എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ - കുറ്റവിമുക്തരാക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു സീക്വൻസ് താരതമ്യ സെർവർ

സിനോപ്സിസ്

എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ [ ഓപ്ഷനുകൾ ] <സൂചിക പാത>

വിവരണം

എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ എക്സോണറേറ്റ് സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് പ്രോഗ്രാമിനായുള്ള ഒരു മൾട്ടി-ത്രെഡ് സെർവറാണ്.

വലിയ ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ വേഗത്തിൽ അനുവദിക്കുന്നതിന് ഇത് ഒരു കൂട്ടം സീക്വൻസുകളും അനുബന്ധ സൂചിക ഫയലും ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ചുരുക്കവിവരണത്തിനുള്ള

ഒന്നാമതായി, ഒരു .esd സീക്വൻസ് ഫയലുകളിൽ നിന്നാണ് ഫയൽ നിർമ്മിക്കേണ്ടത്. ദി .esd ഫയൽ ഒരു കുറ്റവിമുക്തനാണ്
സീക്വൻസ് ഡാറ്റാസെറ്റ് ഫയൽ, ഓരോന്നിനും ഓരോ സെറ്റ് സീക്വൻസുകളും ഒരുമിച്ച് ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കാം
അദ്വിതീയ ഐഡന്റിഫയറുകൾ അടങ്ങിയ സീക്വൻസുകൾ. ഉപയോഗിച്ചാണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത് fasta2esd യൂട്ടിലിറ്റി.

fasta2esd genome.fasta genome.esd

അടുത്തതായി, ഒരു .esi എന്നതിൽ നിന്ന് ഉണ്ടാക്കിയ ഫയൽ .esd ഫയൽ. ദി .esi ഫയൽ ഒരു എക്സോണറേറ്റ് സീക്വൻസാണ്
ഇൻഡെക്സ് ഫയൽ, കൂടാതെ ഒരു പ്രത്യേക ഡാറ്റാസെറ്റിന് അനുയോജ്യമായ ഒരു സൂചിക അല്ലെങ്കിൽ സൂചികകളുടെ കൂട്ടം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
ഉപയോഗിച്ചാണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത് esd2esi യൂട്ടിലിറ്റി.

esd2esi genome.esd genome.esi

ഒരിക്കൽ ഒരു .esi ഫയൽ സൃഷ്ടിച്ചു, എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ ആരംഭിച്ചേക്കാം.

എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ genome.esi

സെർവർ പ്രവർത്തിക്കുമ്പോൾ, സെർവറിനെ മാറ്റിസ്ഥാപിച്ച് അന്വേഷിക്കാൻ എക്സോണറേറ്റ് ഉപയോഗിച്ചേക്കാം
സെർവറിന്റെ പേരും പോർട്ട് നമ്പറും ഉള്ള കമാൻഡ് ലൈനിലെ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസുകൾ. ദി
എക്സോണറേറ്റ് സെർവറിനുള്ള ഡിഫോൾട്ട് പോർട്ട് നമ്പർ 12886 ആണ്.

മോചിപ്പിക്കുക query.fasta localhost: 12886

ഓപ്ഷനുകൾ

എക്സോണറേറ്റ്-സെർവറിനായുള്ള ചില കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്‌ഷനുകൾ ഇതിന് സമാനമാണ്
ക്ലയന്റിനെ കുറ്റവിമുക്തനാക്കുക, ഇവ മാൻ പേജിൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട് കുറ്റവിമുക്തരാക്കുക. ദി
പ്രത്യേകമായ മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ ഇവിടെ രേഖപ്പെടുത്തുന്നു.

--പോർട്ട്
സെർവർ കേൾക്കേണ്ട പോർട്ട് വ്യക്തമാക്കുക. സ്വതവേ, എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ
പോർട്ട് 12886-ൽ കേൾക്കും, എന്നാൽ ഇതര പോർട്ടുകൾ ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയേക്കാം.

--ഇൻപുട്ട് <സൂചിക ഫയൽ>
സെർവർ ആരംഭിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ട സൂചിക ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക. ഈ ഓപ്ഷൻ ആണ്
നിർബന്ധമാണ്. സൂചിക ഫയൽ a ആണ് .esi ഫയൽ സൃഷ്ടിച്ചത് esd2esi യൂട്ടിലിറ്റി.

--പ്രീലോഡ്
ഡിഫോൾട്ടായി ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന സൂചികകൾ .esi ഫയൽ, കൂടാതെ പരാമർശിച്ചിരിക്കുന്ന ക്രമങ്ങൾ
അനുബന്ധ .esd സെർവർ ആരംഭിക്കുമ്പോൾ ഫയൽ മെമ്മറിയിലേക്ക് ലോഡ് ചെയ്യുന്നു.
വേഗത്തിലുള്ള പ്രകടനം കൈവരിക്കുന്നതിന് ഇത് ആവശ്യമാണ്, അത് തടസ്സപ്പെടുത്തും
ഇടയ്ക്കിടെയുള്ള ഡിസ്ക് ആക്സസ്. ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഇൻഡെക്സും സീക്വൻസും പ്രീലോഡ് ചെയ്യാൻ അനുവദിക്കുന്നു
ഓഫാക്കി, ഇത് സെർവറിനെ വളരെ സാവധാനത്തിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു, പക്ഷേ വേഗത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു
സ്റ്റാർട്ടപ്പും ചെറിയ മെമ്മറി കാൽപ്പാടും. പ്രീലോഡിംഗ് ഓഫ് ചെയ്യാൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല
സെർവർ പരീക്ഷിക്കുകയോ ഡീബഗ് ചെയ്യുകയോ ചെയ്യുന്നില്ലെങ്കിൽ.

--maxconnections
സെർവർ മൾട്ടിത്രെഡ് ആണ്. ഈ ഓപ്‌ഷൻ ക്ലയന്റ് പ്രോസസ്സുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഒരേസമയം സെർവറിലേക്ക് കണക്റ്റുചെയ്യാൻ അനുവദിച്ചിരിക്കുന്നു. നല്ല പ്രകടനത്തിന്, അത്
മെഷീനിൽ ഉള്ള CPU-കളുടെ എണ്ണത്തേക്കാൾ കൂടുതലായി സജ്ജീകരിക്കാൻ പാടില്ല
സെർവർ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

--വെർബോസിറ്റി
സെർവറിനായി വെർബോസിറ്റി ലെവൽ സജ്ജമാക്കുക. ഇത് പൂജ്യമാണെങ്കിൽ, സെർവർ നിശബ്ദമായിരിക്കും,
സംഖ്യ കൂടുന്തോറും സെർവർ എന്തിനെക്കുറിച്ചാണ് കൂടുതൽ സന്ദേശങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നത്
സംഭവിക്കുന്നത്.

ഇന്റർഫേസ്

തമ്മിലുള്ള ആശയവിനിമയ ഇന്റർഫേസ് ഈ വിഭാഗം രേഖപ്പെടുത്തുന്നു
ക്ലയന്റും സെർവറും. എഴുതാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന ആളുകൾക്കായി ഇന്റർഫേസ് രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്
എക്സോണറേറ്റ് പിന്നിൽ ഇരിക്കാൻ അവരുടെ സ്വന്തം ഇഷ്‌ടാനുസൃത സെർവർ - എക്സോണറേറ്റിന്റെ സാധാരണ ഉപയോഗത്തിന്, അത്
ഇത് അറിയേണ്ട ആവശ്യമില്ല.

ക്ലയന്റ് ലളിതമായ കമാൻഡ് ലൈനുകളും സെർവർ അയയ്ക്കലും വഴിയാണ് ഇന്റർഫേസ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്
ഒരു സോക്കറ്റിൽ ലളിതമായ മറുപടി വരികൾ. എല്ലാ കമാൻഡുകളും മറുപടികളും ASCII-യുടെ ലളിതമായ വരികളാണ്
ടെക്സ്റ്റ്, അതിനാൽ ഒരു സെർവർ പരിശോധിക്കുന്നതിനായി ടെൽനെറ്റ് ഒരു ക്ലയന്റ് ആയി ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയും.

ഏതൊരു കമാൻഡും ടെക്‌സ്‌റ്റിന്റെ ഒരൊറ്റ വരിയാണ്, എന്നാൽ ഒരു മറുപടിയിൽ നിരവധി വരികൾ അടങ്ങിയിരിക്കാം. ദി
എന്ന രൂപത്തിലാണ് മറുപടികൾ :

ഏത് മറുപടിയിലും ടാഗിനൊപ്പം വരികൾ ഉൾപ്പെടുത്താം മുന്നറിയിപ്പ്: or പിശക്: ഇവ മുന്നറിയിപ്പ്: ഒപ്പം പിശക്: ടാഗുകൾ
ക്ലയന്റ് പ്രതിധ്വനിക്കുന്നു, എന്തെങ്കിലും ലഭിച്ചതിന് ശേഷം ക്ലയന്റ് പുറത്തുകടക്കും പിശക്: മറുപടി.

സെർവർ ഒരു മൾട്ടി-ലൈൻ മറുപടി നൽകുമ്പോൾ, ആദ്യ വരി ഇവയുടെ എണ്ണം കാണിക്കണം
മുഴുവൻ മറുപടിയിലെയും വരികൾ ഇങ്ങനെ: വരിസംഖ്യ: ഉദാഹരണങ്ങൾക്ക്, എന്നതിൽ നിന്നുള്ള മറുപടികൾ കാണുക നേടുക
hsp ചുവടെയുള്ള ഉദാഹരണ സെഷനിലെ കമാൻഡുകൾ.

മൾട്ടിത്രെഡ് ആണെങ്കിലും, ക്ലയന്റ് ഏതെങ്കിലും സെർവറിലേക്ക് ഒരൊറ്റ കണക്ഷൻ മാത്രമേ തുറക്കൂ
ഒന്നിലധികം ക്ലയന്റുകളെ ഒരേസമയം കണക്റ്റുചെയ്യാൻ അനുവദിക്കുന്നതിന് സെർവർ ആവശ്യമാണ്.

കമാൻഡുകൾ ഒപ്പം മറുപടികൾ ഉപയോഗിച്ച in വേണ്ടി The ഇന്റർഫേസ്.
കമാൻഡ്: പതിപ്പ്
മറുപടി: പതിപ്പ്

കമാൻഡ്: പുറത്ത്
മറുപടി: (മറുപടിയില്ല - സെർവർ കണക്ഷൻ അടയ്ക്കുന്നു)

കമാൻഡ്: dbinfo
മറുപടി: dbinfo:

ദി dbinfo സെർവറിൽ ലോഡ് ചെയ്ത ഡാറ്റാബേസിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ കമാൻഡ് നൽകുന്നു.
തിരികെ നൽകിയ ഫീൽഡുകൾ ഇവയാണ്:

ഒന്നുകിൽ ഡിഎൻഎ അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീൻ
ഒന്നുകിൽ സോഫ്റ്റ്മാസ്ക് അല്ലെങ്കിൽ അൺമാസ്ക്
ഡാറ്റാബേസിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം
ഡാറ്റാബേസിലെ ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യം
ഡാറ്റാബേസിലെ എല്ലാ സീക്വൻസുകളുടെയും ആകെ ദൈർഘ്യം

കമാൻഡ്: തിരയൽ
മറുപടി: തിരയുക:

ഒരു ബാഹ്യ ഐഡന്റിഫയറിനെ ഇന്റേണലിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്യാൻ ലുക്ക്അപ്പ് കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഐഡന്റിഫയർ.

കമാൻഡ്: നേടുക വിവരം
മറുപടി: seqinfo: [ ]

Get info കമാൻഡ് ഡാറ്റാബേസിലെ ഒരു ക്രമത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു. ദി
തിരികെ നൽകിയ ഫീൽഡുകൾ ഇവയാണ്:

ക്രമ ദൈർഘ്യം
ഒരു gcg ഫോർമാറ്റ് ചെക്ക്സം (ചുവടെ കാണുക)
ബാഹ്യ ഐഡി (ഉദാ. ഫാസ്റ്റ ഹെഡറിൽ നിന്ന്)
ക്രമത്തിനായുള്ള ഒരു വിവരണ വരി (ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്നും
തലക്കെട്ട്), ഈ ഫീൽഡ് ഓപ്ഷണൽ ആണ് കൂടാതെ ഒഴിവാക്കിയേക്കാം.

കമാൻഡ്: നേടുക സെക്
മറുപടി: seq:

get seq കമാൻഡ് ഒരു വരിയിൽ ഒരു മുഴുവൻ ശ്രേണിയും നൽകുന്നു.

കമാൻഡ്: നേടുക ഉപവിഭാഗം
മറുപടി: subseq:

get subseq കമാൻഡ് ഒരു ശ്രേണിയുടെ ഒരു ഭാഗം നൽകുന്നു. ക്രമത്തിന്റെ തുടക്കം
സ്ഥാനം പൂജ്യം. ഉദാ. subseq 0 0 10-ന്റെ ആദ്യ 10 ബേസുകൾ തിരികെ നൽകും
ഡാറ്റാബേസിലെ ആദ്യ ശ്രേണി.

കമാൻഡ്: ഗണം അന്വേഷണം
മറുപടി: ശരി:

സെർവറിലേക്ക് ഒരു അന്വേഷണ ക്രമം അയക്കാൻ seq ക്വറി കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. അത്
ക്രമത്തിന്റെ ദൈർഘ്യവും ഒരു gcg ചെക്ക്‌സവും നൽകുന്നു

കമാൻഡ്: revcomp
മറുപടി: ശരി: strand

revcomp ക്വറി കമാൻഡ് സെർവറിനെ റിവേഴ്‌സ് ക്വറി പൂർത്തീകരിക്കുന്നു. ഈ
ചോദ്യം രണ്ടുതവണ അയയ്ക്കുന്നതിന്റെ ബാൻഡ്‌വിഡ്ത്ത് സംരക്ഷിക്കുക എന്നതാണ്.

revcomp ടാർഗെറ്റ് കമാൻഡ് സെർവറിനോട് ഡാറ്റാബേസ് ആയി കണക്കാക്കുക എന്നതാണ്
വിപരീത പൂരകം. a തിരയുമ്പോൾ മാത്രമേ ക്ലയന്റ് ഈ കമാൻഡ് അയയ്‌ക്കൂ
വിവർത്തനം ചെയ്ത ഡാറ്റാബേസ്, അതിനാൽ മിക്ക തരത്തിലുള്ള തിരയലുകൾക്കും നടപ്പിലാക്കേണ്ടതില്ല.

കമാൻഡ്: ഗണം പരം
മറുപടി: ശരി:

സെറ്റ് പാരാമീറ്റർ കമാൻഡ് എക്സോണറേറ്റ് കമാൻഡ് ലൈനിൽ നിന്ന് പാരാമീറ്ററുകൾ അയയ്ക്കുന്നു
സെർവർ. ഈ കമാൻഡുകൾ എല്ലാം ക്ലയന്റ് അടിസ്ഥാനപരമായി അവഗണിക്കാം
നടപ്പിലാക്കൽ, എന്നാൽ ഒപ്റ്റിമൽ പ്രകടനത്തിന് അവഗണിക്കാനാവില്ല.

കമാൻഡ്: നേടുക hsp
മറുപടി: hspset: { }
അല്ലെങ്കിൽ: hspset: ശൂന്യം

hsps സെറ്റുകൾ ലഭിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രധാന കമാൻഡ് ആണ് get hsps കമാൻഡ്. സെർവർ
ഒന്നിലധികം hspset തിരികെ നൽകാം. തിരികെ നൽകിയ ഫീൽഡുകൾ ഇവയാണ്:

ഈ HSPസെറ്റുകൾക്കായുള്ള ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസിൻറെ ആന്തരിക ഐഡി.
hsp ചോദ്യം ആരംഭ സ്ഥാനം
hsp ടാർഗെറ്റ് ആരംഭ സ്ഥാനം
എച്ച്എസ്പി നീളം

അവസാനത്തെ മൂന്ന് ഫീൽഡുകൾ ഒരു എച്ച്എസ്പിയെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു, ഒന്നിൽ പലതവണ ആവർത്തിക്കാം
hspset: മറുപടി വരി.

A ലഘുവായ ഉദാഹരണം കക്ഷി സെർവർ ഡയലോഗ്.
% ടെൽനെറ്റ് ലോക്കൽഹോസ്റ്റ് 12886
127.0.0.1 ശ്രമിക്കുന്നു...
localhost.localdomain-ലേക്ക് ബന്ധിപ്പിച്ചു.
എസ്കേപ്പ് പ്രതീകം '^]' ആണ്.
% പതിപ്പ്
പതിപ്പ്: എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ 2.0.0
% dbinfo
ഡിബിൻഫോ: ഡിഎൻഎ സോഫ്റ്റ്മാസ്ക്ഡ് 100000 1701 38113579
% ലുക്ക്അപ്പ് AA159529.1
തിരയുക: 88065
% വിവരം 88065 നേടുക
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 സ്ട്രാറ്റജീൻ പാൻക്രിയാസ് (#937208) ഹോമോ സാപ്പിയൻസ് cDNA
% seq 88065 നേടുക
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% സബ്സെക് 88065 10 20 നേടുക
ഉപവിഭാഗം: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% സെറ്റ് അന്വേഷണം NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ശരി: 62 2028
% പേർക്ക് എച്ച്എസ്പിഎസ് ലഭിക്കും
വരിസംഖ്യ: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp അന്വേഷണം
ശരി: strand revcomp അന്വേഷിക്കുക
% പേർക്ക് എച്ച്എസ്പിഎസ് ലഭിക്കും
വരിസംഖ്യ: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% പുറത്ത്
വിദേശ ഹോസ്റ്റ് കണക്ഷൻ അടച്ചു.

ENVIRONMENT

ഇതുവരെ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

1. ഒരു വിവർത്തനം ചെയ്‌ത സൂചിക സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിന്റെയും വേഗത്തിലുള്ള പ്രോട്ടീൻ2ജിനോം തിരയൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന്റെയും ഉദാഹരണം
എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --അതെ human.genomic.esd എന്ന് വിവർത്തനം ചെയ്യുക
human.genomic.trans.esi എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ --പോർട്ട് 1234 human.genomic.trans.esi മോചിപ്പിക്കുക
pep.fasta ലോക്കൽഹോസ്റ്റ്:1234 --മോഡൽ p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

പതിപ്പ്

ഈ ഡോക്യുമെന്റേഷൻ എക്സോണറേറ്റ് പാക്കേജിന്റെ പതിപ്പ് 2.2.0-നൊപ്പമുണ്ട്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക