bp_indexp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bp_index.pl - bp_fetch.pl ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുള്ള ഫയലുകൾ സൂചികകൾ

സിനോപ്സിസ്

bp_index.pl index_name file1 file2 മുതലായവ.

വിവരണം

ആർഗ്യുമെന്റ് ലിസ്റ്റിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന സീക്വൻസ് ഫയലുകൾക്കായി bp_index.pl ഒരു ബയോപെർൽ സൂചിക നിർമ്മിക്കുന്നു,
സൂചികയുടെ പേരിൽ. ഉദാഹരണത്തിന്

bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

nrdb.fasta ഫയലിന്റെ സൂചിക നാമമായി 'nrdb' എന്ന ഒരു സൂചിക നിർമ്മിക്കും, കൂടാതെ

bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat

.dat-ൽ അവസാനിക്കുന്ന /data/swiss-ലെ എല്ലാ ഫയലുകൾക്കുമായി swiss എന്ന ഒരു സൂചിക നിർമ്മിക്കും.
EMBL ഫോർമാറ്റിലാണ്.

ബയോ/ഇൻഡക്സ്/* മൊഡ്യൂളുകൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് സൂചികകൾ നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്, പ്രത്യേകിച്ചും, ബയോ::ഇൻഡക്സ്::EMBL കൂടാതെ
ബയോ::ഇൻഡക്സ്::ഫാസ്റ്റ മൊഡ്യൂളുകൾ. ഈ മൊഡ്യൂളുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഏത് സ്ക്രിപ്റ്റിനും സൂചിക ഉപയോഗിക്കാം. എ
നല്ല ഉദാഹരണ സ്ക്രിപ്റ്റ് bp_fetch ആണ്, അത് സീക്വൻസുകൾ ലഭ്യമാക്കുകയും അവയെ STDOUT-ലേക്ക് പൈപ്പ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു.
ഉദാഹരണം

bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN

സ്വിസ് സൂചികയിൽ നിന്ന് ROA1_HUMAN സീക്വൻസ് നേടുകയും അത് STDOUT-ൽ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റായി എഴുതുകയും ചെയ്യുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-എഫ്എംടി - ഫാസ്റ്റ (സ്ഥിരസ്ഥിതി), സ്വിസ് അല്ലെങ്കിൽ EMBL
-ദിയർ - സൂചിക ഫയലുകൾ കണ്ടെത്തുന്ന ഡയറക്ടറി
(BIOPERL_INDEX പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളിനെ മറികടക്കുന്നു)

വിദഗ്ദ്ധ ഉപയോഗത്തിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ

-തരം - DBM_file തരം.
(BIOPERL_INDEX_TYPE പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളിനെ മറികടക്കുന്നു)
-v - ഓരോ സൂചിക കൂട്ടിച്ചേർക്കലും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക (ഡീബഗ്ഗിംഗ്)

ENVIRONMENT

എൻവിറോമെന്റ് വേരിയബിൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡാറ്റാബേസുകൾ കിടക്കുന്നിടത്ത് bp_index, bp_fetch കോർഡിനേറ്റ്
BIOPERL_INDEX. -dir ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഇത് അസാധുവാക്കാവുന്നതാണ്. സ്ഥിര മൂല്യം ഇല്ല, അതിനാൽ
നിങ്ങൾ -dir ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കണം അല്ലെങ്കിൽ BIOPERL_INDEX സജ്ജമാക്കുക.

DB തരം BIOPERL_INDEX_TYPE എന്നതുമായി ഏകോപിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു, അത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡിഫോൾട്ട്
ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകൾ ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിട്ടുള്ളതെന്തും, അത് തന്നെ SDBM_File-ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു.

ഉപയോഗിക്കുന്നു IT സ്വയം

bp_index.pl എന്നത് ഇൻഡെക്സ് മൊഡ്യൂളുകളെ നയിക്കുന്ന ഒരു സ്ക്രിപ്റ്റാണ്. നിങ്ങൾക്ക് ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഉപയോഗിക്കണമെങ്കിൽ
നിങ്ങളുടെ ജോലിയിൽ, ഇത് പേൾ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണെങ്കിൽ, അത് നോക്കുന്നതാണ് നല്ലത്
ഈ സ്‌ക്രിപ്‌റ്റിൽ കോഡ് ചെയ്‌ത് അത് ഉടനീളം പകർത്തുക (ഒരുപക്ഷേ നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നതായിരിക്കും
bp_fetch കോഡ്).

വിപുലീകരിക്കുന്നു IT

bp_index എന്നത് ബയോപെർളിൽ കാണപ്പെടുന്ന ജെയിംസ് ഗിൽബെർട്ടിന്റെ മികച്ച സൂചിക മൊഡ്യൂളുകളെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയുള്ള ഒരു റാപ്പർ മാത്രമാണ്.

ഫീഡ്ബാക്ക്

മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകൾ
ഇതിന്റെയും മറ്റ് ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകളുടെയും പരിണാമത്തിന്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമാണ് ഉപയോക്തൃ ഫീഡ്‌ബാക്ക്. അയക്കുക
നിങ്ങളുടെ അഭിപ്രായങ്ങളും നിർദ്ദേശങ്ങളും ബയോപെർൾ മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റിലേക്ക് അഭികാമ്യമാണ്. നിങ്ങളുടെ പങ്കാളിത്തം
വളരെ വിലമതിക്കപ്പെടുന്നു.

[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു] - പൊതുവായ ചർച്ച
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകളെക്കുറിച്ച്

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ
ബഗുകളുടെയും അവയുടെയും ട്രാക്ക് സൂക്ഷിക്കാൻ ഞങ്ങളെ സഹായിക്കുന്നതിന് ബഗുകൾ ബഗുകൾ ബഗ് ട്രാക്കിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
പ്രമേയം. ബഗ് റിപ്പോർട്ടുകൾ വെബ് വഴി സമർപ്പിക്കാം:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTHOR - ഒരു കടമയാണ് ബിർണി

ഇവാൻ ബിർണി[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_indexp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക