © 2014, 2015 Fabian Klötzl ലൈസൻസ് GPLv3+: GNU GPL പതിപ്പ് 3 അല്ലെങ്കിൽ അതിനുശേഷമുള്ളത്.
ഇതൊരു സ്വതന്ത്ര സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ ആണ്: നിങ്ങൾക്ക് ഇത് മാറ്റാനും പുനർവിതരണം ചെയ്യാനും സ്വാതന്ത്ര്യമുണ്ട്. വാറന്റി ഇല്ല,
നിയമം അനുവദിക്കുന്ന പരിധി വരെ. മുഴുവൻ ലൈസൻസ് വാചകവും ഇവിടെ ലഭ്യമാണ്
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
എക്സലൻസ്
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). andi: വേഗതയേറിയതും കൃത്യവും
അടുത്ത ബന്ധമുള്ള ജീനോമുകൾ തമ്മിലുള്ള പരിണാമ ദൂരത്തിന്റെ അനുമാനം
2) അൽഗോരിതങ്ങൾ: Ohlebusch, E. (2013). ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് അൽഗോരിതംസ്. സീക്വൻസ് അനാലിസിസ്, ജീനോം
പുനഃക്രമീകരണങ്ങൾ, ഫൈലോജെനെറ്റിക് പുനർനിർമ്മാണം. pp 118f.
3) SA നിർമ്മാണം: മോറി, Y. (2005). മെച്ചപ്പെടുത്തിയ രണ്ട്-ഘട്ട സഫിക്സിന്റെ ഹ്രസ്വ വിവരണം
സോർട്ടിംഗ് അൽഗോരിതം. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് andi ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
