asndisc - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

asndisc - പൊരുത്തക്കേടുകൾക്കായി ASN.1 ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസ് രേഖകൾ പരിശോധിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

asndisc [-] [-B] [-C N] [-F] [-I പാത] [-L str] [-N ഫയലിന്റെ പേര്] [-P str] [-R] [-S] [-T]
[-X ടെസ്റ്റുകൾ] [-Z] [-a str] [-b] [-c] [-d ടെസ്റ്റുകൾ] [-e ടെസ്റ്റുകൾ] [-f] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-k] [-l]
[-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p പാത] [-r മുതലാളി] [-s ext] [-t] [-u] [-w ഫയലിന്റെ പേര്] [-x str]

വിവരണം

asndisc ASN.1 ഫോർമാറ്റ് ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസ് റെക്കോർഡുകൾ പരിശോധിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു കമാൻഡ്-ലൈൻ ടൂളാണ്
പൊരുത്തക്കേടുകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

- ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

-B ബിഗ് സീക്വൻസ് റിപ്പോർട്ട്

-C N പരമാവധി എണ്ണം

-F ഉൽപ്പന്ന നാമ ലിസ്റ്റ് ശരിയാക്കുക

-I പാത
സൂചികയിലുള്ള ബൈനറി ASN.1 ഡാറ്റയിലേക്കുള്ള പാത

-L str ഉപയോഗിക്കാനുള്ള വംശം

-N ഫയലിന്റെ പേര്
പരിശോധിക്കേണ്ട ഉൽപ്പന്ന പേരുകളുടെ ലിസ്റ്റ് സഹിതമുള്ള ഫയൽ

-P str റിപ്പോർട്ട് ഇനം
g ജീനോം
ബി ബിഗ് സീക്വൻസ്
മീറ്റർ മെഗാ റിപ്പോർട്ട്
t ടാഗ് ഉൾപ്പെടുത്തുക
സൂപ്പർ യൂസറിനുള്ള ടാഗ്

-R ഐഡിയിൽ നിന്ന് റിമോട്ട് എടുക്കൽ

-S സംഗ്രഹ റിപ്പോർട്ട്

-T ത്രെഡുകൾ ഉപയോഗിക്കുക

-X ടെസ്റ്റുകൾ
റിപ്പോർട്ട് വിഭാഗങ്ങൾ വികസിപ്പിക്കുക (ചുവടെ ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന ടെസ്റ്റ് പേരുകളുടെ കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ
എല്ലാം).

-Z റിമോട്ട് CDS ഉൽപ്പന്നം ലഭ്യമാക്കുക

-a str ASN.1 തരം
ഏതെങ്കിലും (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
ഇ സെക്-എൻട്രി
ബി ബയോസെക്
ന്റെ bioseq-സെറ്റ്
m seq-subMit
ടി ബാച്ച് ബയോസെക്-സെറ്റ്
u ബാച്ച് seq-sUbmit

-b ബാച്ച് ഫയൽ ബൈനറി ആണ്

-c ബാച്ച് ഫയൽ കംപ്രസ് ചെയ്തു

-d str പരിശോധനകൾ അപ്രാപ്‌തമാക്കുക (ചുവടെ ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന ടെസ്റ്റ് പേരുകളുടെ കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ്).

-e str ടെസ്റ്റുകൾ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക (ചുവടെ ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന ടെസ്റ്റ് പേരുകളുടെ കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ്).

-f ഫീച്ചർ ടേബിൾ ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുക

-i ഫയലിന്റെ പേര്
സിംഗിൾ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ (സ്ഥിരമായി സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ട്)

-k പ്രാദേശികമായി എടുക്കൽ

-l ഘടകങ്ങൾ മുൻകൂട്ടി ലോഡുചെയ്യുക

-o ഫയലിന്റെ പേര്
ഒറ്റ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ

-p പാത
ASN.1 ഫയലുകളിലേക്കുള്ള പാത

-r മുതലാളി ഔട്ട്പുട്ട് ഡയറക്ടറി

-s ext ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ സഫിക്സ് (.ഡോ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി)

-t വലിയ ടെസ്റ്റ് സെറ്റ്

-u ആവർത്തനം

-w ഫയലിന്റെ പേര്
ഉൽപ്പന്ന നിയമ ഫയലിന്റെ പേര് സംശയിക്കുന്നു

-x str ഫയൽ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ ഉപസ്ട്രിംഗ് (.sqn സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി)

ലഭ്യമാണ് ടെസ്റ്റുകൾ
MISSING_GENES, EXTRA_GENES, MISSING_LOCUS_TAGS, DUPLICATE_LOCUS_TAGS,
BAD_LOCUS_TAG_FORMAT, INCONSISTENT_LOCUS_TAG_PREFIX, NON_GENE_LOCUS_TAG,
DISC_COUNT_NUCLEOTIDES, MISSING_PROTEIN_ID, INCONSISTENT_PROTEIN_ID,
FEATURE_LOCATION_CONFLICT, GENE_PRODUCT_CONFLICT, DUPLICATE_GENE_LOCUS, EC_NUMBER_NOTE,
PSEUDO_MISMATCH, JOINED_FEATURES, OVERLAPPING_GENES, OVERLAPPING_CDS, CONTAINED_CDS,
RNA_CDS_OVERLAP, SHORT_CONTIG, INCONSISTENT_BIOSORCE, SUSPECT_PRODUCT_NAMES,
DISC_PRODUCT_NAME_TYPO, DISC_PRODUCT_NAME_QUICKFIX, INCONSISTENT_SOURCE_DEFLINE,
PARTIAL_CDS_COMPLETE_SEQUENCE, EC_NUMBER_ON_UNKNOWN_PROTEIN, TAX_LOOKUP_MISSING,
TAX_LOOKUP_MISMATCH, SHORT_SEQUENCES, SUSPECT_PHRASES, DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT,
COUNT_TRNAS, FIND_DUP_TRNAS, FIND_BADLEN_TRNAS, FIND_STRAND_TRNAS, COUNT_RRNAS,
FIND_DUP_RRNAS, RNA_NO_PRODUCT, TRANSL_NO_NOTE, NOTE_NO_TRANSL, TRANSL_TOO_LONG,
CDS_TRNA_OVERLAP, COUNT_PROTEINS, DISC_FEAT_OVERLAP_SRCFEAT, MISSING_GENPRODSET_PROTEIN,
DUP_GENPRODSET_PROTEIN, MISSING_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID,
DISC_DUP_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID, DISC_PERCENT_N, N_RUNS, ZERO_BASECOUNT,
ADJACENT_PSEUDOGENES, NO_ANNOTATION, DISC_INFLUENZA_DATE_MISMATCH, DISC_SHORT_INTRON,
DISC_MISSING_VIRAL_QUALS, DISC_SRC_QUAL_PROBLEM, DISC_MISSING_SRC_QUAL, DISC_DUP_SRC_QUAL,
DISC_DUP_SRC_QUAL_DATA, DISC_HAPLOTYPE_MISMATCH, DISC_FEATURE_MOLTYPE_MISMATCH,
DISC_CDS_WITHOUT_MRNA, DISC_EXON_INTRON_CONFLICT, DISC_FEATURE_COUNT,
DISC_SPECVOUCHER_TAXNAME_MISMATCH, DISC_GENE_PARTIAL_CONFLICT,
DISC_FLATFILE_FIND_ONCALLER, DISC_CDS_PRODUCT_FIND, DISC_DUP_DEFLINE,
DUP_DISC_ATCC_CULTURE_CONFLICT, DISC_USA_STATE, DISC_INCONSISTENT_MOLTYPES,
DISC_SUBMITBLOCK_CONFLICT, DISC_POSSIBLE_LINKER, DISC_TITLE_AUTHOR_CONFLICT,
DISC_BAD_GENE_STRAND, DISC_MAP_CHROMOSOME_CONFLICT, DISC_RBS_WITHOUT_GENE,
DISC_CITSUBAFFIL_CONFLICT, DISC_REQUIRED_CLONE, DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC,
DISC_mRNA_ON_WRONG_SEQUENCE_TYPE, DISC_RETROVIRIDAE_DNA, DISC_CHECK_AUTH_CAPS,
DISC_CHECK_RNA_PRODUCTS_AND_COMMENTS, DISC_MICROSATELLITE_REPEAT_TYPE,
DISC_MITOCHONDRION_REQUIRED, DISC_UNPUB_PUB_WITHOUT_TITLE, DISC_QUALITY_SCORES,
DISC_INTERNAL_TRANSCRIBED_SPACER_RRNA, DISC_PARTIAL_PROBLEMS,
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS,
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_EXCEPTION, DISC_SUSPECT_RRNA_PRODUCTS,
DISC_SUSPECT_MISC_FEATURES, DISC_BACTERIA_MISSING_STRAIN, DISC_MISSING_DEFLINES,
DISC_MISSING_AFFIL, DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_ISOLATE,
DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_MRNA, DISC_CDS_HAS_NEW_EXCEPTION,
DISC_TRINOMIAL_SHOULD_HAVE_QUALIFIER, DISC_METAGENOMIC, DISC_METAGENOME_SOURCE,
ONCALLER_GENE_MISSING, ONCALLER_SUPERFLUOUS_GENE, DISC_SHORT_RRNA,
ONCALLER_CHECK_AUTHORITY, ONCALLER_CONSORTIUM,
ONCALLER_STRAIN_CULTURE_COLLECTION_MISMATCH, ONCALLER_MULTISRC,
ONCALLER_MULTIPLE_CULTURE_COLLECTION, DISC_SEGSETS_PRESENT, DISC_NONWGS_SETS_PRESENT,
DISC_FEATURE_LIST, DISC_CATEGORY_HEADER, DISC_MISMATCHED_COMMENTS,
DISC_STRAIN_TAXNAME_MISMATCH, DISC_HUMAN_HOST, DISC_BAD_BACTERIAL_GENE_NAME,
TEST_BAD_GENE_NAME, ONCALLER_ORDERED_LOCATION, ONCALLER_COMMENT_PRESENT,
ONCALLER_DEFLINE_ON_SET, ONCALLER_HIV_RNA_INCONSISTENT, SHORT_PROT_SEQUENCES,
TEST_EXON_ON_MRNA, TEST_HAS_PROJECT_ID, ONCALLER_HAS_STANDARD_NAME,
ONCALLER_MISSING_STRUCTURED_COMMENTS, DISC_REQUIRED_STRAIN,
MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS, DISC_BACTERIAL_TAX_STRAIN_MISMATCH,
TEST_CDS_HAS_CDD_XREF, TEST_UNUSUAL_NT, TEST_LOW_QUALITY_REGION,
TEST_ORGANELLE_NOT_GENOMIC, TEST_UNWANTED_SPACER, TEST_ORGANELLE_PRODUCTS,
TEST_SP_NOT_UNCULTURED, TEST_BAD_MRNA_QUAL, TEST_UNNECESSARY_ENVIRONMENTAL,
TEST_UNNECESSARY_VIRUS_GENE, TEST_UNWANTED_SET_WRAPPER, TEST_MISSING_PRIMER,
TEST_UNUSUAL_MISC_RNA, TEST_AMPLIFIED_PRIMERS_NO_ENVIRONMENTAL_SAMPLE,
TEST_DUP_GENES_OPPOSITE_STRANDS, TEST_SMALL_GENOME_SET_PROBLEM, TEST_OVERLAPPING_RRNAS,
TEST_MRNA_SEQUENCE_MINUS_STRAND_FEATURES, TEST_TAXNAME_NOT_IN_DEFLINE,
TEST_COUNT_UNVERIFIED, SHOW_TRANSL_EXCEPT, SHOW_HYPOTHETICAL_CDS_HAVING_GENE_NAME,
TEST_DEFLINE_PRESENT, TEST_MRNA_OVERLAPPING_PSEUDO_GENE, FIND_OVERLAPPED_GENES,
DISC_BIOMATERIAL_TAXNAME_MISMATCH, DISC_CULTURE_TAXNAME_MISMATCH, DISC_CHECK_AUTH_NAME,
NON_RETROVIRIDAE_PROVIRAL, RNA_PROVIRAL, SHORT_SEQUENCES_200, DISC_10_PERCENTN, N_RUNS_14,
MOLTYPE_NOT_MRNA, TECHNIQUE_NOT_TSA, MISSING_STRUCTURED_COMMENT, MISSING_PROJECT,
MULTIPLE_CDS_ON_MRNA, DUP_DISC_CBS_CULTURE_CONFLICT, DIVISION_CODE_CONFLICTS,
RRNA_NAME_CONFLICTS, EUKARYOTE_SHOULD_HAVE_MRNA, MRNA_SHOULD_HAVE_PROTEIN_TRANSCRIPT_IDS,
ONCALLER_COUNTRY_COLON, ONCALLER_BIOPROJECT_ID, ONCALLER_STRAIN_TAXNAME_CONFLICT

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് asndisc ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക