bp_revtrans-motifp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bp_revtrans-motif - Profam പോലെയുള്ള പ്രോട്ടീൻ മോട്ടിഫിനെ വിപരീതമായി വിവർത്തനം ചെയ്യുക

പതിപ്പ്

പതിപ്പ് 0.01

സിനോപ്സിസ്

ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന്:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

പൈപ്പുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നത്:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

കമാൻഡ് പ്രോംപ്റ്റിൽ സംവേദനാത്മകമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

വിവരണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഇൻപുട്ടായി ഒരു പ്രോട്ടീൻ മോട്ടിഫ് എടുക്കുകയും ഡീജനറേറ്റ് ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു
അതുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ക്രമം. ഇത് ചെയ്യാനുള്ള പ്രധാന കാരണം ഡിസൈൻ ഡീജനറേറ്റ് ആണ്
തന്നിരിക്കുന്ന സീക്വൻസ് പാറ്റേൺ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്ന പ്രൈമറുകൾ.

ഇൻപുട്ട് മോട്ടിഫിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവയിൽ ഏതെങ്കിലുമൊരു ഒറ്റ-അക്ഷര അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ ഒരു സ്ട്രിംഗ് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
വാക്യഘടന ഘടകങ്ങൾ:

[...] : അനാവശ്യ സ്ഥാനം.
ഒന്നിലധികം അവശിഷ്ടങ്ങൾ അനുവദനീയമായ ഒരു സ്ഥാനം. ഉദാഹരണം:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : നിരാകരിച്ച സ്ഥാനം.
ഏതെങ്കിലും അവശിഷ്ടങ്ങൾ അനുവദിക്കുന്ന ഒരു സ്ഥാനം, ബ്രാക്കറ്റുകൾക്കിടയിലുള്ളവയ്ക്കായി സംരക്ഷിച്ചു. ഉദാഹരണം:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : ആവർത്തിച്ചുള്ള മോട്ടിഫ്.
ആവർത്തിക്കപ്പെടുന്ന ഒരു മോട്ടിഫ് n or m തവണ. ഇതിന് മുമ്പത്തെ ഏതെങ്കിലും വാക്യഘടന ഉണ്ടായിരിക്കാം
ഘടകങ്ങൾ. ഉദാഹരണം:

A[SN]C(TXX){2,4,8}
എ

അനുവദനീയമായ അക്ഷരങ്ങൾ 20 സ്വാഭാവിക അമിനോ ആസിഡുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നവയാണ്, കൂടാതെ:

B = N + D
Z = Q + E
X = എല്ലാം

ഓപ്ഷനുകൾ

-i ഇൻപുട്ട് ഫയൽ:
വിപരീത വിവർത്തനം ചെയ്യാനുള്ള രൂപരേഖകളുള്ള ഒരു ഫയൽ.

-h
ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_revtrans-motifp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക