convert_project - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

convert_project - അസംബ്ലിയും സീക്വൻസിംഗ് ഫയൽ തരങ്ങളും പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

വിവരണം

ഈ പ്രോഗ്രാം MIRA അസംബ്ലർ പാക്കേജിന്റെ ഭാഗമാണ്. പ്രോജക്റ്റ് ഫയൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യാൻ ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നു
മറ്റ് തരങ്ങളിലേക്ക് തരം. കൂടുതൽ വിശദമായി ചുവടെയുള്ള ഡോക്യുമെന്റേഷൻ പരിശോധിക്കുക
convert_project-നെ കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ.

സിനോപ്സിസ്

convert_project
[-എഫ് ] [-ടി [-ടി ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

ഓപ്ഷനുകൾ

-f
ഈ തരത്തിലുള്ള പ്രോജക്റ്റ് ഫയലുകൾ ലോഡ് ചെയ്യുക, ഇവിടെ fromtype:

caf ഒരു സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി അല്ലെങ്കിൽ CAF-ൽ നിന്നുള്ള ഒറ്റ സീക്വൻസുകൾ

CAF-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി അല്ലെങ്കിൽ ഒറ്റ സീക്വൻസുകൾ maf

ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസുകൾ

ഒരു FASTQ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള ഫാസ്റ്റ്ക് സീക്വൻസുകൾ

ഒരു GBF ഫയലിൽ നിന്നുള്ള gbf സീക്വൻസുകൾ

ഒരു PHD ഫയലിൽ നിന്നുള്ള phd സീക്വൻസുകൾ

fofnexp
ഫയൽനാമങ്ങളുടെ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള EXP ഫയലുകളിലെ സീക്വൻസുകൾ

-t
ഈ തരത്തിലേക്ക് ക്രമങ്ങൾ/അസംബ്ലി എഴുതുക (ഒന്നിലധികം പരാമർശങ്ങൾ -t അനുവദനീയമാണ്):

എയ്സ് സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ എസിഇയിലേക്ക് സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

കഫ് സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ CAF-ലേക്ക് സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

maf സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ MAF-ലേക്ക് സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

സാം സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി മുതൽ SAM വരെ

മുകളിൽ പറഞ്ഞതുപോലെ samnbb, പക്ഷേ മാപ്പിംഗ് അസംബ്ലികളിൽ റഫറൻസ് (നട്ടെല്ലുകൾ) ഉപേക്ഷിക്കുന്നു

gbf സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ GBF-നോടുള്ള സമവായം

gff3 GFF3 എന്നതിനോട് സമവായം

ഫയൽ വിഗിൾ ചെയ്യാൻ വിഗ് അസംബ്ലി കവറേജ് വിവരം

gcwig അസംബ്ലി ജിസി ഉള്ളടക്ക വിവരം ഫയൽ വിഗിൾ ചെയ്യാൻ

ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഫാസ്റ്റ ഫയലിലേക്കുള്ള സമവായം (ഗുണങ്ങൾ

.qual)

fastq സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ FASTQ ഫയലിലേക്കുള്ള സമവായം

എക്‌സ് സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ എക്‌സ്‌പി ഫയലുകളിലേക്കുള്ള സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി

ഡയറക്ടറികൾ. നിർദ്ദേശിച്ച അസംബ്ലി പ്രകാരം gap4 ഇറക്കുമതിക്ക് പൂർണ്ണമായ അസംബ്ലികൾ അനുയോജ്യമാണ്.
ശ്രദ്ധിക്കുക: gap2-ലേക്ക് ഇറക്കുമതി ചെയ്യാൻ caf4gap ഉപയോഗിക്കുന്നത് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു

ടെക്സ്റ്റ് കംപ്ലീറ്റ് അസംബ്ലി ടു ടെക്സ്റ്റ് അലൈൻമെന്റ് (എപ്പോൾ മാത്രം -f is

caf, maf അല്ലെങ്കിൽ gbf)

html HTML ലേക്ക് പൂർണ്ണ അസംബ്ലി (എപ്പോൾ മാത്രം -f കഫ്, മാഫ് അല്ലെങ്കിൽ

gbf)

tcs to tcs കംപ്ലീറ്റ് അസംബ്ലി

hsnp ചുറ്റുമുള്ള SNP ടാഗുകൾ (SROc, SAOc, SIOc) മുതൽ HTML വരെ (എപ്പോൾ മാത്രം -f കഫ്, മാഫ് അല്ലെങ്കിൽ
gbf)

എസ്എൻപി ടാഗുകളുടെ asnp വിശകലനം (എപ്പോൾ മാത്രം -f കഫ്, മാഫ് അല്ലെങ്കിൽ ജിബിഎഫ്)

MIRA-യിൽ നിന്നുള്ളതുപോലുള്ള cstats contig സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് ഫയൽ (ഉറവിടത്തിൽ contigs ഉള്ളപ്പോൾ മാത്രം)

MIRA-യിൽ നിന്നുള്ളതു പോലെ crlist contig റീഡ് ലിസ്റ്റ് ഫയൽ (ഉറവിടം contigs ഉള്ളപ്പോൾ മാത്രം)

മുഖംമൂടി ഫാസ്റ്റ
സീക്വൻസിംഗ് വെക്റ്റർ മാസ്ക് ഔട്ട് (എക്സ് ഉപയോഗിച്ച്) ഫാസ്റ്റ ഫയലിലേക്ക് (ഗുണങ്ങൾ വരെ) എവിടെ വായിക്കുന്നു
.qual)

സ്കഫ് സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ സിംഗിൾ സീക്വൻസുകളിലേക്കുള്ള സമ്പൂർണ്ണ അസംബ്ലി CAF

-a റീറൈറ്റിംഗിന് പകരം ടാർഗെറ്റ് ഫയലുകളിലേക്ക് ചേർക്കുക

-A
പാഴ്‌സ് ചെയ്യേണ്ട MIRA പാരാമീറ്ററുകളുള്ള സ്ട്രിംഗ്, ബാധിക്കുന്ന പരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
സമവായ വിളി പോലെ -സി.ഒ:mrpg മുതലായവ. ഉദാ: -a "454_ക്രമീകരണങ്ങൾ -സി.ഒ:mrpg=3"

-b അന്ധമായ ഡാറ്റ റീഡുകളിലെ/കോൺറ്റിഗുകളിലെ എല്ലാ അടിസ്ഥാനങ്ങളെയും ഒരു 'സി' ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു

-C ക്ലിപ്പിംഗ് പോയിന്റുകൾ നിർവചിക്കുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ വായിക്കുമ്പോൾ വായിക്കാൻ ഹാർഡ് ക്ലിപ്പ് നടത്തുക

ക്ലിപ്പ് ചെയ്യാത്ത ഭാഗം മാത്രം റിസൾട്ട് ഫയലിൽ സേവ് ചെയ്യുക.

അടങ്ങാത്ത ഫയലുകൾ/ഫോർമാറ്റുകൾക്ക് മാത്രം ബാധകമാണ്

കോണ്ടിഗുകൾ.

-d വിടവ് മാത്രം നിരകൾ ഇല്ലാതാക്കുക ഔട്ട്പുട്ട് contigs ആയിരിക്കുമ്പോൾ: ആ നിരകൾ ഇല്ലാതാക്കുക

പൂർണ്ണമായും വിടവുകൾ (gap4 അല്ലെങ്കിൽ സമാനമായി എഡിറ്റ് ചെയ്യുമ്പോൾ വായനകൾ ഇല്ലാതാക്കിയ ശേഷം)

ഔട്ട്പുട്ട് റീഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ: റീഡുകളിലെ വിടവുകൾ ഇല്ലാതാക്കുക

-F ഗ്രൂപ്പുകൾ വായിക്കാൻ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക പ്രത്യേക ഉപയോഗ കേസ്, ഇതുവരെ ഉപയോഗിക്കരുത്.

-m കോണ്ടിഗുകൾ ഉണ്ടാക്കുക (ഇതിനായി മാത്രം -t = caf അല്ലെങ്കിൽ maf) സിംഗിൾ റീഡുകൾ കോൺടിഗ് സിംഗിൾറ്റുകളായി എൻകേസ് ചെയ്യുക
CAF/MAF ഫയൽ.

-n
നൽകുമ്പോൾ, ആ ഫയലിൽ പേര് നൽകിയ റീഡുകളോ കോൺടിഗുകളോ മാത്രം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.

-i എപ്പോൾ -n ഉപയോഗിക്കുന്നു, തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ വിപരീതമാക്കുന്നു

-o ഫാസ്റ്റ്ക് ക്വാളിറ്റി ഓഫ്‌സെറ്റ് (ഇതിനായി മാത്രം -f = 'fastq') FASTQ-ലെ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളുടെ ഓഫ്‌സെറ്റ്
ഫയൽ. 0 ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് സ്വയമേവ തിരിച്ചറിയാൻ ശ്രമിക്കുന്നു.

-Q
ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യങ്ങളില്ലാതെ ഫയൽ തരങ്ങളിലെ ബേസുകൾക്കായി സ്ഥിര നിലവാരം സജ്ജമാക്കുക
പ്രതീക്ഷിച്ച ഗുണമേന്മയുള്ള ഫയലുകൾ നഷ്‌ടമായാൽ നിർത്തരുത് (ഉദാ '.ഫാസ്റ്റ')

-R
ഒരു കൗണ്ടർ ഉള്ള നെയിം സ്ട്രിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് കോൺടിഗുകൾ/സിംഗിൾസ്/റീഡുകൾ എന്നിവയുടെ പേര് മാറ്റുക
ചേർത്തു. അറിയപ്പെടുന്ന ബഗ്: ഇൻപുട്ട് ചെയ്താൽ ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് പേരുകൾ സൃഷ്ടിക്കും

contigs/singlets കൂടാതെ സൗജന്യ വായനകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, അതായത് contigs-ൽ അല്ല വായിക്കുന്നത്
സിംഗിൾറ്റുകൾ.

-S
(പേര്) വായനകളുടെ പേരുമാറ്റുന്നതിനുള്ള പദ്ധതി, ജോടിയാക്കിയ അറ്റങ്ങൾക്ക് പ്രധാനമാണ് 'സൊലെക്സ' മാത്രം
നിലവിൽ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.

ദി പിന്തുടരുന്ന സ്വിച്ചുകൾ വേല മാത്രം എപ്പോൾ ഇൻപുട്ട് (CAF or MAF) അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു കോണ്ടിഗുകൾ.
സൂക്ഷിക്കുക: CAF, MAf എന്നിവയിലും വെറും വായനകൾ അടങ്ങിയിരിക്കാം.

-M കോൺടിഗുകൾ (അല്ലെങ്കിൽ അവയുടെ സമവായം) എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റ് ചെയ്യരുത്, പക്ഷേ അവ വായിക്കുന്നതിന്റെ ക്രമം
രചിച്ചത്.

-N
പോലെ -n, എന്നാൽ ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ക്രമം അനുസരിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് അടുക്കുന്നു.

-r [cCqf]
സമവായവും കൂടാതെ / അല്ലെങ്കിൽ സമവായ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളും കൂടാതെ / അല്ലെങ്കിൽ SNP ഫീച്ചർ ടാഗുകളും വീണ്ടും കണക്കാക്കുക.
'c' recalc cons & cons ഗുണങ്ങൾ (IUPAC കൂടെ) 'C' recalc cons & cons ഗുണങ്ങൾ
(ഐ‌യു‌പി‌എ‌സി ഇതര നിർബന്ധമാക്കുന്നു) 'ക്യു' സമവായ ഗുണങ്ങൾ മാത്രം 'എഫ്' റീകാൽക് എസ്‌എൻ‌പി സവിശേഷതകൾ
ശ്രദ്ധിക്കുക: cCq യുടെ അവസാനത്തേത് മാത്രം പ്രസക്തമാണ്, f പ്രവർത്തിക്കുന്നത് a

മാറുകയും cQq-മായി സംയോജിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യാം (ഉദാ "-r C -r f")

ശ്രദ്ധിക്കുക: CAF/MAF-ൽ ഒന്നിലധികം സ്‌ട്രെയിനുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ദോഷങ്ങളും ദോഷങ്ങളും വീണ്ടും കണക്കാക്കുക
ഗുണങ്ങൾ നിർബന്ധിതമാണ്, നിങ്ങൾ

IUPAC-കൾ ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടോ ഇല്ലയോ എന്നതിനെ സ്വാധീനിക്കാൻ കഴിയും.

-s ഒരൊറ്റ ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിന് പകരം ഔട്ട്‌പുട്ട് ഒന്നിലധികം ഫയലുകളായി വിഭജിക്കുക

-u 'fillUp strain genomes' ഒരു സ്‌ട്രെയിനിന്റെ (N അല്ലെങ്കിൽ @) ജീനോമിൽ ദ്വാരങ്ങൾ നിറയ്ക്കുക
മറ്റ് സ്ട്രെയിനുകളുടെ ഒരു സമവായത്തിൽ നിന്നുള്ള അനുക്രമം മാത്രമേ പ്രാബല്യത്തിൽ വരികയുള്ളൂ -r ഒപ്പം -t gbf അല്ലെങ്കിൽ
ഫാസ്റ്റ/ക്യുവിൽ ഫാസ്റ്റ/ക്യു: പൂരിപ്പിച്ച ബേസുകൾ ജിബിഎഫിൽ ചെറിയ അക്ഷരത്തിലാണ്: ബേസുകൾ പൂരിപ്പിച്ചത്
വലിയ കേസിൽ

-q
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഗുണമേന്മ നിർവ്വചിക്കുന്നു, ഒരു സ്‌ട്രെയിന് ഉണ്ടായിരിക്കേണ്ട സമവായ അടിത്തറ, സമവായ അടിത്തറ
ഇതിന് താഴെ 'N' ഡിഫോൾട്ട് ആയിരിക്കും: 0 ഉപയോഗിച്ച് മാത്രം -r, ഒപ്പം -f കഫ്/മാഫ് ആണ് -t is
(വേഗത

അല്ലെങ്കിൽ gbf)

-v പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക

-x
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോണ്ടിഗ് അല്ലെങ്കിൽ റീഡ് ദൈർഘ്യം ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, എല്ലാ കോൺടിഗുകളും / റീഡുകളും എ ഉപയോഗിച്ച് ഉപേക്ഷിക്കുക
ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ നീളം കുറവാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0 (=സ്വിച്ച് ഓഫ്) ശ്രദ്ധിക്കുക: റീഡുകളിൽ പ്രയോഗിക്കില്ല
കോൺടിഗുകളിൽ!

-X
സമാനമായ -x എന്നാൽ വായനകൾക്കും പിന്നീട് ക്ലിപ്പ് ചെയ്ത ദൈർഘ്യത്തിനും മാത്രം ബാധകമാണ്.

-y
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശരാശരി കോൺടിഗ് കവറേജ് ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ശരാശരിയുള്ള എല്ലാ കോണ്ടിഗുകളും ഉപേക്ഷിക്കുക
കവറേജ് ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ കുറവാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1

-z
കോൺടിഗിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡുകളുടെ എണ്ണം ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ഒരു നമ്പറുള്ള എല്ലാ കോണ്ടിഗുകളും ഉപേക്ഷിക്കുക
ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ കുറവ് വായനകൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0 (=സ്വിച്ച് ഓഫ്)

-l
ടെക്സ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ HTML ആയി ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ: ഒരു വിന്യാസ വരിയിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ബേസുകളുടെ എണ്ണം. ഡിഫോൾട്ട്:
60.

-c
ടെക്സ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ HTML ആയി ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ: എൻഡ്‌ഗാപ്പുകൾ പാഡ് ചെയ്യാൻ പ്രതീകം ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട്: ' ' (ശൂന്യം)

അപരനാമങ്ങൾ: caf2html, exp2fasta, ... മുതലായവ 2 "
പ്രോഗ്രാമിന്റെ പേരായി (ലിങ്കുകൾ ഉപയോഗിച്ചും) ഉപയോഗിക്കാം, അതുവഴി സ്വപ്രേരിതമായി convert_project
സെറ്റുകൾ -f ഒപ്പം -t അതനുസരിച്ച്.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

convert_project source.maf dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta wig ace

convert_project -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c . source.caf dest

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് convert_project ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക